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Análise do microbioma associado ao sistema radicular de feijão

Processo: 15/00251-9
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2015
Vigência (Término): 31 de julho de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Ciência do Solo
Pesquisador responsável:Tsai Siu Mui
Beneficiário:Lucas William Mendes
Supervisor: Jos M. Raaijmakers
Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa: Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences, Holanda  
Vinculado à bolsa:14/03217-3 - Microbioma da rizosfera de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum, BP.PD
Assunto(s):Biologia computacional   Ecologia microbiana   Microbiota   Rizosfera   Feijão
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformatics | High-throughput sequencing | metatranscriptome | Rhizosphere | shotgun metagenome | 16S rRNA | Microbiologia e Ecologia Microbiana

Resumo

Apresentamos aqui uma proposta de estágio de pesquisa no exterior como parte complementar ao projeto de pós-doutorado em andamento (FAPESP 2014/03217-3). Para este estágio propomos dois objetivos principais, sendo o primeiro o uso de plataforma de bioinformática e o know-how do Netherlands Institute of Ecology (NIOO) para analisar os dados gerados nos experimentos conduzidos no Brasil, e segundo, propomos um experimento adicional para a análise da comunidade microbiana endofítica da variedade de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum. Portanto, o primeiro objetivo consiste na análise dos dados de sequenciamento, i.e. 16S rRNA amplicons, shotgun metagenoma e metatrasncriptoma, da comunidade microbiana da rizosfera de feijão. Os dados de sequenciamento estão sendo obtidos a partir de experimentos de mesocosmo utilizando quatro variedades de feijão comum, com diferentes níveis de resistência ao patógeno de solo F. oxysporum. Ferramentas de bioinformática serão usadas para o processamento e anotação das sequencias, e software estatísticos serão usados para a comparação e interpretação dos dados. O segundo objetivo é a realização de um novo experimento a ser conduzido no NIOO, a fim de avaliar o efeito da inoculação do F. oxysporum na comunidade microbiana de rizosfera e endofítica do feijão resistente IAC Milênio. Este segundo objetivo irá agregar uma nova dimensão ao projeto original em andamento incluindo a análise dos endofíticos, o qual não estava planejado inicialmente mas representa uma importante contribuição para atingir o objetivo global do projeto. Em conclusão, a aprovação desta proposta irá fomentar significativamente a identificação de potenciais grupos de micro-organismos presentes no sistema radicular do feijoeiro que estão relacionados à supressão do patógeno de solo F. oxysporum. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MENDES, LUCAS W.; PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; NAVARRETE, ACACIO A.; DE SOUZA, DENNIS GOSS; SILVA, GENIVALDO G. Z.; TSAI, SIU M.. Using. Metagenomics to Connect Microbial Community Biodiversity and Functions. CURRENT ISSUES IN MOLECULAR BIOLOGY, v. 24, p. 103-118, . (15/00251-9, 13/22845-2, 12/13321-7, 10/20353-7, 11/51749-6, 14/03217-3, 14/06077-8)
MENDES, LUCAS WILLIAM; RAAIJMAKERS, JOS M.; DE HOLLANDER, MATTIAS; MENDES, RODRIGO; TSAI, SIU MUI. Influence of resistance breeding in common bean on rhizosphere microbiome composition and function. ISME Journal, v. 12, n. 1, p. 212-224, . (15/00251-9, 14/03217-3)
MENDES, LUCAS WILLIAM; DE CHAVES, MIRIAM GONCALVES; FONSECA, MARILEY DE CASSIA; MENDES, RODRIGO; RAAIJMAKERS, JOS M.; TSAI, SIU MUI. Resistance Breeding of Common Bean Shapes the Physiology of the Rhizosphere Microbiome. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, . (14/03217-3, 15/00251-9)
MENDES, LUCAS WILLIAM; MENDES, RODRIGO; RAAIJMAKERS, JOS M.; TSAI, SIU MUI. Breeding for soil-borne pathogen resistance impacts active rhizosphere microbiome of common bean. ISME Journal, v. 12, n. 12, p. 3038-3042, . (15/00251-9, 14/03217-3)
BRAGA, LUCAS P. P.; TANENTZAP, ANDREW J.; LEE, BENJAMIN; TSAI, SIU MUI; RAAIJMAKERS, JOS M.; MENDES, RODRIGO; MENDES, LUCAS W.. Diversity of viruses and viroids in the rhizosphere of common bean cultivars differing in resistance to the fungal root pathogen Fusarium oxysporum. APPLIED SOIL ECOLOGY, v. 190, p. 7-pg., . (19/16043-7, 18/19247-0, 14/03217-3, 15/00251-9)

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