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Análise do microbioma associado ao sistema radicular de feijão

Processo: 15/00251-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2015
Vigência (Término): 31 de julho de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Ciência do Solo
Pesquisador responsável:Tsai Siu Mui
Beneficiário:Lucas William Mendes
Supervisor no Exterior: Jos M. Raaijmakers
Instituição-sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences, Holanda  
Vinculado à bolsa:14/03217-3 - Microbioma da rizosfera de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum, BP.PD

Resumo

Apresentamos aqui uma proposta de estágio de pesquisa no exterior como parte complementar ao projeto de pós-doutorado em andamento (FAPESP 2014/03217-3). Para este estágio propomos dois objetivos principais, sendo o primeiro o uso de plataforma de bioinformática e o know-how do Netherlands Institute of Ecology (NIOO) para analisar os dados gerados nos experimentos conduzidos no Brasil, e segundo, propomos um experimento adicional para a análise da comunidade microbiana endofítica da variedade de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum. Portanto, o primeiro objetivo consiste na análise dos dados de sequenciamento, i.e. 16S rRNA amplicons, shotgun metagenoma e metatrasncriptoma, da comunidade microbiana da rizosfera de feijão. Os dados de sequenciamento estão sendo obtidos a partir de experimentos de mesocosmo utilizando quatro variedades de feijão comum, com diferentes níveis de resistência ao patógeno de solo F. oxysporum. Ferramentas de bioinformática serão usadas para o processamento e anotação das sequencias, e software estatísticos serão usados para a comparação e interpretação dos dados. O segundo objetivo é a realização de um novo experimento a ser conduzido no NIOO, a fim de avaliar o efeito da inoculação do F. oxysporum na comunidade microbiana de rizosfera e endofítica do feijão resistente IAC Milênio. Este segundo objetivo irá agregar uma nova dimensão ao projeto original em andamento incluindo a análise dos endofíticos, o qual não estava planejado inicialmente mas representa uma importante contribuição para atingir o objetivo global do projeto. Em conclusão, a aprovação desta proposta irá fomentar significativamente a identificação de potenciais grupos de micro-organismos presentes no sistema radicular do feijoeiro que estão relacionados à supressão do patógeno de solo F. oxysporum. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MENDES, LUCAS WILLIAM; MENDES, RODRIGO; RAAIJMAKERS, JOS M.; TSAI, SIU MUI. Breeding for soil-borne pathogen resistance impacts active rhizosphere microbiome of common bean. ISME Journal, v. 12, n. 12, p. 3038-3042, DEC 2018. Citações Web of Science: 2.
MENDES, LUCAS WILLIAM; RAAIJMAKERS, JOS M.; DE HOLLANDER, MATTIAS; MENDES, RODRIGO; TSAI, SIU MUI. Influence of resistance breeding in common bean on rhizosphere microbiome composition and function. ISME Journal, v. 12, n. 1, p. 212-224, JAN 2018. Citações Web of Science: 27.
MENDES, LUCAS W.; PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; NAVARRETE, ACACIO A.; DE SOUZA, DENNIS GOSS; SILVA, GENIVALDO G. Z.; TSAI, SIU M. Using. Metagenomics to Connect Microbial Community Biodiversity and Functions. CURRENT ISSUES IN MOLECULAR BIOLOGY, v. 24, p. 103-118, 2017. Citações Web of Science: 0.

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