Assinaturas genômicas que definem alterações na metilação de DNA em elementos cis-regulatórios no câncer

• Processo: 14/27145-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de maio de 2015
• Vigência (Término): 30 de abril de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Houtan Noushmehr
• Beneficiário: Victor Hugo Calegari de Toledo
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Epigênese genética Polimerização Expressão gênica Metilação de DNA Genômica Métodos de análise
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | DNA methylation | Epigenomics | Genomics | transcription factor binding sites | Epigenética e Bioinformática

Resumo

A análise da expressão gênica em células tumorais é fundamental para o entendimento da fisiopatologia do câncer. A identificação de sítios de ligação de fatores de transcrição (TFBSs) com padrões diferenciais de metilação de DNA estabelece uma correlação entre a polimerização de RNA e alterações epigenéticas em elementos cis-regulatórios no genoma. Neste contexto, este projeto tem como objetivo central integrar dados gerados mediante análises de ChIP-seq e identificação de TFBSs no DNA, que se encontram disponíveis nos bancos de dados ENCODE e TRANSFAC, para analisar dados de metilação de DNA entre células normais e tumorais, provenientes do TCGA, ao nível de sítio individual de interação proteína/DNA. Todos os métodos de análise serão implementados usando-se a linguagem de programação de código aberto R, pacotes do projeto Bioconductor e o software HOMER, no intuito de identificar assinaturas moleculares capazes de definir o estabelecimento de padrões aberrantes de metilação de DNA em elementos regulatórios no genoma, além de auxiliar trabalhos futuros do grupo objetivando caracterizar as vias transcricionais envolvidas na progressão do câncer.