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Assinaturas genômicas que definem alterações na metilação de DNA em elementos cis-regulatórios no câncer

Processo: 14/27145-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de maio de 2015
Vigência (Término): 30 de abril de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Victor Hugo Calegari de Toledo
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Genômica   Biologia computacional

Resumo

A análise da expressão gênica em células tumorais é fundamental para o entendimento da fisiopatologia do câncer. A identificação de sítios de ligação de fatores de transcrição (TFBSs) com padrões diferenciais de metilação de DNA estabelece uma correlação entre a polimerização de RNA e alterações epigenéticas em elementos cis-regulatórios no genoma. Neste contexto, este projeto tem como objetivo central integrar dados gerados mediante análises de ChIP-seq e identificação de TFBSs no DNA, que se encontram disponíveis nos bancos de dados ENCODE e TRANSFAC, para analisar dados de metilação de DNA entre células normais e tumorais, provenientes do TCGA, ao nível de sítio individual de interação proteína/DNA.Todos os métodos de análise serão implementados usando-se a linguagem de programação de código aberto R, pacotes do projeto Bioconductor e o software HOMER, no intuito de identificar assinaturas moleculares capazes de definir o estabelecimento de padrões aberrantes de metilação de DNA em elementos regulatórios no genoma, além de auxiliar trabalhos futuros do grupo objetivando caracterizar as vias transcricionais envolvidas na progressão do câncer.