Extração e purificação de DNA bacteriano a partir de amostras clínicas de urina e construção de bibliotecas de DNA para sequenciamento NGS.

• Processo: 15/03847-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2015
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Nathalia de Campos Rodrigues
• Beneficiário: Nadine Aparecida Vicentini Stefanutto
• Vinculado ao auxílio: 14/50596-0 - Sequenciamento de DNA de segunda geração (NGS) aplicado ao diagnóstico em microbiologia clínica, AP.PIPE
• Assunto(s): Genoma bacteriano Resistência genética Microbiologia médica Sequenciamento NGS
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: genes de resistência | genoma bacteriano | Identificação de microrganismos | Microbiologia Clínica | Sequenciamento NGS | Extração e purificação de DNA

Resumo

Os seres humanos são suscetíveis a infecções causadas por uma grande diversidade de agentes patogênicos microbianos, sendo as doenças infecciosas a principal causa de mortalidade humana em todo o mundo. Assim, um diagnóstico preciso do agente causador de infecção é um dos passos cruciais para a definição de um tratamento clínico racional e adequado para tais doenças. Este projeto tem como objetivo verificar a viabilidade da aplicação da tecnologia de sequenciamento de DNA de segunda geração (Next-Generation Sequencing - NGS) na identificação e caracterização de agentes infecciosos a partir de amostras clínicas. As amostras utilizadas neste projeto serão cedidas pelo Laboratório de Análises Clínicas (UNILAB) da cooperativa de trabalho médico UNIMED do município de São Carlos. Deveremos utilizar nos testes o DNA extraído do precipitado de urina centrifugada, bem como As colônias isoladas obtidas pela inoculação das amostras de urina em meio de cultura (procedimento de rotina realizado no UNILAB-São Carlos). A extração do DNA bacteriano das amostras de urina e das colônias isoladas será realizada inicialmente utilizando o kit QIAamp® DNA Mini kit (QIAGEN) e a biblioteca de DNA adequada para o sequenciamento, preparada utilizando kit Nextera® XT Sample Preparation (Illumina), porém protocolos independentes de kits comerciais serão testados a fim de minimizar os custos destes procedimentos. Mais especificamente, este plano de atividades está direcionado em auxiliar o pesquisador-coordenador na rotina laboratorial para desenvolvimento da pesquisa.