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Estudo das vias metabólicas de genes associados ao perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore

Processo: 15/08798-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 06 de janeiro de 2016
Vigência (Término): 05 de maio de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Marcos Vinícius Antunes de Lemos
Supervisor no Exterior: Susan Kay Duckett
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : Clemson University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/11853-4 - Análise das variações no número de cópias no genoma de bovinos Nelore e suas associações com o perfil de ácidos graxos da carne, BP.DR
Assunto(s):Seleção genética   Gado Nelore   Ácidos graxos

Resumo

Os ácidos graxos da carne bovina podem contribuir de forma preliminar para a saúde humana e têm recebido atenção considerável nos últimos anos. Vários estudos utilizando raças taurinas revelaram a existência de variabilidade genética e, portanto, a possibilidade de melhoramento genético da composição de ácidos graxos em bovinos de corte. Este estudo irá identificar regiões associadas com perfil de ácidos gordos da carne, em olho de lombo do tórax, de Nelore confinados, utilizando o método de um único passo (ssGWAS) e descrever as vias metabólicas de genes associados com a síntese de ácidos gordos. Os seguintes ácidos gordos (FA) vão ser analisados por ssGWAS: láurico (C12: 0), palmico (C16: 0), esteárico (C18: 0), oleico (C18: 1 cis-9), linoleico (C18: 2 cis -6), o CLA (C18: 2 cis-9 trans-11), o CLA (C18: 2 cis10 trans12), linolénico (C18: 3, n3), mirístico (C14: 0), miristoleico (C14: 1), docosahexaenóico (C22: 6 n3), elaídico (C18: 1 n9t), vacénico (C18: 1 t11), eicosatrienóico (C20: 3 cis-8,11,14 n6), alfa-linolénico (C18: 3 n6). A proporção de ácidos graxos saturados, monoinsaturados, poliinsaturados, n-6 e n-3 FAs será calculada utilizando a concentração FA individual. A relação entre os ácidos gordos poli-insaturados / saturados e ácidos gordos n-6 / n-3 também vai calcular. Para genotipagem de 1.616 animais, foi utilizado um painel de SNP 777,962 BovineSNP BeadChip (High-Density Bovine BeadChip). O controle de qualidade do banco de dados será: marcadores monomórficos e MAF (alelos frequência menor) inferior a 0,05; marcadores que mostraram atribuição do débito de genótipos (índice de chamadas) inferior a 90%; marcadores com excesso de genótipos heterozigotos e aqueles com intensidade média a baixa de cluster. O modelo para a (co) variância e estimação de parâmetros genéticos incluem a genética aditiva efeito aleatório direto, o efeito fixo dos grupos contemporâneos, e idade de abate do animal como covariável. Para realizar a análise de associação em todo o genoma, o método será aplicado ssGWAS, que é uma modificação do BLUP com matriz A-1 matriz de relações numerador substituído por H-1. Os componentes de variâncias e parâmetros genéticos serão estimados com base em inferência bayesiana, considerando-se um modelo animal linear, e os programas de computador GIBBS2F90 e ssGWAS serão utilizados para determinar as áreas de QTL, segmentos que irão e1% da variância genética aditiva será escolhido. Para a identificação e posicionamento destes segmentos, a base de dados disponível no "National Center for Biotechnology Information" e Ensemble Genome Browser serão usadas e para descrever os caminhos metabólicos dos genes associados com os traços, a plataforma DAVID será usada. (AU)

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