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Análises de bioinformática de dados de metagenômica viral de animais do Brasil e Antártida

Processo: 15/05778-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 17 de novembro de 2015
Vigência (Término): 16 de novembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Luiz Tadeu Moraes Figueiredo
Beneficiário:William Marciel de Souza
Supervisor no Exterior: Pablo Murcia
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Glasgow, Escócia  
Vinculado à bolsa:12/24150-9 - Pesquisa de vírus em roedores silvestres, mosquitos e carrapatos, BP.DR
Assunto(s):Virologia   Metagenômica   Vírus de RNA   Biologia computacional

Resumo

Os sequenciamentos de nova geração (NSG) são cada vez mais utilizados em estudos metagenômica. É em grande parte devido à grande capacidade de dados gerados em uma amostra. O presente estudo avalia a aplicabilidade da plataforma de sequenciamento de próxima geração (Illumina) para análise metagenômica viral das amostras de roedores silvestres, gambá, morcegos, pássaros, capturados em diferentes lugares no Brasil e em amostras de pinguins, Elefantes Marinho e Artrópodes coletados na Ilha Rei George, Antarctica. Além disso, pretende-se obter sequências genômicas completas de 10 arbovírus isolados no Brasil. Assim, as ferramentas de bioinformática que será utilizado para a análise de uma enorme quantidade de dados de sequência do genoma do vírus. O principal objetivo deste estudo é realizar a análise de dados NGS de metagenômica viral, bem como reconhecer espécies de vírus nas amostras estudadas e também para determinar as suas variantes mais proeminentes e abundância. (AU)

Publicações científicas (16)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; OMETTO, TATIANA; MODHA, SEJAL; THOMAZELLI, LUCIANO MATSUMIYA; DURIGON, EDISON LUIS; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Discovery of novel astrovirus and calicivirus identified in ruddy turnstones in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, APR 3 2019. Citações Web of Science: 0.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A Novel Hepacivirus in Wild Rodents from South America. Viruses-Basel, v. 11, n. 3 MAR 24 2019. Citações Web of Science: 0.
TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SAVJI, NAZIR; FIGUEIREDO, MARIO LUIS; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DA SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA; VASCONCELOS, HELENA BALDEZ; RODRIGUES, SUELI GUERREIRO; LIPKIN, W. IAN; COSTA VASCONCELOS, PEDRO FERNANDO; PALACIOS, GUSTAVO. Oropouche orthobunyavirus: Genetic characterization of full-length genomes and development of molecular methods to discriminate natural reassortments. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 68, p. 16-22, MAR 2019. Citações Web of Science: 0.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIE; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; SEKI, MEIRE CHRISTINA; GHELLER, JANAINA MENEGAZZO; DAFFRE, SIRLEI; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Viral diversity of Rhipicephalus microplus parasitizing cattle in southern Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, NOV 5 2018. Citações Web of Science: 7.
MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A novel polyomavirus in sigmodontine rodents from So Paulo State, Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 163, n. 10, p. 2913-2915, OCT 2018. Citações Web of Science: 0.
DENNIS, TRISTAN P. W.; FLYNN, PETER J.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SINGER, JOSHUA B.; MOREAU, CORRIE S.; WILSON, SAM J.; GIFFORD, ROBERT J. Insights into Circovirus Host Range from the Genomic Fossil Record. Journal of Virology, v. 92, n. 16 AUG 2018. Citações Web of Science: 7.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Novel orthohepeviruses in wild rodents from Sao Paulo State, Brazil. VIROLOGY, v. 519, p. 12-16, JUN 2018. Citações Web of Science: 6.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DENNIS, TRISTAN; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; VIEIRA, LUIZ CARLOS; OMETTO, TATIANA; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; TEIXEIRA NUNES, MIRCIO ROBERTO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU; GIFFORD, ROBERT JAMES. Novel Parvoviruses from Wild and Domestic Animals in Brazil Provide New Insights into Parvovirus Distribution and Diversity. Viruses-Basel, v. 10, n. 4 APR 2018. Citações Web of Science: 4.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONSALVES; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; NARDI, MARCELLO SCHIAVO; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Discovery of novel anelloviruses in small mammals expands the host range and diversity of the Anelloviridae. VIROLOGY, v. 514, p. 9-17, JAN 15 2018. Citações Web of Science: 7.
CHIANG, JANNIFER OLIVEIRA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; DE ANDRADE TRAVASSOS DA ROSA, AMELIA PAES; DE FREITAS, NELMA MESQUITA; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DORTA DA SILVA, PEDRO HENRIQUE; DE SOUSA, ALANA WATANABE; RODRIGUES, SUELI GUERREIRO; SIMOES QUARESMA, JUAREZ ANTONIO; DUTARY, BEDSY; GUZMAN, HILDA; VASILAKIS, NIKOS; TESH, ROBERT B.; DA COSTA VASCONCELOS, PEDRO FERNANDO. Characterization of the Gamboa Virus Serogroup (Orthobunyavirus Genus, Peribunyaviridae Family). American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, v. 98, n. 5, p. 1502-1511, 2018. Citações Web of Science: 3.
SILVA, S. P.; SILVA, L. N. P. P.; RODRIGUES, E. D. L.; CARDOSO, J. F.; TAVARES, F. N.; SOUZA, W. M.; SANTOS, C. M. P.; MARTINS, F. M. S.; JESUS, I. S.; BRITO, T. C.; MOURA, T. P. C.; NUNES, M. R. T.; CASSEB, L. M. N.; SILVA FILHO, E.; CASSEB, A. R. Full-length genomic and molecular characterization of Canine parvovirus in dogs from North of Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3 OCT 3 2017. Citações Web of Science: 2.
NUNES-NETO, JOAQUIM PINTO; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; FUMAGALLI, MARCILIOJORGE; VIEIRA, LUIZ CARLOS; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; LIMA, JULIANA ABREU; SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU; DA SILVA, SANDRO PATROCA; TESH, ROBERT; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; DA COSTA VASCONCELOS, PEDRO FERNANDO. Characterization of the Bujaru, frijoles and Tapara antigenic complexes into the sandfly fever group and two unclassified phleboviruses from Brazil. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 98, n. 4, p. 585-594, APR 2017. Citações Web of Science: 4.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; DE ARAUJO, JANSEN; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU; MURCIA, PABLO RAMIRO; GIFFORD, ROBERT JAMES. Chapparvoviruses occur in at least three vertebrate classes and have a broad biogeographic distribution. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 98, n. 2, p. 225-229, FEB 2017. Citações Web of Science: 9.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; REIS JUNIOR, OSVALDO; TOLARDO, ALINE LAVADO; SERRAO DE ANDRADE, AMANDA ARAUJO; GONCALVES VIANEZ JUNIOR, JOAO LIDIO DA SILVA; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Complete genome sequence of Piry vesiculovirus. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 161, n. 8, p. 2325-2328, AUG 2016. Citações Web of Science: 0.
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; REIS, JR., OSVALDO; TOLARDO, ALINE LAVADO; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; VARELA, MARIANA; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Molecular characterization of Capim and Enseada orthobunyaviruses. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 40, p. 47-53, JUN 2016. Citações Web of Science: 8.
VARELA, MARIANA; PINTO, RUTE MARIA; CAPORALE, MARCO; PIRAS, ILARIA M.; TAGGART, AISLYNN; SEEHUSEN, FRAUKE; HAHN, KERSTIN; JANOWICZ, ANNA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; BAUMGAERTNER, WOLFGANG; SHI, XIAOHONG; PALMARINI, MASSIMO. Mutations in the Schmallenberg Virus Gc Glycoprotein Facilitate Cellular Protein Synthesis Shutoff and Restore Pathogenicity of NSs Deletion Mutants in Mice. Journal of Virology, v. 90, n. 11, p. 5440-5450, JUN 2016. Citações Web of Science: 7.

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