Estudo comparativo de métodos de extração de DNA em microalgas

• Processo: 15/02307-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de junho de 2015
• Vigência (Término): 31 de dezembro de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
• Pesquisador responsável: Hugo Miguel Preto de Morais Sarmento
• Beneficiário: Erika Sayuri Kanashiro
• Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/14139-3 - Biodiversidade e processos microbianos em ecossistemas aquáticos, AP.JP
• Assunto(s): Ecologia microbiana Biologia molecular Sequenciamento de nova geração Extração de DNA Estrutura do DNA Composição química Fitoplâncton Microalgas Estudo comparativo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia molecular | Filogenia de microalgas | Next Generation Sequencing | 18S rRNA | Ecologia microbiana

Resumo

Nos últimos anos, o estudo da biodiversidade da componente microbiana da biosfera tem tido enormes avanços, nomeadamente com o surgimento das técnicas de sequenciamento de nova geração. Um passo crítico nesse processo é o método de extração de DNA. A padronização dos métodos utilizados para acessar a biodiversidade de microrganismos foi sugerido pelo Earth Microbiome Project (EMP), no entanto, esses métodos foram preferencialmente desenvolvidos para bactérias. Entretanto, para de análises de coexistência e covariância de bacterioplâncton e fitoplâncton seria importante obter a mesma eficiência de extração para todos os grupos filogenéticos. Alguns testes preliminares mostraram que alguns grupos de microalgas apresentam dificuldades de extração devido à estrutura e composição química da parede celular. Torna-se, portanto, importante fazer uma bateria de testes comparativos entre métodos de extração de DNA a fim de poder validar e padronizar um dos métodos, antes de aplicá-lo em amostras ambientais. O objetivo deste trabalho será comparar o método padrão de extração de DNA proposto pelo EMP, o PowerSoil DNA isolation Kit da MoBio, com o método atualmente utilizado e no Laboratório de Ficologia da UFSCar (Invisorb Spin Plant Mini Kit da Invitek, Stratec Molecular), a fim de verificar sua eficiência para a extração de DNA de microalgas de diferentes grupos.