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Estudo comparativo de métodos de extração de DNA em microalgas

Processo: 15/02307-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de junho de 2015
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Hugo Miguel Preto de Morais Sarmento
Beneficiário:Erika Sayuri Kanashiro
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/14139-3 - Biodiversidade e processos microbianos em ecossistemas aquáticos, AP.JP
Assunto(s):Ecologia microbiana   Biologia molecular   Sequenciamento de nova geração   Extração de DNA   Estrutura do DNA   Composição química   Fitoplâncton   Microalgas   Estudo comparativo

Resumo

Nos últimos anos, o estudo da biodiversidade da componente microbiana da biosfera tem tido enormes avanços, nomeadamente com o surgimento das técnicas de sequenciamento de nova geração. Um passo crítico nesse processo é o método de extração de DNA. A padronização dos métodos utilizados para acessar a biodiversidade de microrganismos foi sugerido pelo Earth Microbiome Project (EMP), no entanto, esses métodos foram preferencialmente desenvolvidos para bactérias. Entretanto, para de análises de coexistência e covariância de bacterioplâncton e fitoplâncton seria importante obter a mesma eficiência de extração para todos os grupos filogenéticos. Alguns testes preliminares mostraram que alguns grupos de microalgas apresentam dificuldades de extração devido à estrutura e composição química da parede celular. Torna-se, portanto, importante fazer uma bateria de testes comparativos entre métodos de extração de DNA a fim de poder validar e padronizar um dos métodos, antes de aplicá-lo em amostras ambientais. O objetivo deste trabalho será comparar o método padrão de extração de DNA proposto pelo EMP, o PowerSoil DNA isolation Kit da MoBio, com o método atualmente utilizado e no Laboratório de Ficologia da UFSCar (Invisorb Spin Plant Mini Kit da Invitek, Stratec Molecular), a fim de verificar sua eficiência para a extração de DNA de microalgas de diferentes grupos.

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