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Estudo das interações entre módulos de ligação ao carboidrato e carboidratos

Processo: 15/14009-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 08 de setembro de 2015
Vigência (Término): 07 de dezembro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Ana Carolina de Mattos Zeri
Beneficiário:Bruna Medéia de Campos
Supervisor: Isaac Cann
Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
Local de pesquisa: University of Illinois at Urbana-Champaign, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/06336-0 - Estudo das Bases Moleculares de Módulos de Ligação a Carboidratos (CBMs) derivados de Metagenômica, BP.PD
Assunto(s):Celulase   Biologia estrutural   Metagenômica   Bioetanol   Ressonância magnética nuclear
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bioetanol | celulase | estrutura tridimensional | metagenômica | Módulos de Ligação ao Carboidrato | Ressonância Magnética Nuclear | Biologia Estrutural

Resumo

Nos últimos anos, devido expansão da demanda por energia, dependência da sociedade por combustíveis fósseis e limitação destas fontes e poluição ambiental, os biocombustíveis tem atraído grande interesse por se apresentarem como uma fonte alternativa e renovável de energia. Entretanto, a sua produção a partir de biomassa ainda é considerada uma tecnologia cara e de baixa eficiência. Neste contexto, os módulos de ligação a carboidratos (CBMs) vêm ganhando cada vez mais espaço neste campo. CBMs são módulos proteícos capazes de orientar os módulos catalíticos de polissacaridases (enzimas que quebram polissacarídeos) para o substrato. O estudo destes módulos torna-se então essencial para a produção de quimeras com domínios catalíticos com a finalidade de tornar o processo de degradação da biomassa para produção de combustíveis mais eficiente e barato. O estudo da metagenômica também tem sido de extrema importância para a identificação de novos biocatalisadores. Atualmente, 99% dos microrganismos não são passiveis de serem cultivados em laboratório. Restou a pesquisadores recorrem, portanto, à análise em larga escala do DNA de amostras (ou ambientes de interesse) sem a necessidade de cultivo e com a aplicação de bioinformática para determinar ou predizer a função de genes codificados pelo DNA extraído do ambiente. Durante o Pós-doutorado, nós estudamos cinco CBMs diferentes, dois derivados de um screening funcional de metagenômica de solo de canavial, e três de uma análise do banco de dados CAZy. Até o momento, a estrutura tridimensional de três desses CBMS foram resolvidas. Todos mostraram um enovelamento típico de CBMs, entretanto nenhum mostrou alta similaridade com nenhuma estrutura de CBM depositada no PDB. O CBM_E1 não tem similaridade com nenhuma família de CBM já descrita no banco de dados CAZy, sugerindo que ele pertença a uma nova família de CBM. CBM64 aparentemente forma um dímero, mostrado por DLS (Dynamic light Scattering) e em experimentos de RMN. A estrutura tridimensional do CBM08 também foi resolvida e seu sitío de ligação é composto por resíduos de triptofano, tirosina e fenilalanina, diferentemente dos outros CBMs que frequentemente tem apenas resíduos de triptofano interagindo com o ligante. A caracterização funcional destes CBMs, com estrutura resolvida ou não, é de extrema importância para entender a quais carboidratos essas proteínas se ligam preferencialmente e como essa interação impacta nos módulos catalíticos ligados a essas famílias de CBMs. O objetivo deste BEPE é entender a função desses novos CBMs, descobertos na minha pesquisa de pós-doutorado, na degradação de carboidratos. Um entendimento mais profundo da função destes CBMs irá permitir o desenvolvimento de novos biocatalisadores com atividade robusta para degradação de biomassa e portanto, auxiliando na produção de biocombustíveis de baixo custo a partir de matéria-prima lignocelulósica.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LIBERATO, MARCELO VIZONA; CAMPOS, BRUNA MEDEIA; TOMAZETTO, GEIZECLER; CROUCH, LUCY ISOBEL; GARCIA, WANIUS; DE MATTOS ZERI, ANA CAROLINA; BOLAM, DAVID NICHOL; SQUINA, FABIO MARCIO.

Unique properties of a Dictyostelium discoideum carbohydrate-binding module expand our understanding of CBM-ligand interactions

. Journal of Biological Chemistry, v. 298, n. 5, p. 10-pg., . (15/50590-4, 13/06336-0, 15/23279-6, 20/15595-3, 14/04105-4, 20/05784-3, 15/14009-5, 17/17275-3)

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