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Análise genômica da levedura xilanolítica Pseudozyma brasiliensis

Processo: 14/15799-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2015
Vigência (Término): 30 de novembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gustavo Henrique Goldman
Beneficiário:Renato Augusto Corrêa dos Santos
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/13968-1 - Melhoramento da reconstrução de rede metabólica de Kalmanozyma brasiliensis e simulações metabólicas associadas, BE.EP.MS
Assunto(s):Genômica   Bioetanol   Pentoses   Biologia de sistemas
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bioetanol | biologia de sistemas | Genômica | pentoses | Pseudozyma brasiliensis | Genômica

Resumo

O Brasil é responsável por 33% da produção de bioetanol no planeta e domina a tecnologia de sua produção utilizando hexoses e seus dissacarídeos, presentes em cana-de-açúcar. O uso de pentoses presentes na biomassa lignocelulósica, como bagaço de cana-de-açúcar, é uma opção economicamente promissora para a produção de bioetanol de segunda geração. No entanto, linhagens industriais de Saccharomyces cerevisiae, usualmente empregadas no processo de fermentação etanólica não são naturalmente capazes de fermentar pentoses eficientemente. A família Ustilaginaceae (Basidiomycota) possui membros com alto potencial biotecnológico, incluindo as leveduras do gênero Pseudozyma. Recentemente, nosso grupo isolou a Pseudozyma brasiliensis GHG001, produtora de xilanase com alto potencial para hidrólise de xilanos e é capaz de crescer em xilose e xilano como única fonte de carbono. Assim, esta levedura é promissora como fonte de genes e vias para a construção de cepas recombinantes de S. cerevisiae. Neste trabalho, serão realizados (i) melhoramento da anotação do genoma de Pseudozyma brasiliensis, (ii) estudos de genômica comparativa de P. brasiliensis e outros membros de Ustilaginaceae, principalmente de famílias de genes envolvidas com a hidrólise da biomassa, catabolismo, oxidorredução e isomerização de pentoses, utilizando espécies já sequenciadas de Ustilaginaceae e os genomas de quatro isolados do gênero Pseudozyma já seqüenciados em nosso laboratório, (iii) a reconstrução de um "draft" das redes metabólicas de P. brasiliensis e (iv) exploração in silico das vias de interesse utilizando análise de balanço de fluxo. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BORIN, GUSTAVO PAGOTTO; SANCHEZ, CAMILA CRISTINA; DE SANTANA, ELIANE SILVA; ZANINI, GUILHERME KEPPE; CORREA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO; PONTES, ANGELICA DE OLIVEIRA; DE SOUZA, ALINE TIEPPO; TAVARES SOARES DAL'MAS, ROBERTA MARIA MENEGALDO; RIANO-PACHON, DIEGO MAURICIO; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE; et al. Comparative transcriptome analysis reveals different strategies for degradation of steam-exploded sugarcane bagasse by Aspergillus niger and Trichoderma reesei. BMC Genomics, v. 18, . (14/15799-7, 15/08222-8, 11/08945-9, 14/11766-7, 13/09541-4, 14/11733-1)
BONIN, GUSTAVO PAGOTTO; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA; CORREA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO; RIANO-PACHON, DIEGO MAURICIO; DE CASTRO OLIVEIRA, JULIANA VELASCO. Gene Co-expression Network Reveals Potential New Genes Related to Sugarcane Bagasse Degradation in Trichoderma reesei RUT-30. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 6, . (14/11766-7, 17/18987-7, 15/08222-8, 14/15799-7)
CORREA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE; RIANO-PACHON, DIEGO MAURICIO. ploidyNGS: visually exploring ploidy with Next Generation Sequencing data. Bioinformatics, v. 33, n. 16, p. 2575-2576, . (14/15799-7)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SANTOS, Renato Augusto Corrêa dos. Análise genômica da levedura xilanolítica Pseudozyma brasiliensis GHG001. 2018. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.

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