Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas

• Processo: 15/15346-5
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2015
• Vigência (Término): 31 de janeiro de 2017
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Carlos Frederico Martins Menck
• Beneficiário: Jonas Weissmann Gaiarsa
• Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/25387-2 - Estabelecimento de uma facility de sequenciamento de nova geração como ferramenta de investigação em sistemas biológicos, AP.R
• Assunto(s): Genômica Transcriptômica Sequenciamento de nova geração Genomas Biologia computacional

Resumo

Esta proposta prevê o desenvolvimento da estrutura de bioinformática do CEFAP, visando suprir a demanda crescente das plataformas NGS já operantes. O Centro conta atualmente com toda a infraestrutura necessária para a análise de dados de genomas pequenos, médios (até 50 Mbp) e grandes (como genomas humanos). Pretendemos que sejam realizadas atividades de apoio aos usuários quanto a análises de ressequenciamento, transcriptomas e também montagem de novo de genomas, visando a orientação das melhores abordagens experimentais e orientação quanto ao data mining e análises pós-montagens. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA; TEN-CATEN, FELIPE; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO; ANDRADE, PABLO DE MORAIS; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; PANDYA, RAVI; KIM, CHANGSOO; GUO, HUI; DURHAM, ALAN MITCHELL; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; ZHANG, QING; MING, RAY; SCHATZ, MICHAEL C.; DAVIDSON, BOB; PATERSON, ANDREW H.; HECKERMAN, DAVID. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12 DEC 2019. Citações Web of Science: 3.