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Phage Orthologous Clusters: Um banco de dados de informações de fagos

Processo: 15/14334-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 04 de novembro de 2015
Vigência (Término): 03 de maio de 2016
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Deyvid Emanuel Amgarten
Supervisor no Exterior: Chris Upton
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Victoria (UVic), Canadá  
Vinculado à bolsa:14/16450-8 - Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem, BP.MS
Assunto(s):Bacteriófagos   Biologia computacional   Metagenômica   Banco de dados

Resumo

Estudos com fagos têm experienciado um crescente aumento de interesse pela comunidade científica devido a evidências recentes que demonstram sua importância em ecologia microbiana, ciclos do carbono e outros nutrientes e potenciais aplicações como agentes anti-microbianos nos campos da medicina, agricultura e processamento de alimentos. Fagos também são teorizados como reservatórios de diversidade genética na natureza, sendo responsáveis pela incorporação de novos genes e produtos protéicos em organismos procarióticos e eucarióticos. O processo de degradação de biomassa pela compostagem tem sido estudado pelo nosso grupo através de técnicas de metagenômica e meta-transcriptômica e milhões de sequências foram geradas. Estes dados estão sendo analisados por pipelines e metodologias customizadas, sendo que a anotação enfrenta uma grande necessidade por referências de sequências virais e informações de ortologia. O grupo do Professor Upton é responsável pelo Viral Bioinformatics Resource Center, uma plataforma de referência para virologistas de todo o mundo. Seu grupo também é responsável pelo banco de dados Virus Orthologous Clusters (VOCs), com informações sistematizadas sobre genomas e ortologia de vírus com grandes genomas de DNA. Desse modo, o principal objetivo desta proposta é criar um banco de dados de grupos ortólogos e informação genômica de fagos tendo VOCs como modelo. O banco de dados será estruturado com: (1) Genomas completos de fagos e (2) anotações, ORFs, frequências de nucleotídeo e aminoácidos, uso de códons, pontuações de BLASTP e atribuição de grupos ortólogos para cada gene. O novo banco de dados PhOCs foi pensado para ser referência em informação genômica e grupos ortólogos de fagos. Implementação inclui o desenvolvimento de aplicações JAVA web start e interface GUI simples para utilização pelos usuários. Este trabalho ajudará na caracterização dos contigs montados a partir dos reads de sequenciamento da compostagem e de outras amostras ambientais estudadas através de metagenômica, sendo disponibilizado publicamente para a comunidade científica.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, MAY 4 2017. Citações Web of Science: 6.

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