Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas

• Processo: 15/17208-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2015
• Vigência (Término): 30 de abril de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Cibele Masotti
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/24731-1 - Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas, AP.JP
• Assunto(s): Genômica Transcriptômica Neoplasias Dosagem de genes Análise de sequência de DNA Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | câncer | Evolução | Genômica | retrocópias | Transcriptômica | Bioinformática

Resumo

Atualmente, com o aprimoramento das técnicas de sequenciamento de DNA e das análises computacionais em larga escala podemos estudar características genômicas até então pouco ou nunca exploradas. Dentre essas características, aquelas relacionadas à duplicação gênica tem um destaque especial por se relacionarem ao surgimento de novos tratos fenotípicos ou patologias. Entre os mecanismos moleculares responsáveis por estes eventos, o que se baseia na duplicação gênica mediada pela geração de retrocópias de moléculas de RNAs mensageiros ainda é pouco estudado e boa parte de suas características e funções ainda são desconhecidas. O projeto jovem pesquisado vinculado a esta proposta esta fazendo um estudo sistemático de retrocópias em genomas de primatas através da análise de um enorme repertório de dados, tais como diversos genomas da nossa espécie (projeto 1000 Genomes), genomas de outros primatas e genomas tumorais provenientes dos projetos TCGA e ICGC. Esta proposta pretende dar um treinamento técnico voltado ao desenvolvimento e aplicação de diversas ferramentas computacionais e de bioinformática, todas relacionadas a análises de retrocópias nos dados listados acima. Por exemplo, o candidato a esta bolsa TT5 irá desenvolver pipelines utilizando programação em Perl, Shell Script e banco de dados MySQL para processar e armazenar informações relevantes ao projeto proposto. O candidato também terá oportunidade de participar da administração do parque computacional e de participar da concepção e execução de outros pipelines do grupo de Bioinformática. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BETTONI, FABIANA; MASOTTI, CIBELE; CORREA, BRUNA R.; DONNARD, ELISA; DOS SANTOS, FILIPE F.; SAO JULIAO, GUILHERME P.; VAILATI, BRUNA B.; HABR-GAMA, ANGELITA; GALANTE, PEDRO A. F.; PEREZ, RODRIGO O.; et al. The Effects of Neoadjuvant Chemoradiation in Locally Advanced Rectal Cancer-The Impact in Intratumoral Heterogeneity. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 9, SEP 27 2019. (13/07159-5, 15/17208-9, 11/51130-6, 10/12658-2)

MASOTTI, C.; BRITO, L. A.; NICA, A. C.; LUDWIG, K. U.; NUNES, K.; SAVASTANO, C. P.; MALCHER, C.; FERREIRA, S. G.; KOBAYASHI, G. S.; BUENO, D. F.; et al. MRPL53, a New Candidate Gene for Orofacial Clefting, Identified Using an eQTL Approach. JOURNAL OF DENTAL RESEARCH, v. 97, n. 1, p. 33-40, JAN 2018. (13/08028-1, 15/17208-9, 09/54841-0)