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Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer

Processo: 15/01507-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2015
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2018
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Andrew Maltez Thomas
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/23527-2 - Identificação de biomarcadores microbianos no câncer colorretal através da caracterização metagenômica a nível de cepa, BE.EP.DR
Assunto(s):Biologia computacional   Radioterapia

Resumo

Na espécie humana, a quantidade de células microbianas é 10 vezes maior que as próprias células humanas. Hoje sabemos que esse nosso metagenoma influencia diversos processos, tais como o metabolismo, o desenvolvimento dos tecidos, a inflamação e imunidade. Certos locais do corpo humano possuem um contato maior com o ambiente externo, tornando o papel que o microbioma possui, mais proeminente. O estudo dos perfis microbianos destes locais pode colaborar com um conhecimento maior sobre sua relação no desenvolvimento de doenças causadas por agentes infeciosos, inclusive o câncer, pois estima-se que eles tenham um papel central em cerca de 20% de todas as neoplasias. Para avaliar a relação bacterioma:câncer iremos: 1) caracterizar a diversidade bacteriana existente em amostras de suco gástrico de indivíduos com lesões pré-neoplásicas (n=30) ou com câncer gástrico (n=40), comparados a indivíduos sem alterações clínicas relevantes (n=30); 2) caracterizar a diversidade bacteriana existente em amostras de biópsias de indivíduos com adenocarcinomas retais (n=18), comparados a biópsias de indivíduos livres de alterações clínicas relevantes (n=18); e 3) avaliar temporalmente a diversidade bacteriana em biópsias de indivíduos com tumores colorretais antes e após radioterapia (n= 40) em 3 intervalos de tempo diferentes, a fim de determinar se perturbações bacterianas possuem uma relação com o desenvolvimento da retite actínica. Para tanto, iremos usar uma abordagem multidisciplinar que irá englobar aspectos de genômica, como o sequenciamento de nova geração do gene 16S rRNA bacteriano, e aspectos avançados de bioinformática para analisar os resultados do sequenciamento. Concomitantemente, iremos minerar bancos de dados públicos usando um pipeline bioinformático afim de investigar a presença de DNA ou RNA bacteriano, buscando validar os achados do sequenciamento de nova geração. (AU)

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AL ASSAL, KARINA; PRIFTI, EDI; BELDA, EUGENI; SALA, PRISCILA; CLEMENT, KARINE; DAO, MARIA-CARLOTA; DORE, JOEL; LEVENEZ, FLORENCE; TADDEI, CARLA R.; FONSECA, DANIELLE CRISTINA; ROCHA, ILANNA MARQUES; BALMANT, BIANCA DEPIERI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; SANTO, MARCO A.; DIAS-NETO, EMMANUEL; SETUBAL, JOAO CARLOS; ZUCKER, JEAN-DANIEL; BELARMINO, GILIANE; TORRINHAS, RAQUEL SUSANA; WAITZBERG, DAN L. Gut Microbiota Profile of Obese Diabetic Women Submitted to Roux-en-Y Gastric Bypass and Its Association with Food Intake and Postoperative Diabetes Remission. NUTRIENTS, v. 12, n. 2 FEB 2020. Citações Web of Science: 2.
FACHI, JOSE LUIS; FELIPE, JAQUELINE DE SOUZA; PRAL, LAIS PASSARIELLO; DA SILVA, BRUNA KARADI; CORREA, RENAN OLIVEIRA; PEREIRA DE ANDRADE, MIRELLA CRISTINY; DA FONSECA, DENISE MORAIS; BASSO, PAULO JOSE; SARAIVA CAMARA, NIELS OLSEN; DE SALES E SOUZA, ERICKA LORENNA; MARTINS, FLAVIANO DOS SANTOS; SATO GUIMA, SUZANA EIKO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; SETUBAL, JOAO CARLOS; MAGALHAES, YULI THAMIRES; FORTI, FABIO LUIS; CANDREVA, THAMIRIS; RODRIGUES, HOSANA GOMES; DE JESUS, MARCELO BISPO; CONSONNI, SILVIO ROBERTO; FARIAS, ALESSANDRO DOS SANTOS; VARGA-WEISZ, PATRICK; RAMIREZ VINOLO, MARCO AURELIO. Butyrate Protects Mice from Clostridium difficile-Induced Colitis through an HIF-1-Dependent Mechanism. CELL REPORTS, v. 27, n. 3, p. 750+, APR 16 2019. Citações Web of Science: 3.
THOMAS, ANDREW M.; JESUS, ELIANE C.; LOPES, ADEMAR; AGUIAR, JR., SAMUEL; BEGNAMI, MARIA D.; ROCHA, RAFAEL M.; CARPINETTI, PAOLA AVELAR; CAMARGO, ANAMARIA A.; HOFFMANN, CHRISTIAN; FREITAS, HELANO C.; SILVA, ISRAEL T.; NUNES, DIANA N.; SETUBAL, JOAO C.; DIAS-NETO, EMMANUEL. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 6, DEC 9 2016. Citações Web of Science: 19.
KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. Citações Web of Science: 4.

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