Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer

• Processo: 15/01507-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2015
• Vigência (Término): 31 de dezembro de 2018
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Andrew Maltez Thomas
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/23527-2 - Identificação de biomarcadores microbianos no câncer colorretal através da caracterização metagenômica a nível de cepa, BE.EP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Radioterapia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bacterioma humano | bioinformatica | cancer gastrico | cancer retal | Radioterapia | 16S rRNA | Bioinformática

Resumo

Na espécie humana, a quantidade de células microbianas é 10 vezes maior que as próprias células humanas. Hoje sabemos que esse nosso metagenoma influencia diversos processos, tais como o metabolismo, o desenvolvimento dos tecidos, a inflamação e imunidade. Certos locais do corpo humano possuem um contato maior com o ambiente externo, tornando o papel que o microbioma possui, mais proeminente. O estudo dos perfis microbianos destes locais pode colaborar com um conhecimento maior sobre sua relação no desenvolvimento de doenças causadas por agentes infeciosos, inclusive o câncer, pois estima-se que eles tenham um papel central em cerca de 20% de todas as neoplasias. Para avaliar a relação bacterioma:câncer iremos: 1) caracterizar a diversidade bacteriana existente em amostras de suco gástrico de indivíduos com lesões pré-neoplásicas (n=30) ou com câncer gástrico (n=40), comparados a indivíduos sem alterações clínicas relevantes (n=30); 2) caracterizar a diversidade bacteriana existente em amostras de biópsias de indivíduos com adenocarcinomas retais (n=18), comparados a biópsias de indivíduos livres de alterações clínicas relevantes (n=18); e 3) avaliar temporalmente a diversidade bacteriana em biópsias de indivíduos com tumores colorretais antes e após radioterapia (n= 40) em 3 intervalos de tempo diferentes, a fim de determinar se perturbações bacterianas possuem uma relação com o desenvolvimento da retite actínica. Para tanto, iremos usar uma abordagem multidisciplinar que irá englobar aspectos de genômica, como o sequenciamento de nova geração do gene 16S rRNA bacteriano, e aspectos avançados de bioinformática para analisar os resultados do sequenciamento. Concomitantemente, iremos minerar bancos de dados públicos usando um pipeline bioinformático afim de investigar a presença de DNA ou RNA bacteriano, buscando validar os achados do sequenciamento de nova geração. (AU)

Publicações científicas

(4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AL ASSAL, KARINA; PRIFTI, EDI; BELDA, EUGENI; SALA, PRISCILA; CLEMENT, KARINE; DAO, MARIA-CARLOTA; DORE, JOEL; LEVENEZ, FLORENCE; TADDEI, CARLA R.; FONSECA, DANIELLE CRISTINA; et al. Gut Microbiota Profile of Obese Diabetic Women Submitted to Roux-en-Y Gastric Bypass and Its Association with Food Intake and Postoperative Diabetes Remission. NUTRIENTS, v. 12, n. 2, FEB 2020. (15/01507-7, 11/09612-3)

THOMAS, ANDREW M.; JESUS, ELIANE C.; LOPES, ADEMAR; AGUIAR, JR., SAMUEL; BEGNAMI, MARIA D.; ROCHA, RAFAEL M.; CARPINETTI, PAOLA AVELAR; CAMARGO, ANAMARIA A.; HOFFMANN, CHRISTIAN; FREITAS, HELANO C.; et al. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 6, DEC 9 2016. (15/01507-7, 13/07914-8)

KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. (14/27287-0, 15/01507-7, 15/01587-0, 13/03447-6, 14/09576-5)

FACHI, JOSE LUIS; FELIPE, JAQUELINE DE SOUZA; PRAL, LAIS PASSARIELLO; DA SILVA, BRUNA KARADI; CORREA, RENAN OLIVEIRA; PEREIRA DE ANDRADE, MIRELLA CRISTINY; DA FONSECA, DENISE MORAIS; BASSO, PAULO JOSE; SARAIVA CAMARA, NIELS OLSEN; DE SALES E SOUZA, ERICKA LORENNA; et al. Butyrate Protects Mice from Clostridium difficile-Induced Colitis through an HIF-1-Dependent Mechanism. CELL REPORTS, v. 27, n. 3, p. 750+, APR 16 2019. (17/01451-7, 12/10653-9, 16/23142-3, 13/06810-4, 14/03002-7, 15/01507-7, 18/01753-6, 15/06134-4, 17/25679-7, 17/06577-9, 18/02208-1, 17/26366-2, 17/16280-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

THOMAS, Andrew Maltez. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer gastro-intestinal. 2018. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.