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Imputação de genótipos de marcadores no genoma bubalino e seu impacto nas avaliações genômicas da produção de leite e seus constituintes

Processo: 15/12396-1
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2015
Vigência (Término): 31 de maio de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Humberto Tonhati
Beneficiário:Daniel Jordan de Abreu Santos
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):17/00462-5 - Homologia genômica entre bovinos e búfalos e comparação de diferentes algoritmos de máquinas de aprendizagem para a imputação de genótipos no genoma bubalino, BE.EP.PD
Assunto(s):Seleção genômica
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Fase Haplotípica | Imputação | selecao genomica | Seleção Genômica

Resumo

O búfalo do rio possui aptidão produtiva para carne e leite, sendo este rico em constituintes, o que permite a produção de derivados lácteos de alta qualidade como manteiga e queijos, especialmente a "mozzarella". Entre as raças de búfalo trazidas para o Brasil, a raça Murrah, devido a produção de leite, tem importante participação econômica em localidades brasileiras, principalmente no estado de São Paulo. Neste sentido, o melhoramento genético para produção de leite e seus constituintes é desejado, e um passo importante para isso é a aplicação de métodos auxiliares de identificação acuradas e a curto prazo dos genótipos superiores. A recente tecnologia denominada de seleção genômica (GS) pode ser de grande utilidade para as avaliações genéticas dos bubalinos, já que as acurácias dos valores genéticos genômicos para reprodutores jovens podem ser maiores que as obtidas com avaliação tradicional. No entanto, a viabilidade desta tecnologia está relacionada, entre outros aspectos, à redução de custos com a genotipagem. Desta forma, uma importante alternativa é a utilização painéis mais econômicos e com menor número de SNPs juntamente com o processo de imputação nas rotinas de avaliação. Assim, objetiva-se com este projeto estudar a imputação de genótipos dos marcadores presentes no painel para bovinos "BovineHD BeadChip" da Illumina® e do "Axiom® Buffalo Genotyping" da Affymetrix comparando diferentes cenários com menor número de marcadores, além de avaliar o impacto das predições genômicas da produção de leite e seus constituintes na raça Murrah a partir destes dados imputados.

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Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FREITAS, ANA C.; STAFUZZA, NEDENIA B.; BARBERO, MARINA M. D.; SANTOS, DANIEL J. A.; FORTES, MARINA R. S.; TONHATI, HUMBERTO. Polymorphisms in major histocompatibility complex genes and its associations with milk quality in Murrah buffaloes. TROPICAL ANIMAL HEALTH AND PRODUCTION, v. 52, n. 1, p. 415-423, . (15/12396-1, 14/25309-7)
DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; FERREIRA DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; ASPILCUETA-BORQUIS, RUSBEL RAUL; HURTADO-LUGO, NAUDIN ALEJANDRO; DE ARAUJO NETO, FRANCISCO RIBEIRO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MA, LI; TONHATI, HUMBERTO. Linkage Disequilibrium-Based Inference of Genome Homology and Chromosomal Rearrangements Between Species. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 10, n. 7, p. 2327-2343, . (10/20887-1, 17/00462-5, 15/12396-1)
BUZANSKAS, MARCOS ELI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; BERNARDES, PRISCILA ARRIGUCCI; DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; DE ALENCAR, MAURICIO MELLO; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; ZANELLA, RICARDO; GUALBERTO BARBOSA DA SILVA, MARCOS VINICIUS; et al. Study on the introgression of beef breeds in Canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. PLoS One, v. 12, n. 2, . (12/23638-8, 15/12396-1, 15/08939-0, 13/19335-2, 15/25096-6)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; SANTOS, DANIEL J. A.; CESAR, ALINE S. M.; BOISON, SOLOMON A.; VENTURA, RICARDO V.; PEREZ, BRUNO C.; GARCIA, JOSE F.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; GARRICK, DORIAN J.. Fine mapping of genomic regions associated with female fertility in Nellore beef cattle based on sequence variants from segregating sires. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 10, n. 1, p. 13-pg., . (12/50533-2, 14/07566-2, 15/12396-1, 13/12097-9)
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OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; SANTOS, DANIEL J. A.; CESAR, ALINE S. M.; BOISON, SOLOMON A.; VENTURA, RICARDO V.; PEREZ, BRUNO C.; GARCIA, JOSE F.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; GARRICK, DORIAN J.. Fine mapping of genomic regions associated with female fertility in Nellore beef cattle based on sequence variants from segregating sires. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 10, n. 1, . (13/12097-9, 12/50533-2, 15/12396-1, 14/07566-2)
SANTOS, D. J. A.; COLE, J. B.; LAWLOR JR, T. J.; VANRADEN, P. M.; TONHATI, H.; MA, L.. Variance of gametic diversity and its application in selection programs. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 102, n. 6, p. 5279-5294, . (15/12396-1, 17/00462-5)

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