Imputação de genótipos de marcadores no genoma bubalino e seu impacto nas avaliações genômicas da produção de leite e seus constituintes

• Processo: 15/12396-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Humberto Tonhati
• Beneficiário: Daniel Jordan de Abreu Santos
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/00462-5 - Homologia genômica entre bovinos e búfalos e comparação de diferentes algoritmos de máquinas de aprendizagem para a imputação de genótipos no genoma bubalino, BE.EP.PD
• Assunto(s): Seleção genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Fase Haplotípica | Imputação | selecao genomica | Seleção Genômica

Resumo

O búfalo do rio possui aptidão produtiva para carne e leite, sendo este rico em constituintes, o que permite a produção de derivados lácteos de alta qualidade como manteiga e queijos, especialmente a "mozzarella". Entre as raças de búfalo trazidas para o Brasil, a raça Murrah, devido a produção de leite, tem importante participação econômica em localidades brasileiras, principalmente no estado de São Paulo. Neste sentido, o melhoramento genético para produção de leite e seus constituintes é desejado, e um passo importante para isso é a aplicação de métodos auxiliares de identificação acuradas e a curto prazo dos genótipos superiores. A recente tecnologia denominada de seleção genômica (GS) pode ser de grande utilidade para as avaliações genéticas dos bubalinos, já que as acurácias dos valores genéticos genômicos para reprodutores jovens podem ser maiores que as obtidas com avaliação tradicional. No entanto, a viabilidade desta tecnologia está relacionada, entre outros aspectos, à redução de custos com a genotipagem. Desta forma, uma importante alternativa é a utilização painéis mais econômicos e com menor número de SNPs juntamente com o processo de imputação nas rotinas de avaliação. Assim, objetiva-se com este projeto estudar a imputação de genótipos dos marcadores presentes no painel para bovinos "BovineHD BeadChip" da Illumina® e do "Axiom® Buffalo Genotyping" da Affymetrix comparando diferentes cenários com menor número de marcadores, além de avaliar o impacto das predições genômicas da produção de leite e seus constituintes na raça Murrah a partir destes dados imputados.

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; FERREIRA DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; ASPILCUETA-BORQUIS, RUSBEL RAUL; HURTADO-LUGO, NAUDIN ALEJANDRO; DE ARAUJO NETO, FRANCISCO RIBEIRO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MA, LI; TONHATI, HUMBERTO. Linkage Disequilibrium-Based Inference of Genome Homology and Chromosomal Rearrangements Between Species. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 10, n. 7, p. 2327-2343, JUL 2020. (10/20887-1, 17/00462-5, 15/12396-1)

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