Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus

• Processo: 15/19176-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 15 de outubro de 2015
• Vigência (Término): 28 de março de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Ney Lemke
• Beneficiário: Luiz Augusto Bovolenta
• Supervisor: Simon Moxon
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Genome Analysis Centre, Inglaterra
• Vinculado à bolsa: 12/13450-1 - Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática., BP.DR
• Assunto(s): Tilápia-do-Nilo Oreochromis niloticus Biologia computacional MicroRNAs RNA interferente pequeno Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: isomiRs | Micro-RNAs | Oreochromis niloticus | Piwi-RNAs | RNAseq data | Bioinformática

Resumo

A tilápia do Nilo é uma importante espécie de ciclídeo africano que apresenta rápida irradiação adaptativa e importância econômica, principalmente na aquicultura brasileira. Diferentes características morfológicas e fisiológicas da tilápia do Nilo podem influenciar a sua produção, como o sexo, a tolerância à água de má qualidade e o comportamento alimentar. Pequenos RNAs não codificantes podem ser fatores importantes subjacentes a estas características que influenciam a produção da tilápia do Nilo. Enquanto alguns tipos de pequenos RNAs não codificantes podem regular a expressão génica (microRNAs [miRNAs]), outros podem evitar a ocorrência de mutações no genoma nocivas à celulas germinativas causadas por elementos transponíveis (PIWI-interacting RNAs [piRNAs]). Portanto, o entendimento do impacto dos miRNAs e piRNAs nos aspectos morfológicos e fisiológicos de peixes adultos e nos estágios de desenvolvimento de embriões é fundamental para produção de Tilápia. Por estas razões, é proposto neste projeto a construção de um catálogo em larga escala de miRNAs e piRNAs juntamente com seus tecidos e estágios embrionários, assinaturas de expressão gênica e funções biológicas. No que diz respeito especificamente a miRNAs, serão analisadas isoformas e ocorrência de eventos de arm switching. E para piRNAs será determinado como identificar, classificar e quantificar estas moléculas antes da construção do catálogo. Para atingir os objetivos mencionados acima, serão utilizadas abordagens de bioinformática, como análise de agrupamentos, análises de redes biológicas e enriquecimento funcional. Além disso, para a identificação de piRNAs serão utilizados métodos de aprendizagem de máquina previamente desenvolvidos. Finalmente, um catálogo de miRNAs e piRNAs será contruido e poderá ser usado para compreender como os pequenos RNAs influenciam os aspectos morfológicos e fisiológicos da tilápia e possíveis processos biotecnológicos de melhoramento genético. (AU)

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA, ARTHUR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; HERKENHOFF, MARCOS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. FRONTIERS IN GENETICS, v. 8, MAY 16 2017. (14/03062-0, 13/06864-7, 12/13450-1, 15/19176-7)

PINHAL, DANILLO; BOVOLENTA, LUIZ A.; MOXON, SIMON; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; ACENCIO, MARCIO L.; PATTON, JAMES G.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; LEMKE, NEY; MARTINS, CESAR. Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs' transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, MAY 29 2018. (12/13450-1, 12/15589-7, 15/16661-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/06864-7)

OLIVEIRA, UR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; ALVES, LUCAS; FIGUEIREDO, LUCAS; RIBEIRO, AMANDA O.; CAMPOS, VINICIUS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Understanding the Modus Operandi of MicroRNA Regulatory Clusters. CELLS, v. 8, n. 9, SEP 2019. (18/05484-0, 18/26409-6, 12/13450-1, 12/15589-7, 15/19176-7, 17/17510-2)

BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; PINHAL, DANILLO; ACENCIO, MARCIO LUIS; DE OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI; MOXON, SIMON; MARTINS, CESAR; LEMKE, NEY. miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data. CELLS, v. 9, n. 8, AUG 2020. (10/20684-3, 12/13450-1, 12/15589-7, 14/08420-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/03644-6)