Engenharia estrutural do sítio ativo de diguanilato ciclases (domínios GGDEF) para a produção de novos segundos mensageiros

• Processo: 15/13318-4
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2015
• Vigência (Término): 30 de novembro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Shaker Chuck Farah
• Beneficiário: Santiago Justo Arevalo
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/07777-5 - Sinalização por c-di-GMP e o sistema de secreção de macromoléculas do tipo IV em Xanthomonas citri, AP.TEM
• Assunto(s): Enzimologia Enzimas Guanilato ciclase Xanthomonas Caulobacter crescentus Mutação puntual

Resumo

Os nucleotídeos cíclicos são importantes segundos mensageiros envolvidos em várias vias, incluindo a virulência bacteriana, formação de biofilme e evasão imune. Eles podem ser divididos em dois grupos principais: os nucleótidos cíclicos (cAMP e cGMP) e os dinucleótidos cíclicos: c-di-GMP, c-di-AMP e cGAMP. O controle dos níveis celulares é mediado através de domínios proteicos que sintetizam e que degradam estas moléculas e os seus efeitos são mediados por diversos receptores na célula. Domínios GGDEF são responsáveis pela condensação de duas moléculas de GTP para produzir o c-di-GMP. Este domínio é onipresente no reino procarioto e, embora tenha apenas uma função enzimática descrita, a diversidade das suas sequências levanta a possibilidade de que outras funções enzimáticas podem ainda serem descobertas. A estrutura de alta resolução da proteína GGDEF canônica de Caulobacter crescentus PLED e o banco de dados disponível de sequências de proteínas com domínios GGDEF, nos permite testar a hipótese de que certas mudanças estruturais introduzidas, alterando aminoácidos específicos, produziriam domínios GGDEF que reconhecem outros substratos de nucleotídeos ou poderiam reter nucleótidos de ligação com a perda de atividade enzimática. O objetivo principal deste trabalho é testar essas hipóteses, primeiro através da introdução de mutações pontuais específicas em PleD, assim, a criação de enzimas que sintetizam novas moléculas dinucleotídicos. Em seguida, procurar se essas variantes de enzimas ocorrem naturalmente no grande banco de dados de mais de 42.000 domínios GGDEF anotados. Finalmente, vamos utilizar o fitopatógeno Xanthomonas citri para testar as atividades destas novas moléculas in vivo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

JUSTO AREVALO, SANTIAGO; ZAPATA SIFUENTES, DANIELA; HUALLPA, CESAR J.; LANDA BIANCHI, GIANFRANCO; CASTILLO CHAVEZ, ADRIANA; GARAVITO-SALINI CASAS, ROMINA; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; PINEDA CHAVARRIA, ROBERTO. Global Geographic and Temporal Analysis of SARS-CoV-2 Haplotypes Normalized by COVID-19 Cases During the Pandemic. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 12, FEB 17 2021. Citações Web of Science: 0.