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Sequenciamento genômico do sapo pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae)

Processo: 15/18654-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 29 de janeiro de 2016
Vigência (Término): 28 de janeiro de 2017
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Taran Grant
Beneficiário:Denis Jacob Machado
Supervisor no Exterior: Daniel Andrew Janies
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: University of North Carolina at Charlotte (UNCC), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/05958-8 - Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios, BP.DR
Assunto(s):Anura

Resumo

Apesar da disponibilidade de tecnologias de sequenciamento de alta performance que permitem a aquisição de dados moleculares a preços factíveis, dificuldades computacionais em analisar grandes bancos de dados de sequências e o pequeno número de genomas nucleares de sapos que possam ser usados como referência têm dificultado avanços em estudos genômicos de anuros. Apenas dois genomas nucleares e 81 genomas mitocondriais completes foram publicados para Anura até a data de submissão desta proposta, uma amostragem muito pequena das atuais 6.483 espécies de sapos. Aqui eu proponho montar e analisar o genoma nuclear parcial e o genoma mitocondrial completo do sapo-pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii, e do sapo-flamenguinho, Melanophyniscus moreirae, usando tecnologias de sequenciamento de alta eficiência (Illumina HiSeq). Estas espécies foram selecionadas devido à características genéticas que facilitam a análise de seu genoma e qualidades únicas que as tornam interessantes para o estudo da evolução de Anfíbios e da defesa química neste grupo. O sapo-pé-de-pá-oriental tem posição filogenética estratégica que possibilita a investigação de aspectos genômicos associados com a transição para o ambiente terrestre em sapos, do papel dos elementos transponíveis no tamanho do genoma de anfíbios, da distribuição e variabilidade de elementos ultra-conservados específicos à linhagem ou aos anuros, da evolução de genes organelares e dos rearranjos genômicos mitocondriais em anuros, entre outros. Já o sapo-flamenguinho é um bufonídeo que apresenta defesa química baseada tanto em alcaloides sequestrados da dieta quanto bufoteninas biosintetizadas, sendo então uma espécie chave para o entendimento da defesa química em anuros. A viabilidade deste projeto é garantida pela disponibilidade de sequências brutas já obtidas para ambas as espécies e recursos computacionais massivos dedicados à este projeto, aliados à experiência dos nossos colaboradores internacionais na área da genômica de organismos não-modelo. Eu acredito que a presente proposta irá nos levar um passo adiante na superação da nossa atual falta de conhecimento em genômica comparada de anuros e na distância entre a facilidade atual na obtenção de dados genômicos e a dificuldade de analisá-los. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Dispensador automático de larvicida vence prêmio de inovação contra o Zika 
Researchers create automatic larvicide dispenser against Zika virus 
Científicos crean un dispensador automático de larvicida contra el virus del Zika 
Universidades nos Estados Unidos destacam apoio à pesquisa em parceria com a FAPESP 

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MACHADO, DENIS JACOB; CASTROVIEJO-FISHER, SANTIAGO; GRANT, TARAN. Evidence of absence treated as absence of evidence: The effects of variation in the number and distribution of gaps treated as missing data on the results of standard maximum likelihood analysis. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 154, JAN 2021. Citações Web of Science: 1.
MACHADO, DENIS JACOB; JANIES, DANIEL; BROUWER, CORY; GRANT, TARAN. A new strategy to infer circularity applied to four new complete frog mitogenomes. ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 8, n. 8, p. 4011-4018, APR 2018. Citações Web of Science: 3.
GRANT, TARAN; RADA, MARCO; ANGANOY-CRIOLLO, MARVIN; BATISTA, ABEL; DIAS, PEDRO HENRIQUE; JECKEL, ADRIANA MORIGUCHI; MACHADO, DENIS JACOB; RUEDA-ALMONACID, JOSE VICENTE. Phylogenetic Systematics of Dart-Poison Frogs and their Relatives Revisited (Anura: Dendrobatoidea). South American Journal of Herpetology, v. 12, n. 1, p. S1-S90, SEP 2017. Citações Web of Science: 39.

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