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Análise integrada (genômica, transcriptômica e metiloma) de câncer de reto para identificar preditores de resposta ao tratamento neoadjuvante

Processo: 15/25803-4
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 08 de abril de 2016
Vigência (Término): 07 de abril de 2017
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Anatomia Patológica e Patologia Clínica
Pesquisador responsável:Silvia Regina Rogatto
Beneficiário:Luisa Matos Do Canto Alvim
Supervisor no Exterior: Jan Baumbach
Instituição-sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Southern Denmark (SDU), Dinamarca  
Vinculado à bolsa:14/06323-9 - Identificação de marcadores moleculares de resposta ao tratamento neoadjuvante em pacientes com adenocarcinoma de reto, BP.DD
Assunto(s):Neoplasias colorretais   Transcriptômica   Genômica   Oncologia

Resumo

Pacientes com carcinoma de reto estágio II-III (CaRe) são submetidos a quimioradioterapia neoadjuvante (nCRT) seguido por cirurgia. Aqueles que atingem a resposta patológica completa (pCR) têm melhor prognóstico e poderiam ser poupados de um procedimento altamente mórbido se a pCR fosse identificada com precisão precocemente. No entanto, os estudos moleculares atuais têm mostrado resultados inconclusivos. Nosso estudo tem como objetivo avaliar o perfil de metilação genômica de biópsias de pacientes com CaRe que foram submetidos nCRT e integrar esses dados com resultados do número de cópias genômicas e do perfil de expressão gênica dos mesmos pacientes (dados já obtidos). O perfil de metilação será obtido utilizando-se a plataforma da Illumina (450K), que indica o estado de metilação de 96% das ilhas de CpG já descritas. Este projeto será realizado sob a supervisão da Dra. Rogatto, cujo laboratório conta com uma excelente infra-estrutura, bem equipado para realizar experimentos e análises de metilação. A integração de dados de omics será desenvolvido em colaboração com o Dr. Jan Baumbach, que tem uma extensa experiência em pesquisa de biomedicina computacional de sistemas. O projeto sugerido se encaixa perfeitamente com a experiência do Dr. Baumbach na análise combinada de vários tipos de dados omics em conjunto com redes bioquímicas. Ele irá revelar-se particularmente útil para desvendar novos biomarcadores que permitam a estratificação de terapia, ajudando a reconhecer os pacientes nCRT-sensíveis e reduzir a taxa de morbidade pós-operatória. Uma análise abrangente de alterações genéticas e epigenéticas de tumores do reto de pacientes submetidos nCRT e sua correlação com resposta ao tratamento tem o potencial para identificar drivers moleculares úteis para a prática clínica.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DO CANTO, LUISA MATOS; CURY, SARAH SANTILONI; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO; CATIN KUPPER, BRUNA ELISA; FERREIRA DE SOUZA BEGNAMI, MARIA DIRLEI; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; CARVALHO, ROBSON FRANCISCO; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE; OLSEN, DORTE AALUND; MADSEN, JONNA SKOV; HAVELUND, BIRGITTE MAYLAND; AGUIAR, JR., SAMUEL; ROGATTO, SILVIA REGINA. Locally advanced rectal cancer transcriptomic-based secretome analysis reveals novel biomarkers useful to identify patients according to neoadjuvant chemoradiotherapy response. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, JUN 18 2019. Citações Web of Science: 0.
DO CANTO, LUISA MATOS; LARSEN, SIMON J.; CATIN KUPPER, BRUNA E.; FERREIRA DE SOUZA BEGNAMI, MARIA DIRLEI; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM; PETERSEN, ANNABETH HOGH; AAGAARD, MADS M.; BAUMBACH, JAN; AGUIAR JR, SAMUEL; ROGATTO, SILVIA R. Increased Levels of Genomic Instability and Mutations in Homologous Recombination Genes in Locally Advanced Rectal Carcinomas. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 9, MAY 14 2019. Citações Web of Science: 0.

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