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Imputação e associação genômica ampla utilizando haplótipos para gordura abdominal em galinhas

Processo: 16/00569-1
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 21 de março de 2016
Vigência (Término): 20 de março de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Gabriel Costa Monteiro Moreira
Supervisor no Exterior: James Reecy
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : Iowa State University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:14/21380-9 - Estudo de associação ampla do genoma para deposição de gordura e rendimento de carcaça em galinhas, BP.DR
Assunto(s):Locos de características quantitativas

Resumo

Animais selecionados para um crescimento rápido e maior deposição de muscular também têm maior deposição de gordura na carcaça. O excesso de gordura depositada na carcaça é um fator negativo para a produção, considerando o custo de processamento e a depreciação do valor do produto final. A deposição de gordura é uma característica controlada por vários genes envolvidos no metabolismo dos lipídeos. A identificação dos componentes genéticos responsáveis por uma parte da variação observada é fundamental para programas de melhoramento genético, permitindo assim a seleção de animais que apresentem características de interesse econômico. O objetivo deste estudo é identificar regiões genômicas, genes candidatos posicionais e possíveis mutações causais que controlam a deposição de gordura abdominal em populações brasileiras de frango. Para este objetivo, a imputação de SNPs identificados em linhagens parentais das populações de frango F2-TC e TT será realizada nos animais das respectivas populações genotipados com o chip de 600K, bem como, a análise de GWAS usando informações de haplótipos. O Ressequenciamento das linhagens parentais foi realizado anteriormente (28 animais parentais da população F2-TC e 14 animais parentais de população TT) e estes animais serão utilizados como população de referência para realizar a imputação dos genótipos. Essas análises podem melhorar o poder de detecção de QTL, bem como as possibilidades para identificação de mutações funcionais. Além disso, este estudo proposto vai nos ajudar a compreender o processo de deposição de gordura em galinhas e os mecanismos moleculares envolvidos.

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; POLETI, MIRELE DAIANA; PERTILLE, FABIO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; GODOY, THAIS FERNANDA; LEDUR, MONICA CORREA; REECY, JAMES M.; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Unraveling genomic associations with feed efficiency and body weight traits in chickens through an integrative approach. BMC GENETICS, v. 20, n. 1 NOV 6 2019. Citações Web of Science: 0.
MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; SALVIAN, MAYARA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; LEDUR, MONICA CORREA; GARRICK, DORIAN; MOURAO, GERSON BARRETO; COUTINHO, LUIZ L. Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. BMC Genomics, v. 20, n. 1 AUG 22 2019. Citações Web of Science: 0.
COSTA ALMEIDA, OCTAVIO AUGUSTO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; REZENDE, FERNANDA MARCONDES; BOSCHIERO, CLARISSA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; LEDUR, MONICA CORREA; DE NOVAIS, FRANCISCO JOSE; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Identification of selection signatures involved in performance traits in a paternal broiler line. BMC Genomics, v. 20, JUN 3 2019. Citações Web of Science: 0.
MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; PERTILLE, FABIO; LEDUR, MONICA CORREA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, NOV 1 2018. Citações Web of Science: 4.
MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; TREVISOLI, PRISCILA ANCHIETA; CANTAO, MAURICIO E.; LEDUR, MONICA CORREA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. A genome-wide association study reveals novel genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in broiler chickens. BMC Genomics, v. 19, MAY 21 2018. Citações Web of Science: 6.

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