Análise fenotípica, sequenciamento do genoma e transcriptoma de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 16 anos no Brasil

• Processo: 15/23408-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2016
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Juliana Pfrimer Falcão
• Beneficiário: Carolina Nogueira Gomes
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 18/26043-1 - Sequenciamento do genoma completo e análise genômica comparativa de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 16 anos no Brasil, BE.EP.DR
• Assunto(s): Campylobacter coli Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análises fenotípicas | Campylobacter coli | RNA seq | Sequenciamento do genoma total | Genômica, Transcriptômica e Virulência

Resumo

A campilobacteriose é uma zoonose de distribuição mundial com repercussões significativas no nível da Saúde Pública e com um elevado impacto socioeconômico. As espécies C. coli e C. jejuni são causas comuns de gastroenterite em humanos afetando anualmente cerca de 2,4 milhões de pessoas nos Estados Unidos e estima-se que 9 milhões de pessoas na Europa. Entretanto, no Brasil o estudo e o isolamento de C. coli não são muito frequentes, o que dificulta a avaliação da importância desse patógeno. Esse projeto tem como objetivos analisar comparativamente por testes fenotípicos, sequenciamento do genoma e transcriptoma 50 linhagens de C. coli isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos, entre 1995-2011 no Brasil. Serão realizados para todas as linhagens testes fenotípicos de flutuação da temperatura, resistência ao NaCl, stress ácido e oxidativo, invasão à células epiteliais, e multiplicação e sobrevivência em macrófagos de humanos e frangos. Será realizado o sequenciamento do genoma total de 12 linhagens de C. coli e o sequenciamento do transcriptoma (RNA seq) de duas linhagens de C. coli. Para a metodologia de RNA seq serão escolhidas duas linhagens de origem clínica e não clínica que apresentarem diferenças significativas frente aos testes fenotípicos acima citados. Os RNAs dessas linhagens serão extraídos após os ensaios de tolerância ao stress ácido e invasão a células CACO-2. Ademais, será realizada a determinação da dose letal média (DL50) de duas linhagens de C. coli. Devido à escassez de estudos envolvendo a espécie de C. coli, estudos que objetivem a elucidação dos mecanismos de patogenicidade e virulência são inéditos e de grande importância. Os resultados a serem obtidos deverão contribuir para a caracterização de C. coli isolados durante 16 anos no Brasil, colaborando para um melhor entendimento desse patógeno considerado de grande importância mundial.

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GOMES, CAROLINA N.; CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE P.; DUQUE, SHEILA S.; FALCAO, JULIANA P.. Campylobacter coli strains from Brazil can invade phagocytic and epithelial cells and induce IL-8 secretion. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 2, p. 859-867, JUN 2021. (15/23408-0, 16/24716-3)

GOMES, CAROLINA N.; PASSAGLIA, JAQUELINE; VILELA, FELIPE P.; PEREIRA DA SILVA, FATIMA M. H. S.; DUQUE, SHEILA S.; FALCAO, JULIANA P.. High survival rates of Campylobacter coli under different stress conditions suggest that more rigorous food control measures might be needed in Brazil. FOOD MICROBIOLOGY, v. 73, p. 327-333, AUG 2018. (15/23408-0, 16/24716-3)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; BARKER, DILLON OLIVER REESE; DUQUE, SHEILA DA SILVA; CHE, EMILY VICTORIA; JAYAMANNA, VASENA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Campylobacter coli isolated in Brazil typed by core genome Multilocus Sequence Typing shows high genomic diversity in a global context. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, NOV 2021. (18/26043-1, 16/24716-3, 15/23408-0, 19/19338-8)

GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; CAMPIONI, FABIO; BARKER, DILLON OLIVER REESE; CHE, EMILY VICTORIA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Antimicrobial resistance genotypes and phenotypes of Campylobacter coli isolated from different sources over a 16-year period in Brazil. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 33, p. 5-pg., 2023-06-01. (22/07013-0, 18/26043-1, 16/24716-3, 19/19338-8, 15/23408-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

GOMES, Carolina Nogueira. Análise fenotípica e sequenciamento do genoma completo de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes durante 16 anos no Brasil. 2020. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.