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Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore

Processo: 15/25096-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2016
Vigência (Término): 16 de junho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Danísio Prado Munari
Beneficiário:Priscila Arrigucci Bernardes
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/22940-3 - Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore, BE.EP.DR
Assunto(s):Pecuária de corte

Resumo

Atualmente as informações de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação (DL) têm contribuido para estudos de aplicação direta da informação genômica e para compreensão da estrutura da população, promovendo avanços na área de melhoramento genético animal. No entanto, devido a diferenças de histórico e estrutura populacional, revelou-se que mesmo em pequenas distâncias no genoma, os animais Bos taurus indicus apresentam menor DL comparado aos animais Bos taurus taurus e cruzados, sugerindo-se utilização de painéis de maiores densidades de SNPs para melhor desempenho ao utilizar abordagens genômicas para esta subespécie. A imputação é amplamente estudada para determinar marcadores não conhecidos com a finalidade de reduzir custos da aplicação de seleção genômica e pode ser utilizada com a finalidade de obter genótipo de animais não genotipados. Esta também é importante ferramenta para combinar dados genotipados com diferentes painéis, podendo fornecer maior densidade de SNPs com alto DL para animais Bos taurus indicus. O uso combinado de painéis de alta densidade pode melhorar a cobertura do genoma quando comparada ao uso de cada painel de genotipagem independentemente. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho são: estudar os segmentos de homozigose (ROH), realizar estudos de imputação utilizando painéis de alta densidade (Ilumina e Affymetrix) e painel customizado em uma população de bovinos da raça Nelore e estimar o desequilíbrio de ligação (DL) e conformação de blocos de haplótipos para estes painéis de alta densidade individualmente e após a imputação.

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SBARDELLA, A. P.; WELLER, M. M. D. C. A.; FONSECA, I; STAFUZZA, N. B.; BERNARDES, P. A.; SILVA, F. F. E.; DA SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P. RNA sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 102, n. 2, p. 1761-1767, FEB 2019. Citações Web of Science: 0.
RAMOS, S. B.; CAETANO, S. L.; ROSA, G. J. M.; SAVEGNAGO, R. P.; KERN, E. L.; BERNANRDES, P. A.; LOBO, R. B.; MUNARI, D. P. Estimation of genetic parameters for cow age at last calving under different censorship criteria. LIVESTOCK SCIENCE, v. 208, p. 40-43, FEB 2018. Citações Web of Science: 0.
BUZANSKAS, M. E.; PIRES, P. S.; CHUD, T. C. S.; BERNARDES, P. A.; ROLA, L. D.; SAVEGNAGO, R. P.; LOBO, R. B.; MUNARI, D. P. Parameter estimates for reproductive and carcass traits in Nelore beef cattle. Theriogenology, v. 92, p. 204-209, APR 1 2017. Citações Web of Science: 7.
BUZANSKAS, MARCOS ELI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; SELEGUIM CHUD, TATIANE CRISTINA; BERNARDES, PRISCILA ARRIGUCCI; DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; DE ALENCAR, MAURICIO MELLO; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; ZANELLA, RICARDO; GUALBERTO BARBOSA DA SILVA, MARCOS VINICIUS; LI, CHANGXI; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; MUNARI, DANISIO PRADO. Study on the introgression of beef breeds in Canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. PLoS One, v. 12, n. 2 FEB 9 2017. Citações Web of Science: 2.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
BERNARDES, Priscila Arrigucci. Imputação e estudos genômicos de bovinos Nelore. 2018. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias..

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