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Caracterização de regiões de CNVs no genoma da galinha e associação com características de músculo de peito

Processo: 16/05769-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 11 de junho de 2016
Vigência (Término): 10 de junho de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Thaís Fernanda Godoy
Supervisor no Exterior: Martien A. M. Groenen
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : Wageningen University, Holanda  
Vinculado à bolsa:15/00616-7 - Identificação e caracterização de CNVs no genoma da galinha e associação com desenvolvimento de músculo de peito, BP.DR
Assunto(s):Variações do número de cópias de DNA   Variação estrutural do genoma   Técnicas de genotipagem   Galinhas   Gallus gallus domesticus

Resumo

A galinha (Gallus gallus) é uma importante fonte de proteína animal e considerada um modelo de pesquisa na área da genética. Identificar variantes genéticas e associá-las com características de interesse são etapas iniciais importantes para compreender as vias biológicas que controlam características de importância zootécnica. Uma importante fonte de variação no genoma da galinha são as regiões com variações no número de cópias (CNVs - copy number variation). As CNVs foram associadas a uma ampla gama de fenótipos em várias espécies. Até o presente momento, CNVs foram identificadas em 1.896 galinhas (da população F2 e TT referência e seus respectivos parentais) a partir dos sinais relativos e frequências alélicas de um chip de SNP de frango de alta densidade. Portanto, este projeto tem como objetivo validar as regiões de CNVs (CNVRs) identificadas a partir de dados de genotipagem com CNVRs identificadas nos dados de sequenciamento na linhagem parental. Em seguida, será realizado o estudo de associação ampla do genoma (GWAS) das CNVRs com características de peso e rendimento do músculo do peito em cada população. As CNVRs associadas serão melhor caracterizadas, quanto às frequências nas populações e o local no genoma, assim como sobreposições com QTLs, genes e vias metabólicas. Espera-se que os resultados possam contribuir para uma melhor compreensão do efeito de variações estruturais no genoma de galinha e em importantes características econômicas. (AU)