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Expressão temporal dos genes do Zika Vírus das linhagens africana e brasileira e mapeamento da expressão gênica em sistemas permissivos, semi-permissivos e não permissivos

Processo: 16/03605-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2016
Vigência (Término): 31 de maio de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Beneficiário:Daniel Ferreira de Lima Neto
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Vírus Zika   Análise de sequência de RNA   Virologia   Expressão gênica

Resumo

O Zika vírus foi descrito pela primeira vez em 1947 na floresta de Zika em Uganda, África. Este vírus foi isolado do macaco Rhesus e inoculado no cérebro de camundongos, o que resultou na detecção do agente filtrável, chamado de Zika virus (ZIKV) . Posteriormente o mesmo vírus foi isolado da espécie de mosquitos Aedes africanus, que mantem relação evolutiva próxima com o Aedes aegipti, muito comum no Brasil. O vírus Zika é um arbovírus membro da família Flaviviridae, gênero Flavivirus e até pouco tempo era um vírus com pouca relevância e expressão, confinado a um estreito nicho animal e restrito à faixa equatorial da África e Ásia. A epidemia atual causada por este arbovírus chamou a atenção do mundo para o Brasil. No momento existem relatos da infecção ocorrendo na América do Sul, Central e Caribe, com ramificações para Estados Unidos, Europa atingindo também a China recentemente. Trabalhos anteriores de nosso grupo revelaram que o genoma do virus é relacionado aos Dengue vírus e os resultados preliminares apresentados neste projeto e em nosso trabalho recente revelaram uma importante adaptação evolutiva do vírus relacionada ao uso de codons do hospedeiro para expressão eficiente de suas proteinas virais, além de compartilhamento de epitopos lineares e estruturais. Porém, ao comparar a linhagem Africana e a brasileira produzida em células permissivas e semi-permissivas, poderemos mensurar tais diferenças, como por exemplo o baixo nível de expressão de alguns genes virais. Para isso, iremos (i) Identificar diferenças qualitativas e quantitativas de RNA mensageiros (mRNA) decorrentes de infecção por Zika linhagem Africana e Brasileira em PBMC; (ii) Analisar in silico as possíveis alterações encontradas no padrão de expressão do mRNA do Zika nas duas linhagens estudadas, o que vai permitir observar alvos para o futuro silenciamento gênico; (iii) Mapear in silico as ORFs diferencialmente expressas; (iv) Analisar as possíveis alterações e propor a rede de interação de expressão gênica nas linhagens estudadas com ferramentas específicas de rede e (iiv) analisar se a regulação de expressão do Zika a diferentes hospedeiros é congruente com outros vírus de RNA. Entender como estes processos funcionam em conjunto e dentro do desenho experimental aqui proposto será determinante na compreensão das redes que são perturbadas no curso desta infecção.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA, DANIELLE B. L.; DURIGON, GIULIANA S.; MENDES, ERICA A.; LADNER, JASON T.; ANDREATA-SANTOS, ROBERT; ARAUJO, DANIELLE B.; BOTOSSO, VIVIANE F.; PAOLA, NICHOLAS D.; NETO, DANIEL F. L.; CUNHA, MARIELTON P.; BRACONI, CARLA T.; ALVES, RUBENS P. S.; JESUS, MONICA R.; PEREIRA, LENNON R.; MELO, STELLA R.; MESQUITA, FLAVIO S.; SILVEIRA, VANESSA B.; THOMAZELLI, LUCIANO M.; FAVORETTO, SILVANA R.; ALMONFREY, FRANCIANE B.; ABDULKADER, REGINA C. R. M.; GABRILI, JOEL M.; TAMBOURGI, DENISE V.; OLIVEIRA, SERGIO F.; PRIETO, KARLA; WILEY, MICHAEL R.; FERREIRA, LUIS C. S.; SILVA, MARCOS V.; PALACIOS, GUSTAVO F.; ZANOTTO, PAOLO M. A.; DURIGON, EDISON L. Persistence and Intra-Host Genetic Evolution of Zika Virus Infection in Symptomatic Adults: A Special View in the Male Reproductive System. Viruses-Basel, v. 10, n. 11 NOV 2018. Citações Web of Science: 1.
DE MELO FREIRE, CAIO CESAR; PALMISANO, GIUSEPPE; BRACONI, CARLA T.; CUGOLA, FERNANDA R.; RUSSO, FABIELE B.; BELTRAO-BRAGES, PATRICIA C. B.; LAMARINO, ATILA; DE LIMA NETO, DANIEL FERREIRA; SALL, AMADOU ALPHA; ROSA-FERNANDES, LIVIA; LARSEN, MARTIN R.; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. NS1 codon usage adaptation to humans in pandemic Zika virus. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 113, n. 5, p. -, 2018. Citações Web of Science: 0.
CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DOS SANTOS, CLIOMAR ALVES; DE LIMA NETO, DANIEL FERREIRA; SCHANOSKI, ALESSANDRA SOARES; POUR, SHAHAB ZAKI; PASSOS, SAULO DUARTE; FEITOSA DE SOUZAE, MERCIA SIMONE; COSTA, DANUZA DUARTE; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Outbreak of chikungunya virus in a vulnerable population of Sergipe, Brazil-A molecular and serological survey. Journal of Clinical Virology, v. 97, p. 44-49, DEC 2017. Citações Web of Science: 4.

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