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Algoritmos para genômica comparativa de culturas e outras plantas com flores

Processo: 16/01511-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 01 de agosto de 2016
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:João Meidanis
Beneficiário:João Meidanis
Anfitrião: David Sankoff
Instituição-sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Ottawa (uOttawa), Canadá  
Assunto(s):Biologia computacional   Rearranjo gênico

Resumo

Através de milhões de anos, a evolução dos seres vivos ocorre não apenas como mutações em genes individuais, mas também como rearranjos na ordem dos genes nos cromossomos, quando comparamos uma espécie a outras, descendentes de um mesmo ancestral comum. Além disso, e especialmente em genomas de plantas, o genoma inteiro pode se duplicar, e boa parte dos genes em excesso se perdem de uma maneira aparentemente imprevisível. Neste projeto, pretendemos continuar a modelar todos estes processos matematicamente e a desenvolver algoritmos combinatórios e análises estatísticas para entender os rearranjos que ocorreram na ordem dos genes dentro e entre cromossomos. Este trabalho tem aplicações no entendimento da evolução dos genomas, em particular de culturas agrícolas e outras plantas com flores. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CHINDELEVITCH, LEONID; LA, SEAN; MEIDANIS, JOAO. A cubic algorithm for the generalized rank median of three genomes. Algorithms for Molecular Biology, v. 14, JUL 26 2019. Citações Web of Science: 0.
SANKOFF, DAVID; ZHENG, CHUNFANG; ZHANG, YUE; MEIDANIS, JOAO; LYONS, ERIC; TANG, HAIBAO. Models for Similarity Distributions of Syntenic Homologs and Applications to Phylogenomics. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 16, n. 3, p. 727-737, MAY-JUN 2019. Citações Web of Science: 4.

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