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Identificação de relações microrganismo/microrganismo e microrganismo/planta à promoção do crescimento vegetal a partir de uma coleção de bactérias representativa do microbioma da cana-de-açúcar

Processo: 16/04322-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de julho de 2016
Vigência (Término): 31 de agosto de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Paulo Arruda
Beneficiário:Jaderson Silveira Leite Armanhi
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Interações microbianas   Crescimento vegetal   Plantas   Cana-de-açúcar

Resumo

Tradicionalmente, o isolamento de microrganismos a partir de amostras do ambiente é realizado através de múltiplas etapas de estriamento em meios de cultura sólidos até a obtenção de uma cultura axênica (colônias puras). Tal procedimento é dispendioso, demorado e pode levar à perda de informações sobre as relações ecológicas entre diferentes microrganismos. Em diversos casos, a interação entre microrganismos ou mesmo sua interdependência estrita é justamente o fator que limita a amostragem fidedigna da diversidade de um ambiente. Neste trabalho desenvolvemos um método para a construção de coleções de microrganismos baseado em comunidades (Community-Based Culture collections, CBC) amostradas do ambiente através de uma única etapa de plaqueamento. Aplicamos essa metodologia para amostrar comunidades microbianas de raiz e colmo de cana-de-açúcar e construir uma CBC com aproximadamente 5 mil culturas armazenadas em 56 placas de 96 poços. Para identificar esses microrganismos desenvolvemos uma metodologia de sequenciamento de pools de amplicons utilizando barcodes que possibilitou a identificação dos microrganismos presentes em cada um dos poços. Nessa metodologia são produzidos amplicons "full-length" do gene ribossomal 16S que, após sequenciamento através da plataforma PacBio RS II, permitem a identificação até o nível de gênero de microrganismos isolados ou em comunidades presentes em cada poço das placas. Os métodos de construção e anotação das CBCs representam um avanço para acessar comunidades microbianas amostradas do ambiente e estudar seu impacto na interação com organismos-alvo. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CORREA DE SOUZA, RAFAEL SOARES; LEITE ARMANHI, JADERSON SILVEIRA; DAMASCENO, NATALIA DE BRITO; IMPERIAL, JUAN; ARRUDA, PAULO. Genome Sequences of a Plant Beneficial Synthetic Bacterial Community Reveal Genetic Features for Successful Plant Colonization. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, AUG 13 2019. Citações Web of Science: 0.
LEITE ARMANHI, JADERSON SILVEIRA; CORREA DE SOUZA, RAFAEL SOARES; DAMASCENO, NATALIA DE BRITO; DE ARAUJO, LAURA M.; IMPERIAL, JUAN; ARRUDA, PAULO. A Community-Based Culture Collection for Targeting Novel Plant Growth-Promoting Bacteria from the Sugarcane Microbiome. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, JAN 4 2018. Citações Web of Science: 9.

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