Avaliação de mecanismos de quinases e proteínas relacionadas

• Processo: 16/08753-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2016
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Leandro Cristante de Oliveira
• Beneficiário: Raphael Vinicius Rodrigues Dias
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Física computacional Simulação por computador Quinases Física biológica Biofísica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biofísica Molecular | Física Biológica | Mudanças conformacionais | Proteínas adaptadores | Quinases | Simulações Computacionais | Física computacional

Resumo

As proteínas classificadas como quínases são indispensáveis em diversos processos biológicos como o controle celular, regulação e transdução de sinais. Seus mecanismos regulatórios podem depender de diversos fatores, como alterações químicas do ambiente e mudanças conformacionais, incluindo o recrutamento de proteínas adaptadoras. Essas colocações enfatizam a importância de um entendimento detalhado dos mecanismos de controle das proteínas quínases assim como do funcionamento de proteínas adaptadoras. O presente projeto visa avaliar mudanças conformacionais da proteína quínase C-terminal Src (C-terminal Src Kinase, Csk), uma proteína envolvida em diferentes processos biológicos como controle do ciclo celular, desenvolvimento neurológico, e que também está relacionada com linfoma e cânceres. Também será avaliado o papel de interações eletrostáticas entre a proteína adaptadora Grb2 (Growth Factor Receptor-Binding Protein, Grb2) e os ligantes Cumarina e Morina. A ausência de uma interpretação molecular exploratória das funções associadas à Csk e a Grb2 enfatizam a importância dessas investigações. Assim a identificação de regiões alvo podem revelar possibilidades para futuros estudos envolvendo melhorias em tratamentos médicos, isto é, funcionar como ponto de partida para engenharia de proteínas ou desenho racional de drogas. As simulações de Csk e Grb2 serão realizadas por meio de Dinâmica Molecular empregando modelos minimalistas com um baixo custo computacional. As interações entre a Grb2 e os sugeridos ligantes serão avaliados empregando docking molecular. Os pacotes UCSF Dock e UCSF Chimera são a principal escolha devido à versatilidade de campos de força, funções de reclassificação energética e devido a possibilidade de implementação de abordagens estatísticas para resultados mais precisos.

Publicações científicas

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(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)

SANCHES, KAROLINE; DIAS, RAPHAEL V. R.; DA SILVA, PAULO H.; CARUSO, ICARO P.; FOSSEY, MARCELO A.; DE SOUZA, FATIMA P.; DE OLIVEIRA, LEANDRO C.; MELO, FERNANDO A.. Thermodynamic profile and molecular modeling of the interaction between Grb2 dimer and flavonoids Rutin and Morin. Journal of Molecular Structure, v. 1234, p. 10-pg., 2021-03-06. (16/08753-6, 14/17630-0, 19/24974-0)

DIAS, RAPHAEL VINICIUS RODRIGUES; FERREIRA, CAROLINA TATIANI ALVES; JENNINGS, PATRICIA ANN; WHITFORD, PAUL CHARLES; DE OLIVEIRA, LEANDRO CRISTANTE. Csk ?C Helix: A Computational Analysis of an Essential Region for Conformational Transitions. Journal of Physical Chemistry B, v. 126, n. 50, p. 10-pg., 2022-12-13. (16/08753-6)

BALDASSA, MONIZE A. B.; DIAS, RAPHAEL V. R.; OLIVEIRA, LEANDRO C.; FEITOSA, ELOI. Aqueous mixtures of cornstarch and Pluronic? F127 studied by experimental and computational techniques. Food Research International, v. 158, p. 9-pg., 2022-06-27. (16/08753-6)

DIAS, RAPHAEL V. R.; PEDRO, RENAN P.; SANCHES, MURILO N.; MOREIRA, GIOVANA C.; LEITE, VITOR B. P.; CARUSO, ICARO P.; DE MELO, FERNANDO A.; DE OLIVEIRA, LEANDRO C.. Unveiling Metastable Ensembles of GRB2 and the Relevance of Interdomain Communication during Folding. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 63, n. 20, p. 10-pg., 2023-10-12. (19/24974-0, 14/17630-0, 21/15028-4, 19/22540-3, 23/02219-1, 16/08753-6)

SANCHES, KAROLINE; RODRIGUES DIAS, RAPHAEL VINICIUS; DA SILVA, PAULO HENRIQUE; FOSSEY, MARCELO ANDRES; CARUSO, ICARO PUTINHON; DE SOUZA, FATIMA PEREIRA; DE OLIVEIRA, LEANDRO CRISTANTE; DE MELO, FERNANDO ALVES. Grb2 dimer interacts with Coumarin through SH2 domains: A combined experimental and molecular modeling study. HELIYON, v. 5, n. 11, NOV 2019. (14/17630-0, 09/53989-4, 16/08753-6)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

DIAS, Raphael Vinicius Rodrigues. Avaliação computacional de mecanismos de quinases e proteínas relacionadas. 2018. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas. São José do Rio Preto São José do Rio Preto.