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Análise de polimorfismos funcionais associados a eficiência alimentar em bovinos Nelore

Processo: 16/11585-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de agosto de 2016
Vigência (Término): 17 de novembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Heidge Fukumasu
Beneficiário:Gabriela Ribeiro
Instituição-sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/07566-2 - Genômica aplicada à produção de ruminantes, AP.TEM
Assunto(s):Fígado   Biologia molecular   RNA   Eficiência alimentar

Resumo

Em função do crescimento da população e do consequente aumento na demanda de carne bovina, são justificáveis os estudos na área de eficiência alimentar (EA) para bovinos de corte, já que esta característica está ligada à melhora da produtividade. Por ser uma avaliação demorada e onerosa, a identificação de marcadores moleculares associados à EA é fundamental para seleção de animais superiores de forma simples e rápida. O objetivo desse trabalho é identificar variações genômicas funcionais associadas à EA através da análise da sequência de transcritos expressos no fígado de bovinos de corte da raça Nelore. Para tal, foram utilizadas amostras de fígado de 8 animais de alta eficiência alimentar (AEA) e 8 animais de baixa eficiência alimentar (BEA). As amostras tiveram seu RNA extraído e foram sequenciadas em equipamento Illumina HiSeq 2500. Em seguida, foram alinhadas com o genoma de referência bovino (UMD3.1) e passaram por um controle de qualidade onde foram excluídas duplicatas de PCR, alinhamentos secundários e alinhamentos com baixa qualidade. Neste projeto, para a identificação dos polimorfismos funcionais associados a EA, será utilizado o software SAMtools e os arquivos gerados serão utilizados no software CLCbio, para fazer o controle de qualidade que manterá apenas variações com qualidade > 30 e profundidade de sequenciamento > 4. Posteriormente, serão identificados os genótipos com diferença de frequência entre os grupos de alta e baixa EA. A variações encontradas serão analisadas na ferramenta online VEP para a identificação de suas consequências funcionais. Os polimorfismos que forem importantes para a característica serão avaliados em população de animais já fenotipados com material genético mantido no banco de amostras do Grupo de Melhoramento Animal e Biotecnologia da FZEA-USP. Com isso, esperamos determinar um conjunto de marcadores moleculares com potencial implicação funcional na característica de EA, que depois de passarem por validação em uma população maior de animais avaliados para essa característica, possam ser utilizados para a seleção de animais mais eficientes.

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