Desenvolvimento de Infraestrutura, ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica no projeto CeTICS

• Processo: 16/13469-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2016
• Vigência (Término): 20 de novembro de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
• Beneficiário: Felipe Gobbi Grazziotin
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Assunto(s): Serpentes Biologia computacional Genômica Transcriptômica Venenos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Genômica | Serpentes | Transcriptômica | venenos | Bioinformática

Resumo

Uma das áreas temáticas definidas no projeto atual do CeTICS é a investigação genômica de venenos em uma perspectiva evolutiva. Essa envolve projetos como "Deep sequencing investigation of snake genomes" e "Comparative genomics of goo-eater snakes" nos quais pretendemos identificar genes de toxinas, verificar seus padrões de expressão e compará-los em diferentes espécies e populações visando responder às perguntas evolutivas apresentadas no projeto principal. Nossa experiência anterior mostrou que o sequenciamento randômico de genomas complexos como os ofídicos é dificultado pelo alto teor de repetições, sendo pouco produtivo para essa finalidade. Pretendemos agora testar estratégias mais direcionadas, como o screening in silico de bibliotecas genômicas em BACs, seleção por técnicas baseadas em CRISPRs, ou a captura de exons com sondas de oligonucleotídeos, que podem ser alternativas mais práticas para a obtenção desses segmentos. Além disso, os projetos preveem ampla integração genômica-transcriptômica em diversos organismos. Tais atividades exigirão o uso de ferramentas e scripts bioinformáticos específicos, muitas vezes desenvolvidos on demand em ambiente Linux. A disponibilidade de um Técnico de Treinamento apto a executar tarefas bioinformáticas e a compreender o contexto biológico da pesquisa é necessária neste caso.

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CARRASCO, PAOLA A.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; CRUZ FARFAN, ROY SANTA; KOCH, CLAUDIA; ANTONIO OCHOA, JOSE; SCROCCHI, GUSTAVO J.; LEYNAUD, GERARDO C.; CHAPARRO, JUAN C.. A new species of Bothrops (Serpentes: Viperidae: Crotalinae) from Pampas del Heath, southeastern Peru, with comments on the systematics of the Bothrops neuwiedi species group. Zootaxa, v. 4565, n. 3, p. 301-344, MAR 11 2019. (12/08661-3, 16/50127-5, 16/13469-5)

JUAN CAMILO ARREDONDO; FELIPE G. GRAZZIOTIN; GUSTAVO J. SCROCCHI; MIGUEL TREFAUT RODRIGUES; SANDRO LUÍS BONATTO; HUSSAM ZAHER. Molecular phylogeny of the tribe Philodryadini Cope, 1886 (Dipsadidae: Xenodontinae): Rediscovering the diversity of the South American Racers. Papéis Avulsos de Zoologia (São Paulo), v. 60, 2020-11-13. (03/10335-8, 16/50127-5, 16/13469-5, 12/08661-3, 11/50146-6, 11/50206-9)

ZAHER, HUSSAM; MURPHY, ROBERT W.; ARREDONDO, JUAN CAMILO; GRABOSKI, ROBERTA; MACHADO-FILHO, PAULO ROBERTO; MAHLOW, KRISTIN; MONTINGELLIL, GIOVANNA G.; QUADROS, ANA BOTTALLO; ORLOV, NIKOLAI L.; WILKINSON, MARK; et al. Large-scale molecular phylogeny, morphology, divergence-time estimation, and the fossil record of advanced caenophidian snakes (Squamata: Serpentes). PLoS One, v. 14, n. 5, MAY 10 2019. (02/13602-4, 07/52144-5, 07/52781-5, 11/50206-9, 16/50127-5, 16/13469-5, 12/08661-3, 12/24755-8, 08/52285-0)

GRABOSKI, ROBERTA; ARREDONDO, JUAN C.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; DA SILVA, ARIANE A. A.; PRUDENTE, ANA L. C.; RODRIGUES, MIGUEL T.; BONATTO, SANDRO L.; ZAHER, HUSSAM. Molecular phylogeny and hemipenial diversity of South American species of Amerotyphlops (Typhlopidae, Scolecophidia). ZOOLOGICA SCRIPTA, v. 48, n. 2, p. 139-156, MAR 2019. (08/52285-0, 12/08661-3, 03/10335-8, 16/13469-5, 16/50127-5, 11/50206-9)

ENTIAUSPE-NETO, OMAR M.; KOCH, CLAUDIA; GUEDES, THAIS B.; PAREDERO, RAFAEL C. B.; TIUTENKO, ARTHUR; LOEBMANN, DANIEL. Unveiling an enigma from the Cerrado: taxonomic revision of two sympatric species of Apostolepis Cope, 1862 (Dipsadidae: Xenodontinae: Elapomorphini) from central Brazil. EUROPEAN JOURNAL OF TAXONOMY, v. 817, p. 40-pg., 2022-04-26. (14/18837-7, 16/13469-5, 16/50127-5, 21/13671-7, 13/04170-8)

ENTIAUSPE-NETO, OMAR M.; REICHLE, STEFFEN; DE LOS RIOS, ALEJANDRO. A case of playful interaction between Bolivian river dolphins with a Beni anaconda. ECOLOGY, v. N/A, p. 4-pg., 2022-05-28. (21/13671-7, 16/50127-5, 16/13469-5)

ORTEGA-ANDRADE, H. MAURICIO; BENTLEY, ALEXANDER; KOCH, CLAUDIA; YANEZ-MUNOZ, MARIO H.; ENTIAUSPE-NETO, OMAR M.. A time relic: a new species of dwarf boa, Tropidophis Bibron, 1840 (Serpentes: Amerophidia), from the Upper Amazon Basin. EUROPEAN JOURNAL OF TAXONOMY, v. 854, p. 107-pg., 2022-12-29. (21/13671-7, 16/13469-5, 16/50127-5)

GRABOSKI, ROBERTA; ARREDONDO, JUAN C.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; GUERRA-FUENTES, RICARDO ARTURO; DA SILVA, ARIANE A. A.; PRUDENTE, ANA L. C.; PINTO, ROBERTA R.; RODRIGUES, MIGUEL T.; BONATTO, SANDRO L.; ZAHER, HUSSAM. Revealing the cryptic diversity of the widespread and poorly known South American blind snake genus Amerotyphlops (Typhlopidae: Scolecophidia) through integrative taxonomy. ZOOLOGICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY, v. N/A, p. 33-pg., 2022-11-12. (03/10335-8, 12/08661-3, 16/13469-5, 16/50127-5, 11/50206-9, 08/52285-0)