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Desenvolvimento de infraestrutura, ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica no projeto CeTICS

Processo: 16/13469-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de setembro de 2016
Vigência (Término): 20 de novembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
Beneficiário:Felipe Gobbi Grazziotin
Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
Assunto(s):Serpentes   Biologia computacional   Genômica   Transcriptômica   Venenos

Resumo

Uma das áreas temáticas definidas no projeto atual do CeTICS é a investigação genômica de venenos em uma perspectiva evolutiva. Essa envolve projetos como "Deep sequencing investigation of snake genomes" e "Comparative genomics of goo-eater snakes" nos quais pretendemos identificar genes de toxinas, verificar seus padrões de expressão e compará-los em diferentes espécies e populações visando responder às perguntas evolutivas apresentadas no projeto principal. Nossa experiência anterior mostrou que o sequenciamento randômico de genomas complexos como os ofídicos é dificultado pelo alto teor de repetições, sendo pouco produtivo para essa finalidade. Pretendemos agora testar estratégias mais direcionadas, como o screening in silico de bibliotecas genômicas em BACs, seleção por técnicas baseadas em CRISPRs, ou a captura de exons com sondas de oligonucleotídeos, que podem ser alternativas mais práticas para a obtenção desses segmentos. Além disso, os projetos preveem ampla integração genômica-transcriptômica em diversos organismos. Tais atividades exigirão o uso de ferramentas e scripts bioinformáticos específicos, muitas vezes desenvolvidos on demand em ambiente Linux. A disponibilidade de um Técnico de Treinamento apto a executar tarefas bioinformáticas e a compreender o contexto biológico da pesquisa é necessária neste caso.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ZAHER, HUSSAM; MURPHY, ROBERT W.; ARREDONDO, JUAN CAMILO; GRABOSKI, ROBERTA; MACHADO-FILHO, PAULO ROBERTO; MAHLOW, KRISTIN; MONTINGELLIL, GIOVANNA G.; QUADROS, ANA BOTTALLO; ORLOV, NIKOLAI L.; WILKINSON, MARK; ZHANG, YA-PING; GRAZZIOTIN, FELIPE G. Large-scale molecular phylogeny, morphology, divergence-time estimation, and the fossil record of advanced caenophidian snakes (Squamata: Serpentes). PLoS One, v. 14, n. 5 MAY 10 2019. Citações Web of Science: 1.
CARRASCO, PAOLA A.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; CRUZ FARFAN, ROY SANTA; KOCH, CLAUDIA; ANTONIO OCHOA, JOSE; SCROCCHI, GUSTAVO J.; LEYNAUD, GERARDO C.; CHAPARRO, JUAN C. A new species of Bothrops (Serpentes: Viperidae: Crotalinae) from Pampas del Heath, southeastern Peru, with comments on the systematics of the Bothrops neuwiedi species group. Zootaxa, v. 4565, n. 3, p. 301-344, MAR 11 2019. Citações Web of Science: 1.
GRABOSKI, ROBERTA; ARREDONDO, JUAN C.; GRAZZIOTIN, FELIPE G.; DA SILVA, ARIANE A. A.; PRUDENTE, ANA L. C.; RODRIGUES, MIGUEL T.; BONATTO, SANDRO L.; ZAHER, HUSSAM. Molecular phylogeny and hemipenial diversity of South American species of Amerotyphlops (Typhlopidae, Scolecophidia). ZOOLOGICA SCRIPTA, v. 48, n. 2, p. 139-156, MAR 2019. Citações Web of Science: 0.

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