Investigação da susceptibilidade de variações genéticas a Periodontite Crônica por OpenArray®: Bioestatística, Bioinformática e Análise Funcional

• Processo: 16/18313-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de dezembro de 2016
• Vigência (Término): 30 de novembro de 2017
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Odontologia - Periodontia
• Pesquisador responsável: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga
• Beneficiário: Rafael Nepomuceno Oliveira
• Supervisor: Silvana Pereira Barros
• Instituição Sede: Faculdade de Odontologia (FOAr). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araraquara. Araraquara , SP, Brasil
• Local de pesquisa: University of North Carolina at Chapel Hill (UNC), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 14/13295-1 - Investigação da associação de variações genéticas na suscetibilidade à doença periodontal crônica por meio de OpenArray®, BP.DR
• Assunto(s): Periodontite crônica Biologia computacional Análise funcional Bioestatística Polimorfismo genético
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise Funcional | Bioestatística | bioinformática | openarray | periodontite crônica | Polimorfismo genético | Periodontia

Resumo

Muitos estudos em todo o mundo têm investigado polimorfismos genéticos associados com a susceptibilidade à Doença Periodontal (DP), entretanto são necessários mais estudos para identificar fatores de risco para Periodontite Crônica (PC) na população brasileira, principalmente devido a sua miscigenação. Além disso, há poucos estudos com foco na identificação da funcionalidade biológica de polimorfismos no contexto da DP. A presente proposta BEPE visa complementar o Projeto de Doutorado (apoiado pela FAPESP) na Universidade da Carolina do Norte em Chapel Hill (UNC). O Projeto de Doutorado em desenvolvimento no Brasil tem como objetivo investigar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em genes candidatos que potencialmente poderiam influenciar a susceptibilidade à PC em uma população brasileira. Um total de 712 pacientes foram selecionados e divididos em: (i) Grupo A (n = 356) pacientes com PC moderada ou severa; Grupo B (n = 356): pacientes com PC leve e pacientes saudáveis. Os dados de genotipagem serão obtidos a partir de 64 SNPs de genes candidatos, por meio de PCR em tempo-real, utilizando o sistema OpenArrayTM (Applied Biosystems). Depois de realizar esta parte no Brasil, nos propomos a executar, na UNC, análises profundas e complexas de bioestatística e bioinformática dos dados de genotipagem. Análise de Componentes Principais (PCA) desses SNPs genotipados será feita para explorar a relação das amostras. Depois de fazer uma completa regressão logística para SNPs e covariáveis individuais, serão realizados mais testes de interação entre dois SNPs e covariáveis, além de análise genômica funcional. Propomos também realizar análise funcional de um SNP selecionado, investigando sua potencial influência de transcrição / translação sobre o gene que reside, bem como outros genes biologicamente relacionados com ele, como outros genes na mesma cascata de sinalização.

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NEPOMUCENO, RAFAEL; PIGOSSI, SUZANE C.; FINOTI, LIVIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; BARROS, SILVANA P.; OFFENBACHER, STEVEN; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Serum lipid levels in patients with periodontal disease: A meta-analysis and meta-regression. JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY, v. 44, n. 12, p. 1192-1207, DEC 2017. (16/18313-3, 14/13295-1)

DA SILVA, BARBARA ROQUE; CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; THEODORO, LETICIA HELENA; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Functional haplotype in the Interleukin8 (CXCL8) gene is associated with type 2 Diabetes Mellitus and Periodontitis in Brazilian population. DIABETES & METABOLIC SYNDROME-CLINICAL RESEARCH & REVIEWS, v. 14, n. 6, p. 1665-1672, NOV-DEC 2020. (14/13295-1, 16/03753-8, 16/18313-3, 16/25418-6, 18/26367-1, 16/08070-6)

RIMACHI HIDALGO, MARCO A.; CIRELLI, THAMIRIS; DA SILVA, BARBARA ROQUE; NICCHIO, INGRA GAGNO; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA HELENA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Polymorphisms and haplotypes in the Interleukin 17 Alfa gene: potential effect of smoking habits in the association with periodontitis and type 2 diabetes mellitus. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 48, n. 2, FEB 2021. (18/26367-1, 16/03753-8, 16/08070-6, 16/18313-3, 14/13295-1)

SILVA, ARLES NAISA AMARAL; NICCHIO, INGRA GAGNO; DA SILVA, BARBARA ROQUE; MARTELLI, MAURICIO GANDINI GIANI; HIDALGO, MARCO A. RIMACHI; NEPOMUCENO, RAFAEL; THEODORO, LETICIA H.; CIRELLI, JONI A.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, THAMIRIS; et al. Polymorphisms in risk genes of type 2 diabetes mellitus could be also markers of susceptibility to periodontitis. ARCHIVES OF ORAL BIOLOGY, v. 143, p. 12-pg., 2022-09-01. (16/18313-3, 16/08070-6, 14/13295-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NICCHIO, INGRA G.; BUSSANELI, DIEGO G.; SILVA, BARBARA R.; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Evidence Linking PPARG Genetic Variants with Periodontitis and Type 2 Diabetes Mellitus in a Brazilian Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 24, n. 7, p. 17-pg., 2023-04-01. (16/08070-6, 16/03753-8, 14/13295-1, 16/18313-3, 18/26367-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; ROSSA, JR., CARLOS; CIRELLI, JONI A.; NORTH, KARI E.; GRAFF, MARIAELISA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Validation in a Brazilian population of gene markers of periodontitis previously investigated by GWAS and bioinformatic studies. Journal of Periodontology, v. 92, n. 5, p. 689-703, MAY 2021. (16/03753-8, 16/18313-3, 14/13295-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; RIOS, ANA CLAUDIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Genetic polymorphisms in theInterleukins IL1B, IL4,andIL6are associated with concomitant periodontitis and type 2 diabetes mellitus in Brazilian patients. JOURNAL OF PERIODONTAL RESEARCH, v. 55, n. 6, p. 13-pg., 2020-07-09. (16/08070-6, 14/13295-1, 16/03753-8, 16/18313-3)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; RIOS, ANA CLAUDIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Genetic polymorphisms in theInterleukins IL1B, IL4,andIL6are associated with concomitant periodontitis and type 2 diabetes mellitus in Brazilian patients. JOURNAL OF PERIODONTAL RESEARCH, v. 55, n. 6, JUL 2020. (14/13295-1, 16/18313-3, 16/03753-8, 16/08070-6)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; GOVEIA, JESSICA MARINA; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA HELENA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Association of type 2 diabetes mellitus and periodontal disease susceptibility with genome-wide association-identified risk variants in a Southeastern Brazilian population. CLINICAL ORAL INVESTIGATIONS, v. 25, n. 6, JAN 2021. (18/26367-1, 14/13295-1, 16/18313-3, 16/08070-6, 16/03753-8)