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Investigação da susceptibilidade de variações genéticas a periodontite crônica por OpenArray®: bioestatística, bioinformática e análise funcional

Processo: 16/18313-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2016
Vigência (Término): 30 de novembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Odontologia - Periodontia
Pesquisador responsável:Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga
Beneficiário:Rafael Nepomuceno Oliveira
Supervisor no Exterior: Silvana Pereira Barros
Instituição-sede: Faculdade de Odontologia (FOAr). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araraquara. Araraquara , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of North Carolina at Chapel Hill (UNC), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:14/13295-1 - Investigação da associação de variações genéticas na suscetibilidade à doença periodontal crônica por meio de OpenArray®, BP.DR
Assunto(s):Periodontite crônica   Biologia computacional   Análise funcional   Bioestatística   Polimorfismo genético

Resumo

Muitos estudos em todo o mundo têm investigado polimorfismos genéticos associados com a susceptibilidade à Doença Periodontal (DP), entretanto são necessários mais estudos para identificar fatores de risco para Periodontite Crônica (PC) na população brasileira, principalmente devido a sua miscigenação. Além disso, há poucos estudos com foco na identificação da funcionalidade biológica de polimorfismos no contexto da DP. A presente proposta BEPE visa complementar o Projeto de Doutorado (apoiado pela FAPESP) na Universidade da Carolina do Norte em Chapel Hill (UNC). O Projeto de Doutorado em desenvolvimento no Brasil tem como objetivo investigar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em genes candidatos que potencialmente poderiam influenciar a susceptibilidade à PC em uma população brasileira. Um total de 712 pacientes foram selecionados e divididos em: (i) Grupo A (n = 356) pacientes com PC moderada ou severa; Grupo B (n = 356): pacientes com PC leve e pacientes saudáveis. Os dados de genotipagem serão obtidos a partir de 64 SNPs de genes candidatos, por meio de PCR em tempo-real, utilizando o sistema OpenArrayTM (Applied Biosystems). Depois de realizar esta parte no Brasil, nos propomos a executar, na UNC, análises profundas e complexas de bioestatística e bioinformática dos dados de genotipagem. Análise de Componentes Principais (PCA) desses SNPs genotipados será feita para explorar a relação das amostras. Depois de fazer uma completa regressão logística para SNPs e covariáveis individuais, serão realizados mais testes de interação entre dois SNPs e covariáveis, além de análise genômica funcional. Propomos também realizar análise funcional de um SNP selecionado, investigando sua potencial influência de transcrição / translação sobre o gene que reside, bem como outros genes biologicamente relacionados com ele, como outros genes na mesma cascata de sinalização.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
NEPOMUCENO, RAFAEL; PIGOSSI, SUZANE C.; FINOTI, LIVIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; BARROS, SILVANA P.; OFFENBACHER, STEVEN; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M. Serum lipid levels in patients with periodontal disease: A meta-analysis and meta-regression. JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY, v. 44, n. 12, p. 1192-1207, DEC 2017. Citações Web of Science: 6.

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