Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore

• Processo: 16/22940-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 22 de março de 2017
• Data de Término da vigência: 06 de fevereiro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Danísio Prado Munari
• Beneficiário: Priscila Arrigucci Bernardes
• Supervisor: Cedric Gondro
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of New England, Armidale (UNE), Austrália
• Vinculado à bolsa: 15/25096-6 - Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore, BP.DR
• Assunto(s): Melhoramento genético animal Desequilíbrio de ligação Gado Nelore Bos taurus indicus Bos taurus taurus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Beef cattle | Melhoramento de bovinos de corte

Resumo

Atualmente as informações de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação (DL) têm contribuido para estudos de aplicação direta da informação genômica e para compreensão da estrutura da população, promovendo avanços na área de melhoramento genético animal. No entanto, devido a diferenças de histórico e estrutura populacional, revelou-se que mesmo em pequenas distâncias no genoma, os animais Bos taurus indicus apresentam menor DL comparado aos animais Bos taurus taurus e cruzados, sugerindo-se utilização de painéis de maiores densidades de SNPs para melhor desempenho ao utilizar abordagens genômicas para esta subespécie. A imputação é amplamente estudada para determinar marcadores não conhecidos com a finalidade de reduzir custos da aplicação de seleção genômica e pode ser utilizada com a finalidade de obter genótipo de animais não genotipados. Esta também é importante ferramenta para combinar dados genotipados com diferentes painéis, podendo fornecer maior densidade de SNPs com alto DL para animais Bos taurus indicus. O uso combinado de painéis de alta densidade pode melhorar a cobertura do genoma quando comparada ao uso de cada painel de genotipagem independentemente. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho são: estudar os segmentos de homozigose (ROH), realizar estudos de imputação utilizando painéis de alta densidade (Ilumina e Affymetrix) e painel customizado em uma população de bovinos da raça Nelore e estimar o desequilíbrio de ligação (DL) e conformação de blocos de haplótipos para estes painéis de alta densidade individualmente e após a imputação. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

WATANABE, RAFAEL NAKAMURA; DO NASCIMENTO, GUILHERME BATISTA; BERNARDES, PRISCILA ARRIGUCCI; DA COSTA, REBEKA MAGALHAES; LOBO, RAYSILDO BARBOSA; BALDI, FERNANDO; MUNARI, DANISIO PRADO. Inclusion of genomic information in estimation of genetic parameters for body weights and visual scores in Nelore cattle. REVISTA BRASILEIRA DE ZOOTECNIA-BRAZILIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 50, 2021. (16/22940-3, 15/25096-6)

SBARDELLA, A. P.; WELLER, M. M. D. C. A.; FONSECA, I; STAFUZZA, N. B.; BERNARDES, P. A.; SILVA, F. F. E.; DA SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P.. RNA sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 102, n. 2, p. 1761-1767, FEB 2019. (16/22940-3, 15/25096-6)

BERNARDES, PRISCILA ARRIGUCCI; DO NASCIMENTO, GUILHERME BATISTA; SAVEGNAGO, RODRIGO PELICIONI; BUZANSKAS, MARCOS ELI; WATANABE, RAFAEL NAKAMURA; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN; GONDRO, CEDRIC; MUNARI, DANISIO PRADO. Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in Nelore beef cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, NOV 29 2019. (13/20091-0, 12/23638-8, 16/22940-3, 15/25096-6, 13/19335-2)