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Identificação de biomarcadores microbianos no câncer colorretal através da caracterização metagenômica a nível de cepa

Processo: 16/23527-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 03 de abril de 2017
Vigência (Término): 02 de abril de 2018
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Andrew Maltez Thomas
Supervisor no Exterior: Nicola Segata
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: Universitá degli Studi di Trento, Itália  
Vinculado à bolsa:15/01507-7 - Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer, BP.DR
Assunto(s):Biologia computacional

Resumo

O câncer colorretal (CCR) é o terceiro câncer mais comum no mundo, afetando mais de 1.3 milhões de pessoas a cada ano. O CCR pode ser dividido em esporádico, inflamatório e hereditário. A genética, porém, só consegue explicar uma pequena parcela da variância desta doença. Através do sequenciamento de amplicons 16S rRNA, diversas espécies bacterianas têm sido implicadas em seu desenvolvimento, porém ainda faltam biomarcadores microbianos de alta resolução. Poucos estudos têm investigado mudanças na microbiota fecal associadas ao CCR e seu potencial como biomarcadores microbianos usando dados metagenômicos de sequenciamento shotgun. Somado a isso, estudos existentes têm adotado ferramentas computacionais incapazes de investigar a diversidade microbiana dentre espécies, algo limitante dado a variabilidade inter-espécies de muitos microorganismos. Nós usaremos o sequenciamento metagenômico de amostras fecais para identificar biomarcadores taxonômicos (a nível de cepa) e funcionais, capazes de distinguir entre pacientes com CCR e indivíduos livre de doença em uma coorte Italiana de 102 participantes, divididos em 75 casos com CCR e 27 controles. Estes biomarcadores serão validados em todos os datasets metagenômicos fecais de CCR disponíveis atualmente. Ao mesmo tempo, iremos identificar e quantificar enzimas microbianas produtoras de trimetilamina (TMA) nestes dados, com o intuito de avaliar o aumento do metabolismo da colina em pacientes com CCR. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Estudo investiga envolvimento de bactérias intestinais no câncer de reto 
Study investigates the involvement of intestinal bacteria in rectal cancer  
Estudian la participación de bacterias intestinales en el cáncer del recto 
Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el surgimiento del cáncer colorrectal 
Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal 
Intestinal bacteria can be used to predict occurrence of colorectal cancer 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (20 total):
Mais itensMenos itens
Folha de S. Paulo: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Folha.com: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (05/Ago/2019)
Diário do Poder: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Pesquisas de Química: Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal (03/Jan/2020)
Portal da Enfermagem: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Central das Notícias: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Ago/2019)
Meridional FM: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (05/Ago/2019)
Eres Viral: Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (29/Mai/2019)
FolhaMT: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
FolhaPA: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Folha GO: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Sindicato dos Comerciários (SP): Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/Mai/2019)
Jornal da USP online: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (23/Mai/2019)
Diário da Manhã (RS): Estudo traz novidades para o câncer de intestino (11/Mai/2019)
El Grafico del Sur (República Dominicana): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (11/Mai/2019)
NCYT Amazings (Espanha): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (09/Mai/2019)
Catalunya Vanguardista (Espanha): Análisis predictivo para el cáncer de colon (09/Mai/2019)
Science and Technology Research News (EUA): Intestinal Bacteria Can Be Used to Predict Occurrence of Colorectal Cancer (26/Abr/2019)
Diário do Rio Doce online: Estudo encontra relação entre bactérias do intestino e câncer colorretal (18/Abr/2019)
Doosar: Bowel bacteria may be associated with colorectal cancer (02/Abr/2019)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
THOMAS, ANDREW MALTEZ; MANGHI, PAOLO; ASNICAR, FRANCESCO; PASOLLI, EDOARDO; ARMANINI, FEDERICA; ZOLFO, MORENO; BEGHINI, FRANCESCO; MANARA, SERENA; KARCHER, NICOLAI; POZZI, CHIARA; GANDINI, SARA; SERRANO, DAVIDE; TARALLO, SONIA; FRANCAVILLA, ANTONIO; GALLO, GAETANO; TROMPETTO, MARIO; FERRERO, GIULIO; MIZUTANI, SAYAKA; SHIROMA, HIROTSUGU; SHIBA, SATOSHI; SHIBATA, TATSUHIRO; YACHIDA, SHINICHI; YAMADA, TAKUJI; WIRBEL, JAKOB; SCHROTZ-KING, PETRA; ULRICH, CORNELIA M.; BRENNER, HERMANN; ARUMUGAM, MANIMOZHIYAN; BORK, PEER; ZELLER, GEORG; CORDERO, FRANCESCA; DIAS-NETO, EMMANUEL; SETUBAL, JOAO CARLOS; TETT, ADRIAN; PARDINI, BARBARA; RESCIGNO, MARIA; WALDRON, LEVI; NACCARATI, ALESSIO; SEGATA, NICOLA. Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation. Nature Medicine, v. 25, n. 4, p. 667+, APR 2019. Citações Web of Science: 24.
WIRBEL, JAKOB; PYL, PAUL THEODOR; KARTAL, ECE; ZYCH, KONRAD; KASHANI, ALIREZA; MILANESE, ALESSIO; FLECK, JONAS S.; VOIGT, ANITA Y.; PALLEJA, ALBERT; PONNUDURAI, RUBY; SUNAGAWA, SHINICHI; COELHO, LUIS PEDRO; SCHROTZ-KING, PETRA; VOGTMANN, EMILY; HABERMANN, NINA; NIMEUS, EMMA; THOMAS, ANDREW M.; MANGHI, PAOLO; GANDINI, SARA; SERRANO, DAVIDE; MIZUTANI, SAYAKA; SHIROMA, HIROTSUGU; SHIBA, SATOSHI; SHIBATA, TATSUHIRO; YACHIDA, SHINICHI; YAMADA, TAKUJI; WALDRON, LEVI; NACCARATI, ALESSIO; SEGATA, NICOLA; SINHA, RASHMI; ULRICH, CORNELIA M.; BRENNER, HERMANN; ARUMUGAM, MANIMOZHIYAN; BORK, PEER; ZELLER, GEORG. Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer. Nature Medicine, v. 25, n. 4, p. 679+, APR 2019. Citações Web of Science: 30.

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