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Identificação de biomarcadores microbianos no câncer colorretal através da caracterização metagenômica a nível de cepa

Processo: 16/23527-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 03 de abril de 2017
Vigência (Término): 02 de abril de 2018
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Andrew Maltez Thomas
Supervisor no Exterior: Nicola Segata
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Local de pesquisa : Universitá degli Studi di Trento, Itália  
Vinculado à bolsa:15/01507-7 - Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer, BP.DR
Assunto(s):Biologia computacional

Resumo

O câncer colorretal (CCR) é o terceiro câncer mais comum no mundo, afetando mais de 1.3 milhões de pessoas a cada ano. O CCR pode ser dividido em esporádico, inflamatório e hereditário. A genética, porém, só consegue explicar uma pequena parcela da variância desta doença. Através do sequenciamento de amplicons 16S rRNA, diversas espécies bacterianas têm sido implicadas em seu desenvolvimento, porém ainda faltam biomarcadores microbianos de alta resolução. Poucos estudos têm investigado mudanças na microbiota fecal associadas ao CCR e seu potencial como biomarcadores microbianos usando dados metagenômicos de sequenciamento shotgun. Somado a isso, estudos existentes têm adotado ferramentas computacionais incapazes de investigar a diversidade microbiana dentre espécies, algo limitante dado a variabilidade inter-espécies de muitos microorganismos. Nós usaremos o sequenciamento metagenômico de amostras fecais para identificar biomarcadores taxonômicos (a nível de cepa) e funcionais, capazes de distinguir entre pacientes com CCR e indivíduos livre de doença em uma coorte Italiana de 102 participantes, divididos em 75 casos com CCR e 27 controles. Estes biomarcadores serão validados em todos os datasets metagenômicos fecais de CCR disponíveis atualmente. Ao mesmo tempo, iremos identificar e quantificar enzimas microbianas produtoras de trimetilamina (TMA) nestes dados, com o intuito de avaliar o aumento do metabolismo da colina em pacientes com CCR. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal 
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