Seleção genômica e vias metabólicas associadas com o perfil de ácidos graxos da carne utilizando haplótipos em bovinos da raça Nelore

• Processo: 16/24085-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Beneficiário: Fabieli Loise Braga Feitosa
• Supervisor: Flavio Schramm Schenkel
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Guelph, Canadá
• Vinculado à bolsa: 15/25304-8 - Associação e seleção genômica para perfil de ácidos graxos utilizando haplótipos como marcadores em bovinos nelore, BP.DR
• Assunto(s): Genômica Marcadores genéticos Seleção genética Qualidade da carne Bovinos de corte Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bovinos de corte | Marcadores Genéticos | Prospecção de genes | Qualidade da carne | Seleção | Genômica

Resumo

Atualmente, há uma contínua e crescente preocupação por parte da população e dos órgãos de saúde pública quanto ao consumo excessivo de gorduras, especialmente as gorduras de origem animal, bem como do tipo de gordura ou perfil de ácidos graxos na carne, e seu impacto sobre a saúde do consumidor. A análise baseada em haplótipos pode identificar loci que não são captados por um único marcador ou revelar o efeito combinatório entre loci. O objetivo deste projeto será inferir a fase de ligação entre marcadores SNP visando estimar os haplótipos presentes no genoma de bovinos Nelore, e utilizar estes haplótipos como marcadores em estudo de seleção genômica e na identificação de regiões genômicas para o perfil de ácidos graxos da carne. Serão utilizados dados já obtidos para o perfil de ácidos graxos de 943 animais machos da raça Nelore terminados em confinamento, com idade próxima a dois anos, provenientes de 8 fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem dos animais foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip. Os haplótipos serão construídos utilizando dois programas alternativos, p. ex. FImpute e Beagle. Para a análise de seleção genômica (GS) os efeitos dos haplótipos serão estimados em uma população de treinamento. Para predizer os valores genômicos diretos (DGV) será utilizada a metodologia de validação cruzada (cross-validation). Para estimar os efeitos dos haplótipos serão avaliados os seguintes métodos: GBLUP, Bayesian Lasso, BayesCÀ e BayesC. O modelo incluirá o efeito do haplótipo, o efeito do GC e idade do animal ao abate como covariável (linear e quadrático). Para determinar os possíveis segmentos de regiões de QTL que expliquem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva serão selecionados. Os dados serão analisados utilizando a base de dados do NCBI na versão UMD3.1 do genoma bovino e do Ensembl Genome Browser. Os resultados obtidos na seleção genômica e nas análises de vias metabólicas baseadas em haplótipos serão comparados aos resultados obtidos com marcadores individuais (SNPs). Este projeto avaliará a viabilidade de modelos baseados em haplótipos para os valores genéticos preditos e mapear QTLs para o perfil de ácidos graxos em bovinos da raça Nelore.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FEITOSA, FABIELI LOISE BRAGA; PEREIRA, ANGELICA SIMONE CRAVO; MUELLER, LENISE FREITAS; FONSECA, PABLO AUGUSTO DE SOUZA; BRAZ, CAMILA U.; AMORIN, SABRINA; ESPIGOLAN, RAFAEL; LEMOS, MARCOS ANTUNES; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; et al. Genome-wide association study for beef fatty acid profile using haplotypes in Nellore cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 245, MAR 2021. (15/25304-8, 16/24085-3)

BRAGA FEITOSA, FABIELI LOISE; CRAVO PEREIRA, ANGELICA SIMONE; AMORIM, SABRINA THAISE; PERIPOLLI, ELISA; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; BRAZ, CAMILA URBANO; FERRINHO, ADRIELLE MATIAS; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; BRITO, LUIZ FERNANDO; ESPIGOLAN, RAFAEL; et al. Comparison between haplotype-based and individual snp-based genomic predictions for beef fatty acid profile in Nelore cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 137, n. 5, p. 468-476, SEP 2020. (09/16118-5, 16/24085-3, 15/25304-8)