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Seleção genômica e vias metabólicas associadas com o perfil de ácidos graxos da carne utilizando haplótipos em bovinos da raça Nelore

Processo: 16/24085-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2017
Vigência (Término): 31 de março de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Fabieli Loise Braga Feitosa
Supervisor no Exterior: Flavio Schramm Schenkel
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Guelph, Canadá  
Vinculado à bolsa:15/25304-8 - Associação e seleção genômica para perfil de ácidos graxos utilizando haplótipos como marcadores em bovinos nelore, BP.DR
Assunto(s):Genômica   Marcadores genéticos   Seleção genética   Qualidade da carne   Bovinos de corte   Gado Nelore

Resumo

Atualmente, há uma contínua e crescente preocupação por parte da população e dos órgãos de saúde pública quanto ao consumo excessivo de gorduras, especialmente as gorduras de origem animal, bem como do tipo de gordura ou perfil de ácidos graxos na carne, e seu impacto sobre a saúde do consumidor. A análise baseada em haplótipos pode identificar loci que não são captados por um único marcador ou revelar o efeito combinatório entre loci. O objetivo deste projeto será inferir a fase de ligação entre marcadores SNP visando estimar os haplótipos presentes no genoma de bovinos Nelore, e utilizar estes haplótipos como marcadores em estudo de seleção genômica e na identificação de regiões genômicas para o perfil de ácidos graxos da carne. Serão utilizados dados já obtidos para o perfil de ácidos graxos de 943 animais machos da raça Nelore terminados em confinamento, com idade próxima a dois anos, provenientes de 8 fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem dos animais foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip. Os haplótipos serão construídos utilizando dois programas alternativos, p. ex. FImpute e Beagle. Para a análise de seleção genômica (GS) os efeitos dos haplótipos serão estimados em uma população de treinamento. Para predizer os valores genômicos diretos (DGV) será utilizada a metodologia de validação cruzada (cross-validation). Para estimar os efeitos dos haplótipos serão avaliados os seguintes métodos: GBLUP, Bayesian Lasso, BayesCÀ e BayesC. O modelo incluirá o efeito do haplótipo, o efeito do GC e idade do animal ao abate como covariável (linear e quadrático). Para determinar os possíveis segmentos de regiões de QTL que expliquem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva serão selecionados. Os dados serão analisados utilizando a base de dados do NCBI na versão UMD3.1 do genoma bovino e do Ensembl Genome Browser. Os resultados obtidos na seleção genômica e nas análises de vias metabólicas baseadas em haplótipos serão comparados aos resultados obtidos com marcadores individuais (SNPs). Este projeto avaliará a viabilidade de modelos baseados em haplótipos para os valores genéticos preditos e mapear QTLs para o perfil de ácidos graxos em bovinos da raça Nelore.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BRAGA FEITOSA, FABIELI LOISE; CRAVO PEREIRA, ANGELICA SIMONE; AMORIM, SABRINA THAISE; PERIPOLLI, ELISA; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; BRAZ, CAMILA URBANO; FERRINHO, ADRIELLE MATIAS; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; BRITO, LUIZ FERNANDO; ESPIGOLAN, RAFAEL; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; BALDI, FERNANDO. Comparison between haplotype-based and individual snp-based genomic predictions for beef fatty acid profile in Nelore cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 137, n. 5, p. 468-476, SEP 2020. Citações Web of Science: 2.

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