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Identificação de mutações associadas às displasias corticais focais utilizando abordagens genômicas

Processo: 15/19768-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2017
Vigência (Término): 29 de fevereiro de 2020
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Iscia Teresinha Lopes Cendes
Beneficiário:Vanessa Simão de Almeida
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Médicas (FCM). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/07559-3 - Instituto Brasileiro de Neurociência e Neurotecnologia - BRAINN, AP.CEPID
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração   Epilepsia   Mosaicismo   Exoma   Neurologia

Resumo

As epilepsias constituem um dos grupos de doenças neurológicas graves mais frequentes, afetando de 1,5 -2% da população mundial. Diversos tipos de malformações do desenvolvimento cortical (MDC) podem causar epilepsia e estão frequentemente associados à ocorrência de crises refratárias, incluindo a Displasia Cortical Focal (DCF). Esta se caracteriza por alterações citoarquiteturais observadas em outras MDC, como na Esclerose Tuberosa (ET) e na Hemimegaencefalia (HME). Recentemente, foi demonstrada a relação entre ET, HME e mutações em mosaicismo. A identificação de mutações em estado de mosaicismo somático pode contribuir para o entendimento de doenças complexas, no entanto estas alterações não são detectadas pelo sequenciamento de Sanger. Sendo assim, a possibilidade de detectá-las pelas técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS) representa uma nova perspectiva para a utilização desta tecnologia. Portanto, o principal objetivo deste projeto é investigar se mutações em estado de mosaicismo somático podem estar presentes nas DCF. Para tal, utilizaremos como estratégia o Deep Sequencing por NGS. Será sequenciado o DNA genômico de tecidos cerebrais provenientes de cirurgia ressectiva de pacientes com DCF e do sangue periférico desses mesmos pacientes, para aferir se o mosaicismo que por ventura for encontrado é restrito ao Sistema Nervoso Central. A captura das regiões de interesse a serem sequenciadas será realizada com o kit Nextera Custom Enrichment Kit (Illumina) e as reações de NGS serão realizadas em um Hiseq2500. Utilizaremos a estratégia do sequenciamento completo do exoma humano (WES). Além disso, como o WES não é a técnica de escolha para identificar alterações estruturais utilizaremos microarrays de citogenética molecular (CytoScanHD) para identificar a presença de variações no número de cópias (CNVs) nessas mesmas amostras. Esperamos com este projeto contribuir para o melhor entendimento da etiologia genética das DCFs e para identificar os mecanismos moleculares possivelmente envolvidos nas DCFs e nos mecanismos de desenvolvimento do córtex cerebral normal.