Uma abordagem para análise metatranscriptômica de expressão gênica em nível de comunidade de micróbios simbiontes de insetos

• Processo: 17/03415-8
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2017
• Vigência (Término): 31 de março de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
• Pesquisador responsável: Wesley Augusto Conde Godoy
• Beneficiário: Pedro Augusto da Pos Rodrigues
• Supervisor no Exterior: Thomas Girke
• Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Local de pesquisa : University of California, Riverside (UCR), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 16/11127-0 - Abordagem multi e interdisciplinar para compreender padrões espaço-temporais de insetos praga e delinear paisagens para manejo sustentável de pragas em sistemas agrícolas tropicais, BP.PD
• Assunto(s): Agricultura Entomologia Ecologia microbiana Biotecnologia Spodoptera

Resumo

Em associações hospedeiro-micróbio, o resultado de interações dentro de uma comunidade microbiana pode auxiliar na explicação de seu papel na aptidão do hospedeiro, assim como a estabilidade e resiliência dessas associações através do tempo evolutivo. Uma abordagem para avançar nosso entendimento de como a microbiota responde a mudanças ambientais é por meio do estudo de expressão gênica de seus componentes (transcritoma). A análise de dados de transcritômica frequentemente faz uso de referências genômicas, que auxiliam na identificação dos transcritos. Contudo, um grande desafio em investigações envolvendo expressão gênica de uma comunidade de microorganismos (metatranscritômica) é lidar com a complexidade de trabalhar com transcritos provenientes de uma mistura de organismos os quais são desconhecidos em sua maior parte e, consequentemente, não contam com qualquer informação genética disponível. Aqui propomos o desenvolvimento de uma abordagem (pipeline) para análise de metatranscriptoma no nível de comunidade, adotando análise de redes para identificação de re-arranjos em expressão gênica. Especificamente, com o uso dessa ferramenta será possível identificar padrões emergentes de expressão em sistemas diversos de associações micróbio-inseto, além de genes candidatos para uso em controle biológico e biotecnologia.