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Uma abordagem para análise metatranscriptômica de expressão gênica em nível de comunidade de micróbios simbiontes de insetos

Processo: 17/03415-8
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2017
Vigência (Término): 31 de março de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
Pesquisador responsável:Wesley Augusto Conde Godoy
Beneficiário:Pedro Augusto da Pos Rodrigues
Supervisor no Exterior: Thomas Girke
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of California, Riverside (UCR), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:16/11127-0 - Abordagem multi e interdisciplinar para compreender padrões espaço-temporais de insetos praga e delinear paisagens para manejo sustentável de pragas em sistemas agrícolas tropicais, BP.PD
Assunto(s):Agricultura   Entomologia   Ecologia microbiana   Biotecnologia   Spodoptera

Resumo

Em associações hospedeiro-micróbio, o resultado de interações dentro de uma comunidade microbiana pode auxiliar na explicação de seu papel na aptidão do hospedeiro, assim como a estabilidade e resiliência dessas associações através do tempo evolutivo. Uma abordagem para avançar nosso entendimento de como a microbiota responde a mudanças ambientais é por meio do estudo de expressão gênica de seus componentes (transcritoma). A análise de dados de transcritômica frequentemente faz uso de referências genômicas, que auxiliam na identificação dos transcritos. Contudo, um grande desafio em investigações envolvendo expressão gênica de uma comunidade de microorganismos (metatranscritômica) é lidar com a complexidade de trabalhar com transcritos provenientes de uma mistura de organismos os quais são desconhecidos em sua maior parte e, consequentemente, não contam com qualquer informação genética disponível. Aqui propomos o desenvolvimento de uma abordagem (pipeline) para análise de metatranscriptoma no nível de comunidade, adotando análise de redes para identificação de re-arranjos em expressão gênica. Especificamente, com o uso dessa ferramenta será possível identificar padrões emergentes de expressão em sistemas diversos de associações micróbio-inseto, além de genes candidatos para uso em controle biológico e biotecnologia.