Estudo de associação genômica ampla de componentes principais de características de crescimento e escores visuais em bovinos da raça Nelore

• Processo: 17/03331-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de julho de 2017
• Vigência (Término): 30 de junho de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Roberto Carvalheiro
• Beneficiário: Giovana Vargas
• Supervisor: Flavio Schramm Schenkel
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Local de pesquisa: University of Guelph, Canadá
• Vinculado à bolsa: 15/25449-6 - Associação e predição genômica de componentes principais de características de crescimento e escores visuais em bovinos da raça nelore, BP.DR
• Assunto(s): Melhoramento genético animal Gado Nelore Análise de componente principal Estudo de associação genômica ampla
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bayes C | Gwas | Nellore cattle | Principal Component Analysis | Weighted Single Step GBLUP | Melhoramento Genético de Bovinos de Corte

Resumo

A análise de componentes principais (PCA) é uma técnica que permite explorar informações importantes a partir de um conjunto de dados multivariados o qual é posteriormente expresso como um novo conjunto de variáveis de mesma dimensão denominadas de componentes principais (PCs). Os componentes principais apresentam propriedades importantes que podem auxiliar na identificação de possíveis associações entre as características estudadas com interpretações biológicas importantes, normalmente não observadas no conjunto de dados original. Os estudos de associação genômica ampla (GWAS) surgem como importante ferramenta na identificação de possíveis regiões genômicas com efeitos significativos sobre estes componentes principais que possam apresentar alguma interpretação biológica. Objetiva-se com o presente estudo realizar análises de associação genômica ampla para identificar regiões genômicas associadas com os componentes principais de características de crescimento e escore visual em bovinos da raça Nelore. Posteriormente, análises de enriquecimento funcional serão conduzidas para caracterizar as regiões genômicas e os genes candidatos serão analisados para todas as categorias encontradas na anotação funcional: processos biológicos, funções moleculares e componentes celulares. Serão utilizados dados da base Aliança Nelore com informações de, aproximadamente, 600.000 animais ao nascimento, 500.000 ao desmame e 330.000 ao soberano, provenientes de 246 fazendas localizadas em diferentes regiões do Brasil e Paraguai. A análise de componentes principais será realizada pela reparametrização da equação de modelo misto multivariada. Os estudos de associação genômica ampla serão conduzidos considerando as metodologias weighted single step GBLUP (wssGBLUP) e Bayes C, utilizando como "fenótipo" os valores genéticos preditos para os componentes principais, fornecidos pela análise quantitativa. Espera-se que este trabalho contribua para o aprofundamento da investigação de regiões genômicas associadas aos componentes principais, auxiliando, assim, o processo de seleção da raça. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VARGAS, GIOVANA; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; BRITO, LUIZ FERNANDO; DE REZENDE NEVES, HAROLDO HENRIQUE; MUNARI, DANISIO PRADO; BOLIGON, ARIONE AUGUSTI; CARVALHEIRO, ROBERTO. Unravelling biological biotypes for growth, visual score and reproductive traits in Nellore cattle via principal component analysis. LIVESTOCK SCIENCE, v. 217, p. 37-43, NOV 2018. (09/16118-5, 17/03331-9, 15/25449-6)

VARGAS, GIOVANA; SCHENKEL, FLAVIO SCHRAMM; BRITO, LUIZ FERNANDO; DE REZENDE NEVES, HAROLDO HENRIQUE; MUNARI, DANISIO PRADO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CARVALHEIRO, ROBERTO. Genomic regions associated with principal components for growth, visual score and reproductive traits in Nellore cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 233, MAR 2020. (09/16118-5, 17/03331-9, 15/25449-6)