Desenvolvimento de infraestrutura e ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica para Bothrops jararaca no projeto CeTICS

• Processo: 16/25661-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2017
• Data de Término da vigência: 15 de outubro de 2017
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Hugo Aguirre Armelin
• Beneficiário: Bruno Ferreira de Souza
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Assunto(s): Biologia computacional Transcriptoma Genomas Bothrops jararaca Plataforma (computação) Mineração de dados Banco de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bancos de Dados | bioinformática | desenvolvimento de plataformas web | integração de dados | Omicas | Bioinformática

Resumo

O projeto CeTICS tem como objetivo principal entender o comportamento dos sistemas biológicos baseado em análises de dados de larga escala e redes de sinalização, incluindo pesquisas em diversas áreas para estudar mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares de toxinas que tem potencial terapêutico. O sequenciamento e estudo do transcriptoma e genoma da Bothrops jararaca são essenciais para tal entendimento e identificação de novas toxinas. Devido à grande complexidade do genoma da jararaca, torna-se importante o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para a anotação do genoma com identificação de genes de interesse, de suas regiões promotoras e predição de motivos regulatórios, e integração com níveis de expressão gênica. O Bioinformata/Biólogo Computacional deve estar interessado e motivado para contribuir para o estudo e avanço científico das toxinas em sistemas complexos. A posição envolverá o armazenamento e integração com bancos públicos em um servidor local. Outras responsabilidades envolverão o desenvolvimento de ferramentas e aplicações e gerenciamento da plataforma CeTICSdb. Adicionalmente, o candidato trabalhará nas atividades para estudo do genoma e transcriptoma de Bothrops jararaca e outros organismos não-modelo, como montagem, análise de expressão gênica, análises de enriquecimento e de vias. O candidato terá como tarefa a disseminação das ferramentas do grupo, com a criação de manuais de instrução, exemplos de treinamento e tutoriais. Além disso, aplicará e desenvolverá ferramentas de bioinformática e mineração de dados para integração de diversos tipos de dados biológicos e obter insights sobre função dos genes. (AU)