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Desenvolvimento de infraestrutura e ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica para Bothrops jararaca no projeto CeTICS

Processo: 16/25661-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de março de 2017
Vigência (Término): 15 de outubro de 2017
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Hugo Aguirre Armelin
Beneficiário:Bruno Ferreira de Souza
Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
Assunto(s):Biologia computacional   Transcriptoma   Genomas   Bothrops jararaca   Plataforma (computação)   Mineração de dados   Banco de dados

Resumo

O projeto CeTICS tem como objetivo principal entender o comportamento dos sistemas biológicos baseado em análises de dados de larga escala e redes de sinalização, incluindo pesquisas em diversas áreas para estudar mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares de toxinas que tem potencial terapêutico. O sequenciamento e estudo do transcriptoma e genoma da Bothrops jararaca são essenciais para tal entendimento e identificação de novas toxinas. Devido à grande complexidade do genoma da jararaca, torna-se importante o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para a anotação do genoma com identificação de genes de interesse, de suas regiões promotoras e predição de motivos regulatórios, e integração com níveis de expressão gênica. O Bioinformata/Biólogo Computacional deve estar interessado e motivado para contribuir para o estudo e avanço científico das toxinas em sistemas complexos. A posição envolverá o armazenamento e integração com bancos públicos em um servidor local. Outras responsabilidades envolverão o desenvolvimento de ferramentas e aplicações e gerenciamento da plataforma CeTICSdb. Adicionalmente, o candidato trabalhará nas atividades para estudo do genoma e transcriptoma de Bothrops jararaca e outros organismos não-modelo, como montagem, análise de expressão gênica, análises de enriquecimento e de vias. O candidato terá como tarefa a disseminação das ferramentas do grupo, com a criação de manuais de instrução, exemplos de treinamento e tutoriais. Além disso, aplicará e desenvolverá ferramentas de bioinformática e mineração de dados para integração de diversos tipos de dados biológicos e obter insights sobre função dos genes. (AU)