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Busca de efeitos pleiotrópicos sobre características reprodutivas em bovinos Nelore, considerando interação genótipo ambiente

Processo: 17/02291-3
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
Vigência (Término): 31 de julho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Lucia Galvão de Albuquerque
Beneficiário:Lúcio Flávio Macedo Mota
Supervisor no Exterior: Guilherme Jordao de Magalhaes Rosa
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:15/25356-8 - Estimação da interação genótipo-ambiente utilizando norma de reação genômica e análise da rede gênica para características reprodutivas de bovinos da raça Nelore, BP.DR
Assunto(s):Genômica

Resumo

O objetivo principal do presente projeto é identificar genes candidatos que afetem mais de uma característica relacionada com precocidade sexual em bovinos Nelore e investigar se os genes candidatos identificados alteram seus efeitos de acordo com as condições ambientais. Serão utilizados dados fenotípicos e genotípicos de animais da raça Nelore de diferentes programas de melhoramento comercial. As características associadas à precocidade sexual são: idade do primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e perímetro escrotal (PE). Um total de 128.994; 94.339 e 151.553 animais para IPP, OPP e PE, respectivamente, serão utilizados. Serão utilizados dados genotípicos de 1.900 fêmeas, 1.500 machos e 850 reprodutores genótipados com 777.962 marcadores SNP e 1.756 machos com 70.000 marcadores SNP. Os machos genótipados com o painel 70K serão imputados para painel HD usando FImpute. Os grupos ambientais (EG) serão definidos de acordo com animais nascidos no mesmo rebanho e ano e do mesmo grupo de manejo do nascimento ao sobre-ano. Os níveis de EG serão padronizados para apresentar uma média igual a 0 e variância de 1, e com valores variando de -3 a +3 unidades SD. Em primeiro lugar, será utilizado um modelo de norma de reação para cada característica, a fim de obter parâmetros genéticos e efeitos SNP para as características em cada um dos três níveis ambientais considerados (Baixo, Médio e Alto). Em seguida, os genes candidatos com possíveis efeitos pleiotrópicos serão identificados usando Metanálise Multi-Característica que considera simultaneamente os efeitos SNP para todas as características (IPP, OPP e PE) em cada nível de ambiente (Baixo, Médio e Alto). Dessa forma, estudos que avaliam o efeito pleiotrópico do gene são importantes para a detecção de genes que apresentam múltiplas funções e efeitos específicos entre as características, com o objetivo de verificar como tais genes podem afetar o desempenho e a interação genótipo ambiente.