Busca de efeitos pleiotrópicos sobre características reprodutivas em bovinos Nelore, considerando interação genótipo ambiente

• Processo: 17/02291-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
• Vigência (Término): 31 de julho de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Lucia Galvão de Albuquerque
• Beneficiário: Lúcio Flávio Macedo Mota
• Supervisor: Guilherme Jordão de Magalhães Rosa
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Local de pesquisa: University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 15/25356-8 - Estimação da interação genótipo-ambiente utilizando norma de reação genômica e análise da rede gênica para características reprodutivas de bovinos da raça Nelore, BP.DR
• Assunto(s): Genômica Pleiotropia genética Precocidade sexual Bovinos Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genome-Wide Association Studies | Genotype environemt interaction | Pleiotropic effect | Genômica

Resumo

O objetivo principal do presente projeto é identificar genes candidatos que afetem mais de uma característica relacionada com precocidade sexual em bovinos Nelore e investigar se os genes candidatos identificados alteram seus efeitos de acordo com as condições ambientais. Serão utilizados dados fenotípicos e genotípicos de animais da raça Nelore de diferentes programas de melhoramento comercial. As características associadas à precocidade sexual são: idade do primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e perímetro escrotal (PE). Um total de 128.994; 94.339 e 151.553 animais para IPP, OPP e PE, respectivamente, serão utilizados. Serão utilizados dados genotípicos de 1.900 fêmeas, 1.500 machos e 850 reprodutores genótipados com 777.962 marcadores SNP e 1.756 machos com 70.000 marcadores SNP. Os machos genótipados com o painel 70K serão imputados para painel HD usando FImpute. Os grupos ambientais (EG) serão definidos de acordo com animais nascidos no mesmo rebanho e ano e do mesmo grupo de manejo do nascimento ao sobre-ano. Os níveis de EG serão padronizados para apresentar uma média igual a 0 e variância de 1, e com valores variando de -3 a +3 unidades SD. Em primeiro lugar, será utilizado um modelo de norma de reação para cada característica, a fim de obter parâmetros genéticos e efeitos SNP para as características em cada um dos três níveis ambientais considerados (Baixo, Médio e Alto). Em seguida, os genes candidatos com possíveis efeitos pleiotrópicos serão identificados usando Metanálise Multi-Característica que considera simultaneamente os efeitos SNP para todas as características (IPP, OPP e PE) em cada nível de ambiente (Baixo, Médio e Alto). Dessa forma, estudos que avaliam o efeito pleiotrópico do gene são importantes para a detecção de genes que apresentam múltiplas funções e efeitos específicos entre as características, com o objetivo de verificar como tais genes podem afetar o desempenho e a interação genótipo ambiente. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MOTA, LUCIO F. M.; LOPES, FERNANDO B.; FERNANDES JUNIOR, GERARDO A.; ROSA, GUILHERME J. M.; MAGALHAES, ANA F. B.; CARVALHEIRO, ROBERTO; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Genome-wide scan highlights the role of candidate genes on phenotypic plasticity for age at first calving in Nellore heifers. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, APR 15 2020. (09/16118-5, 15/25356-8, 17/02291-3)

MOTA, L. F. M.; FERNANDES, JR., G. A.; HERRERA, A. C.; SCALEZ, D. C. B.; ESPIGOLAN, R.; MAGALHAES, A. F. B.; CARVALHEIRO, R.; BALDI, F.; ALBUQUERQUE, L. G.. Genomic reaction norm models exploiting genotype x environment interaction on sexual precocity indicator traits in Nellore cattle. ANIMAL GENETICS, v. 51, n. 2, p. 210-223, MAR 2020. (17/02291-3, 09/16118-5, 15/25356-8)