Busca avançada
Ano de início
Entree

Análise computacional de alterações transcriptômicas induzidas por grânulos de stress em células humanas

Processo: 16/25521-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2017
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Katlin Brauer Massirer
Beneficiário:Felipe Eduardo Ciamponi
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Transcriptoma   Biologia computacional

Resumo

Grânulos de stress são agregados de proteínas e RNAs encontrados no citoplasma das células, em geral produzidos em resposta uma forma de stress ambiental. No entanto, diversas doenças neurodegenerativas, como esclerose lateral amiotrófica e Alzheimer, já foram associadas com inclusões patogênicas desses agregados com consequências nocivas para a célula. Dentre as proteínas presentes no granulo de stress o complexo G3BP1-CAPRIN1-USP10 é essencial para a condensação do granulo e sua associação com subunidades ribossomais, sendo que a expressão ectópica de CAPRIN1 é suficiente para induzir a formação de grânulos. Apesar dos mecanismos moleculares associados aos grânulos não estarem completamente elucidados, uma das principais funções propostas para estas estruturas é a reprogramação da expressão gênica (transcriptoma). Um dos processos transcriptômicos alterados nas situações de stress é o de splicing alternativo. A consequência principal dessa alterações é a modificação da sequência de nucleotídios que irá compor o transcrito final ao modificar as regiões exônicas utilizadas na composição do mRNA. Os processos de splicing alternativo já foram demonstrados ser de vital importância para no processo de resposta a stress em diversos organismos. Entretanto, avaliações em escala global desses eventos em situação de grânulos de stress ainda são carentes em modelos de culturas de células humanas. Resultados preliminares obtidos a partir de sequenciamento de RNA em larga escala (RNAseq), após expressão ectópica de CAPRIN1, apontaram a existência de 1058 eventos de splicing alternativo ocorrendo em transcritos anotados. Também identificamos a existência de 12484 novas isoformas e 875 transcritos não-identificados que podem representar genes novos associados com a formação de grânulos de stress.Nosso trabalho tem como objetivo a identificação, caracterização e anotação desses eventos encontrados no transcriptoma alterado de células com indução de grânulos de stress. Para isso iremos avaliar a existência de grupos funcionais enriquecidos nos transcritos aonde foram identificados exons alternativos, bem como o impacto que esses eventos podem estar ocasionando no transcrito. Em relação as isoformas novas, iremos avaliá-las quanto ao seu potencial codante, presença de elementos repetitivos e alterações na sequência funcional. Para os transcritos desconhecidos, iremos realizar também passo de anotação funcional da sequência. O presente trabalho apresenta a primeira proposta de uma caracterização global de eventos de alteração no transcriptoma em células humanas sob indução de grânulos de stress utilizando dados de RNAseq. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total):
Mais itensMenos itens
VEICULO: TITULO (DATA)
VEICULO: TITULO (DATA)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SACHAMITR, PATTY; HO, JOLENE C.; CIAMPONI, FELIPE E.; BA-ALAWI, WAIL; COUTINHO, FIONA J.; GUILHAMON, PAUL; KUSHIDA, MICHELLE M.; CAVALLI, FLORENCE M. G.; LEE, LILIAN; RASTEGAR, NAGHMEH; VU, VICTORIA; SANCHEZ-OSUNA, MARIA; COULOMBE-HUNTINGTON, JASMIN; KANSHIN, EVGENY; WHETSTONE, HEATHER; DURAND, MATHIEU; THIBAULT, PHILIPPE; HART, KIRSTEN; MANGOS, MARIA; VEYHL, JOSEPH; CHEN, WENJUN; TRAN, NHAT; DUONG, BANG-CHI; AMAN, AHMED M.; CHE, XINGHUI; LAN, XIAOYANG; WHITLEY, OWEN; ZASLAVER, OLGA; BARSYTE-LOVEJOY, DALIA; RICHARDS, LAURA M.; RESTALL, IAN; CAUDY, AMY; ROST, HANNES L.; BONDAY, ZAHID QUYOOM; BERNSTEIN, MARK; DAS, SUNIT; CUSIMANO, MICHAEL D.; SPEARS, JULIAN; BADER, GARY D.; PUGH, TREVOR J.; TYERS, MIKE; LUPIEN, MATHIEU; HAIBE-KAINS, BENJAMIN; LUCHMAN, H. ARTEE; WEISS, SAMUEL; MASSIRER, KATLIN B.; PRINOS, PANAGIOTIS; ARROWSMITH, CHERYL H.; DIRKS, PETER B. PRMT5 inhibition disrupts splicing and stemness in glioblastoma. NATURE COMMUNICATIONS, v. 12, n. 1 FEB 12 2021. Citações Web of Science: 1.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.