| Processo: | 16/16328-3 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de abril de 2017 |
| Data de Término da vigência: | 31 de março de 2020 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular |
| Acordo de Cooperação: | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) |
| Pesquisador responsável: | Antonio José da Costa Filho |
| Beneficiário: | Mariana Raquel Bunoro Batista |
| Instituição Sede: | Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil |
| Assunto(s): | Proteínas da membrana Simulação de dinâmica molecular |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Dinâmica Molecular | Proteinas de membrana | simulações coarse grained | transportadores de peptídeos | Biofísica de proteínas |
Resumo O transporte de peptídeos para o interior da célula desempenha papel fundamental na homeostase celular e destaca-se como a principal via de captação de nitrogênio. Este mecanismo de transporte é conservado desde bactérias atéanimais superiores e plantas. Proteínas envolvidas na captação e transporte de peptídeos pertencem à família dos transportadores dependentesde prótons (POT, proton-coupled oligopeptide transporter). Uma característica comum às proteínas transportadoras da família POTé sua capacidade de reconhecer e transportar uma grande diversidade de substratos. Estas proteínas estão envolvidas no transporte de mais de 8000diferentes tipos de di e tripetídeos, incluindo moléculas com importância farmacológica.Compreender como um único sítio de ligação pode reconhecer uma grande variedade de substratos tem sido uma das questão fundamentais nosestudos de transportadores de peptídeos. Estudos estruturais em conjunto com análises biofísicas, mostraram recentemente que essasproteínas interagem de maneira distinta com di e tripeptídeos. Enquanto dipeptídeos ligam-se ao transportador em uma posição horizontalem relação ao plano da membrana, tripeptídeos adotam uma orientação vertical e realizam diferentes interações com o sítio de ligação. Além disso, foi demonstrado também que estes diferentes modos de ligação estão associados a mecanismos de transporte termodinamicamente distintos. Estes mecanismos operam com velocidades distintas e requerem diferentes quantidades de prótons, dependendo do tamanho do peptídeo a ser transportado. Embora estes resultados sugiram a existência de dois mecanismos de transporte distintos operando a partir do mesmo sitio de ligação, as bases moleculares para as diferenças observadas ainda não são conhecidas. Neste projetopretende-se aplicar técnicas de simulação computacional por Dinâmica Molecular (MD) atomística para o estudo do efeito da força próton motriz (pmf) sobre a estrutura e a dinâmica dos transportadores PepTSo e PepTSt embebidos na bicamada lipídica. Metodologias de dinâmicamolecular com amostragem ampliada serão utilizadas para descrever estados intermediários do processo de transporte. O efeito de diferentesclasses de lipídios na dinâmica destes transportadores também será abordado, através de modelos coarse-grained. Por fim, cabe ressaltar que esta proposta é parte integrante e fundamental do recém aprovado projeto bilateral dentro da chamada FAPESP/RCUK/BBSRC (Fapesp Proc. 2015/50366-7).No referido projeto, pretende-se investigar os detalhes mecanísticos do transporte de peptídeos através da membrana, utilizando uma abordagemexperimental-técnica. Isto se dará por uma colaboração entre nosso grupo e o grupo coordenado pelo Prof. Dr. Anthony Watts (Universidadede Oxford). (AU) | |
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