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Estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de carcaça de tilápias Oreochromis SP

Processo: 17/00123-6
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Rafael Vilhena Reis Neto
Beneficiário:Rafael Vilhena Reis Neto
Anfitrião: José Manuel Yáñez López
Instituição-sede: Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Registro. Registro , SP, Brasil
Local de pesquisa : Universidad de Chile, Chile  
Assunto(s):Seleção genômica   Melhoramento genético animal   Tilápia   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Técnicas de genotipagem

Resumo

Análises de Associação Genômica Ampla (GWAS) serão realizadas em uma população de Tilápias com objetivo de verificar a associação entre marcadores SNP's e características corporais de importância econômica. 1900 animais da variedade de Tilápia Supra®, provenientes do programa de melhoramento genético conduzido pelo Grupo ACI S.A (Cañas - Costa Rica), serão fenotipados (peso corporal e rendimento de filé) e genotipados. O DNA genômico será extraído de amostras da nadadeira caudal dos peixes e a genotipagem será realizada utilizando um painel de 50k SNP's em desenvolvimento por pesquisadores da Aquainnovo e Universidad de Chile juntamente com a empresa Affymetrix. A qualidade da genotipagem será testada considerando o índice de Desequilíbrio de Hardy-Weinberg, Menor Frequência Alélica e taxa de genotipagem. O nível de desequilíbrio de ligação (r2) será calculado para verificar a capacidade dos marcadores de registrar a variação fenotípica da característica analisada. As análises GWAS seguirão um modelo linear misto considerando os efeitos fixos, efeito genético aditivo aleatório individual e o efeito aleatório do marcador genético. Os valores utilizados para verificar a associação significativa entre os marcadores SNPs e as características avaliadas serão corrigido pelo método de Bonferroni. A proporção da herdabilidade e da variância fenotípica explicada pelos marcadores serão estimadas. O efeito aproximado de cada marcador SNP será estimado por regressão linear. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
REIS NETO, RAFAEL VILHENA; YOSHIDA, GRAZYELLA MASSAKO; PAUL LHORENTE, JEAN; MANUEL YANEZ, JOSE. Genome-wide association analysis for body weight identifies candidate genes related to development and metabolism in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Molecular Genetics and Genomics, v. 294, n. 3, p. 563-571, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.

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