Estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de carcaça de tilápias Oreochromis sp

• Processo: 17/00123-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
• Pesquisador responsável: Rafael Vilhena Reis Neto
• Beneficiário: Rafael Vilhena Reis Neto
• Pesquisador Anfitrião: José Manuel Yáñez López
• Instituição Sede: Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Registro. Registro , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Universidad de Chile, Chile
• Assunto(s): Seleção genômica Melhoramento genético animal Tilápia Polimorfismo de um único nucleotídeo Técnicas de genotipagem
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: locus de características quantitativas QTL | painel de SNPs de alta densidade | Seleção assistida por marcadores MAS | selecao genomica | Genética e melhoramento de peixes

Resumo

Análises de Associação Genômica Ampla (GWAS) serão realizadas em uma população de Tilápias com objetivo de verificar a associação entre marcadores SNP's e características corporais de importância econômica. 1900 animais da variedade de Tilápia Supra®, provenientes do programa de melhoramento genético conduzido pelo Grupo ACI S.A (Cañas - Costa Rica), serão fenotipados (peso corporal e rendimento de filé) e genotipados. O DNA genômico será extraído de amostras da nadadeira caudal dos peixes e a genotipagem será realizada utilizando um painel de 50k SNP's em desenvolvimento por pesquisadores da Aquainnovo e Universidad de Chile juntamente com a empresa Affymetrix. A qualidade da genotipagem será testada considerando o índice de Desequilíbrio de Hardy-Weinberg, Menor Frequência Alélica e taxa de genotipagem. O nível de desequilíbrio de ligação (r2) será calculado para verificar a capacidade dos marcadores de registrar a variação fenotípica da característica analisada. As análises GWAS seguirão um modelo linear misto considerando os efeitos fixos, efeito genético aditivo aleatório individual e o efeito aleatório do marcador genético. Os valores utilizados para verificar a associação significativa entre os marcadores SNPs e as características avaliadas serão corrigido pelo método de Bonferroni. A proporção da herdabilidade e da variância fenotípica explicada pelos marcadores serão estimadas. O efeito aproximado de cada marcador SNP será estimado por regressão linear. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

REIS NETO, RAFAEL VILHENA; YOSHIDA, GRAZYELLA MASSAKO; PAUL LHORENTE, JEAN; MANUEL YANEZ, JOSE. Genome-wide association analysis for body weight identifies candidate genes related to development and metabolism in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Molecular Genetics and Genomics, v. 294, n. 3, p. 563-571, JUN 2019. (17/00123-6)