| Processo: | 17/02612-4 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Vigência (Início): | 01 de maio de 2017 |
| Vigência (Término): | 31 de outubro de 2020 |
| Área do conhecimento: | Ciências Exatas e da Terra - Física - Física Atômica e Molecular |
| Acordo de Cooperação: | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) |
| Pesquisador responsável: | Sylvio Roberto Accioly Canuto |
| Beneficiário: | Danillo Pires Valverde |
| Instituição Sede: | Instituto de Física (IF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 19/04413-4 - Propriedades fotofísicas de nucleobases modificas por átomos pesados, BE.EP.DR |
| Assunto(s): | Modelagem molecular Método de Monte Carlo |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Gradiente de Energia Livre | método de Monte Carlo | métodos de estrutura eletronica | Simulação Computacional de Líquidos | Modelagem Molecular |
Resumo As bases nucleicas são conhecidas por serem pouco fluorescentes, tornando-se altamente estável do ponto de vista fotoquímico. Contudo, pequenas modificações nas bases nucleicas podem gerar compostos altamente fluorescentes. Os análogos emissivos têm significantes aplicações no campo de biotecnologia quando utilizadas como sondas fluorescentes. Para incluir os efeitos de solventes utilizamos a combinação da metodologia QM/MM Sequencial com uma aproximação de campo médio (ASEC) e o gradiente de energia livre, que tem tido sucesso na descrição de propriedades eletrônicas tanto no estado fundamental quanto no estado excitado de moléculas em solução. A vantagem é que ele permite o uso de uma abordagem atomística, em contraste aos modelos contínuos. Além disso, o custo computacional é menos custoso do que simulações QM/MM convencional e ab initio, permitindo empregar o mais sofisticado método de estrutura eletrônica. Nesse trabalho, estudaremos os efeitos de interação soluto-solvente nas propriedades conformacionais e eletrônicas de derivados de RNA e DNA, e os efeitos nas propriedades espectroscópicas (absorção e fluorescência). Utilizaremos simulações atômicas clássicas (Monte Carlo ou Dinâmica Molecular) seguidos de cálculos de mecânica quântica. O método de gradiente de energia livre será utilizado para obter geometrias do soluto em meio solvente. Ademais o método de mecânica quântica CASPT2 será empregado para obter os espectros de absorção e emissão em meio solvente. (AU) | |
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