Integrando engenharia de proteínas e biologia sintética para desenvolver novos sistemas de high-throughput selection

• Processo: 16/18827-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: María Eugenia Guazzaroni
• Beneficiário: Lucas Ferreira Ribeiro
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/04309-1 - Novas abordagens para melhorar a prospecção funcional de biocatalizadores em bibliotecas metagenômicas, AP.JP
• Assunto(s): Biologia sintética Engenharia de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Sintetica | Biosensor | Circuito gênico sintético | engenharia de proteínas | High-Throughput Enzyme Selection | Proteínas switches | Biologia Sintetica

Resumo

A evolução de áreas como a engenharia de proteínas e a metagenômica, depende do desenvolvimento de ferramentas que permitam explorar, com eficiência, a imensa diversidade natural na qual as enzimas alvo estão inseridas. Assim, para explorar esse astronômico espaço amostral é necessário criar sistemas de triagem (screening) ou seleção cada vez mais eficientes e de alto rendimento, conhecidos como sistemas de high throughput screening or selection (HTS). No entanto, apesar do avanço na construção de novas estratégias de HTS, muitas dessas estratégias normalmente têm baixas taxas de identificação das enzimas alvo. Grande parte das limitações encontradas durante o desenvolvimento de novos sistemas HTS podem ser contornadas pela utilização de abordagens de biologia sintética. Neste projeto, portanto, nós estamos propondo o desenvolvimento de novas tecnologias de HTS para se obter enzimas de degradação de biomassa. Essas tecnologias serão desenvolvidas a partir de uma ponte entre a biologia sintética e a engenharia de proteínas, visando criar circuitos gênicos capazes de reconhecer o produto da atividade enzimática e transformar este sinal em uma mudança fenotípica. Assim, a tecnologia de HTS aqui denominada de Biomass Activated Switch System (BASS) poderá funcionar como um sistema de seleção mais eficiente ajudando a aliviar as limitações encontradas durante o processo de prospecção de novas enzimas em bibliotecas oriundas de metagenomas ou de evolução dirigida. (AU)

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; LOPES, ERICA M.; KISHI, LUCIANO T.; COSTA RIBEIRO, LILIANE FRAGA; MENEGUETI, MAYRA GONCALVES; GASPAR, GILBERTO GAMBERO; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Microbial Community Profiling in Intensive Care Units Expose Limitations in Current Sanitary Standards. FRONTIERS IN PUBLIC HEALTH, v. 7, AUG 28 2019. (15/04309-1, 16/20358-5, 16/18827-7)

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RIBEIRO, LILIANE F. C.; CHELIUS, CYNTHIA; BOPPIDI, KARTHIK R.; NAIK, NISHA S.; HOSSAIN, SIMIN; RAMSEY, JESSICA J. J.; KUMAR, JYOTHI; RIBEIRO, LUCAS F.; OSTERMEIER, MARC; BAO TRAN; et al. Comprehensive Analysis of Aspergillus nidulans PKA Phosphorylome Identifies a Novel Mode of CreA Regulation. MBIO, v. 10, n. 2, p. 13-pg., 2019-03-01. (16/18827-7, 16/20358-5)

RIBEIRO, LUCAS F.; AMARELLE, VANESA; RIBEIRO, LILIANE F. C.; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Converting a Periplasmic Binding Protein into a Synthetic Biosensing Switch through Domain Insertion. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, 2019. (16/20358-5, 15/04309-1, 16/18827-7)

BORELLI, TIAGO CABRAL; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; SCARANELLO, ANA FLAVIA TONELLI; RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; ZARAMELA, LIVIA; PEREIRA-DOS-SANTOS, FELIPE MARCELO; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Combining Functional Genomics and Whole-Genome Sequencing to Detect Antibiotic Resistance Genes in Bacterial Strains Co-Occurring Simultaneously in a Brazilian Hospital. ANTIBIOTICS-BASEL, v. 10, n. 4, APR 2021. (19/00390-0, 15/04309-1, 19/06672-7, 16/18827-7, 19/15675-0, 18/18158-3)

RIBEIRO, LUCAS FERREIRA; AMARELLE, VANESA; ALVES, LUANA DE FATIMA; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; BORELLI, TIAGO CABRAL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Genetically Engineered Proteins to Improve Biomass Conversion: New Advances and Challenges for Tailoring Biocatalysts. Molecules, v. 24, n. 16, AUG 2019. (16/18827-7, 15/04309-1, 18/18158-3, 18/07261-8, 19/00390-0, 16/06323-4)

KIKUTI MANCILIO, LUCCA BONJY; RIBEIRO, GUILHERME AUGUSTO; LOPES, ERICA MENDES; KISHI, LUCIANO TAKESHI; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; ANDRADE, ADALGISA RODRIGUES; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; REGINATTO, VALERIA. Unusual microbial community and impact of iron and sulfate on microbial fuel cell ecology and performance. CURRENT RESEARCH IN BIOTECHNOLOGY, v. 2, p. 10-pg., 2020-11-01. (18/00789-7, 18/15528-4, 15/04309-1, 16/18827-7)

RIBEIRO, LUCAS F.; RIBEIRO, LILIANE F. C.; BARRETO, MATHEUS Q.; WARD, RICHARD J.. Protein Engineering Strategies to Expand CRISPR-Cas9 Applications. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, v. 2018, p. 12-pg., 2018-01-01. (16/18827-7, 16/20358-5)