Análise do perfil de expressão gênica de Arcella vulgaris ao longo de sua curva de crescimento em laboratório

• Processo: 16/14402-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
• Data de Término da vigência: 01 de maio de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Daniel José Galafasse Lahr
• Beneficiário: Giulia Magri Ribeiro
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/16077-3 - Análise de componentes do metabolismo energético ao longo do crescimento em cultura de Arcella intermedia, BE.EP.MS
• Assunto(s): Expressão gênica Evolução molecular Micro-organismos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: crescimento | evolução molecular | expressão gênica | Microcosmos | Microorganismos | Evolução molecular de microorganismos

Resumo

Os organismos estão constantemente expostos a uma ampla variação de condições ambientais. A habilidade de sentir e se adaptar a estas mudanças é essencial para que os organismos mantenham suas funções celulares (homeostase). O fitness de uma unidade evolutiva pode ser entendido em termos de reprodução e viabilidade (sobrevivência). A teoria atual pressupõem a existência de uma compensação (tradeoff) entre estes componentes. O que pode impulsionar a evolução de diversos traços ligados a história de vida em organismos existentes, criando uma espécie de variabilidade de tipos celulares. Esta variabilidade e possibilidade de tradeoffs pode gerar um aumento do fitness do grupo em relação à cada célula, favorecendo a transição de um organismo unicelular para um multicelular. Neste projeto pretendemos investigar as diferenças na expressão gênica em Arcella, a partir de análises dos transcriptomas de organismos em cada uma das fases da curva de crescimento, e entender se estas diferenças tem alguma implicação em um aumento de complexidade da cultura. Utilizaremos as técnica de PCR quantitativo para fazer as contagens do número de indivíduos na cultura, com um marcador de Arcella do gene SSUrDNA. Utilizaremos uma adaptação do protocolo descrito em Picelli 2014, para sequenciamento de mRNA de uma única célula. Em cada uma das fases de crescimento, retiraremos 3 indivíduos, separadamente e os submeteremos à reações de sequenciamento de mRNA. Construiremos um perfil de expressão gênica de cada indivíduo, identificando qual gene se trata, e quantificando a abundância de um determinado transcrito. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

RIBEIRO, GIULIA M.; PORFIRIO-SOUSA, ALFREDO L.; MAURER-ALCALA, XYRUS X.; KATZ, LAURA A.; LAHR, DANIEL J. G.. De novo Sequencing, Assembly, and Annotation of the Transcriptome for the Free-Living Testate Amoeba Arcella intermedia. Journal of Eukaryotic Microbiology, v. 67, n. 3, FEB 2020. (17/16077-3, 16/14317-4, 16/14402-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

RIBEIRO, Giulia Magri. Sequenciamento e anotação do transcriptoma da ameba tecada Arcella intermedia: descrição de vias e descobertas de genes. 2018. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.