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Metagenômica viral da Dengue, Chikungunya e Zika: acompanhar, explicar e prever a transmissão e distribuição espaço-temporal no Brasil

Processo: 17/00021-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2017
Vigência (Término): 31 de agosto de 2021
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Ester Cerdeira Sabino
Beneficiário:Antonio Charlys da Costa
Instituição-sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE), AP.TEM
Assunto(s):Epidemiologia   Brasil   Virologia   Transmissão de doenças   Vírus da dengue   Vírus Chikungunya

Resumo

A dengue é hiperendêmica no Brasil, com mais de 10 milhões de casos reportados entre 2000-2016. A transmissão e disseminação dos quatro sorotipos do vírus da dengue (DENV) é relatada no país através do mosquito vetor (Aedes aegypti). Além do DENV outros dois vírus Chikungunya (CHIKV) e Zika (ZIKV) foram introduzidos no Brasil e vem causando graves epidemias, porém a situação pode se complicar ainda mais, uma vez que além dos três vírus possuímos outros arbovirus circulando no país. Este projeto é uma colaboração entre pesquisadores do Instituto de Medicina Tropical (IMT/USP), Universidade de Oxford (UO) e do Blood Systems Research Institute (BSRI), num esforço de reconstruir em detalhes a dinâmica de transmissão de linhagens virais circulantes no Brasil, utilizando dados epidemiológicos e do hospedeiro humano para melhor entender a patogênese e disseminação destes vírus. A infraestrutura já estabelecida pela equipe brasileira tem permitido a coleta de amostras de sangue de indivíduos de diferentes cidades do Brasil, que permitirá a coleta de isolados das epidemias atuais de DENV, CHIKV e ZIKV. Além da caracterização molecular dos três arbovirus este estudo pretende realizar metagenomica viral nas amostras negativas utilizando sequenciamento em larga escala. Pretendemos ainda elucidar e predizer a dinâmica espacial e transmissão do DENV, CHIKV e ZIKV no Brasil. Utilizaremos no mínimo 3.000, dentre positivas e negativas que serão sequenciadas os amplicons do três vírus ou ácidos nucleicos totais, visando o sequenciamento de um ou mais vírus. Para abordagem metagenômica os vírus que através desta abordagem não forem sequenciados completamente serão então amplificados os trechos faltantes e re-sequenciados. As sequencias obtidas serão então submetidas a montagem "de novo", através de um "pipeline" do BSRI, para reconstrução dos genomas virais, as sequências consensos geradas serão submetidas à caracterização genética focando na identificação das redes de transmissão e propagação viral. As sequências consensos serão alinhadas com outras disponíveis no Genbank e submetidas a análises de máxima verossimilhança e bayesiana, visando determinar as relações evolutivas das cepas circulantes nos contextos nacional e global. Modelos de substituição nucleotídica apropriada, relógio molecular e coalescente serão determinados utilizando estimadores de média harmônica, como por exemplo, path sampling e stepping stone. Taxas de movimentação das linhagens virais entre as populações serão quantificadas utilizando abordagens filogeográficas discretas. Coordenadas de latitude e longitude serão aplicadas a cada isolado, para usar modelos de difusão contínua e resumir as estatísticas epidemiológicas, como a velocidade de dispersão. Modelos skyline de coalescência e nascimento-morte serão usados para estimar a taxa de crescimento da epidemia através do tempo das diferentes linhagens circulantes. Taxas de mudanças sinônimas e não-sinônimas serão quantificadas utilizando contagem de renascimento e algoritmos recentes para quantificar adaptação molecular, os quais vêm sendo desenvolvidos pela equipe de Oxford. Vírus dos casos mais graves de dengue também serão sequenciados e analisados para verificar se há algum "motif" ou mutação associada com severidade. A associação entre mutações e severidade será testada levando-se em conta a incerteza filogenética. Em resumo, o estudo irá combinar dados genéticos, ecológicos, clínicos e de vigilância para entender a epidemiologia do DENV, CHIKV e ZIKV. A proposta visa reduzir os encargos causados por importantes surtos deste vírus no Brasil, com benefícios potenciais para a saúde pública e desenvolvimento de vacinas.

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Publicações científicas (35)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CASTRO, TALITA; SABALZA, MAITE; BARBER, CHERYL; ABRAMS, WILLIAM; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRAZ-SILVA, PAULO HENRIQUE; MALAMUD, DANIEL; GALLOTTINI, MARINA. Rapid diagnosis of Zika virus through saliva and urine by Loop-mediated isothermal amplification (LAMP). JOURNAL OF ORAL MICROBIOLOGY, v. 10, n. 1, . (17/00021-9)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Detection and Characterization of Enterovirus B73 from a Child in Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 1, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; GILL, DANIELLE ELISE; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; MONTEIRO, FRED JULIO COSTA; VILLANOVA, FABIOLA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; MAEDA, ADRIANA YURIKA; DE SOUZA, RENATO PEREIRA; et al. Guapiacu virus, a new insect-specific flavivirus isolated from two species of Aedes mosquitoes from Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (13/21719-3, 17/00021-9, 16/01735-2, 19/21706-5, 12/23645-4)
FERNANDES, LICIA NATAL; COLETTI, THAIS DE MOURA; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; DA SILVA REGO, MARLISSON OCTAVIO; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; DENG, XUTAO; et al. A Novel Highly Divergent Strain of Cell Fusing Agent Virus (CFAV) in Mosquitoes from the Brazilian Amazon Region. Viruses-Basel, v. 10, n. 12, . (16/18204-0, 16/01735-2, 17/00021-9)
LUCHS, ADRIANA; TARDY, KAELAN; TAHMASEBI, ROOZBEH; MORILLO, SIMONE GUADAGNUCCI; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; BRUSTULIN, RAFAEL; TELES, MARIA DA APARECIDA RODRIGUES; DE AZEVEDO, LAIS SAMPAIO; DE SOUZA, ELLEN VIANA; et al. Human astrovirus types 1, 4 and 5 circulating among children with acute gastroenteritis in a rural Brazilian state, 2010-2016. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 166, n. 11, . (19/21706-5, 15/12944-9, 17/00021-9, 20/11182-6, 20/02469-0, 16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; MORAIS, VANESSA S.; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; PICANCO SOUTO, RAIMUNDO NONATO; VILLANOVA, FABIOLA; TAHMASEBI, ROOZBEH; HEFFORD, PHILIP MICHAEL; DENG, XUTAO; et al. Aedes aegyptifrom Amazon Basin Harbor High Diversity of Novel Viral Species. Viruses-Basel, v. 12, n. 8, . (16/01735-2, 19/21706-5, 17/00021-9)
MARCELLE SILVA-SALES; ELCIO LEAL; FLAVIO AUGUSTO DE PÁDUA MILAGRES; RAFAEL BRUSTULIN; VANESSA DOS SANTOS MORAIS; ROBERTA MARCATTI; EMERSON LUIZ LIMA ARAÚJO; STEVEN S. WITKIN; XUTAO DENG; ESTER CERDEIRA SABINO; et al. Genomic constellation of human Rotavirus A strains identified in Northern Brazil: a 6-year follow-up (2010-2016). Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 62, . (19/21706-5, 15/12944-9, 17/00021-9)
DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Recombination Located over 2A-2B Junction Ribosome Frameshifting Region of Saffold Cardiovirus. Viruses-Basel, v. 10, n. 10, . (15/12944-9, 16/01735-2, 17/00021-9)
FAHSBENDER, ELIZABETH; DA-COSTA, ANTONIO CHARLYS; GILL, DANIELLE ELISE; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; BRUSTULIN, RAFAEL; MONTEIRO, FRED JULIO COSTA; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA SILVA; RIBEIRO, EDCELHA SOARES D'ATHAIDE; SABINO, ESTER CERDEIRA; DELWART, ERIC. Plasma virome of 781 Brazilians with unexplained symptoms of arbovirus infection include a novel parvovirus and densovirus. PLoS One, v. 15, n. 3, . (17/00021-9, 16/01735-2)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; LUCHS, ADRIANA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; PEREIRA DOS SANTOS, FABIANA CRISTINA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; WITKIN, STEVEN S.; VILLANOVA, FABIOLA; et al. Detection and characterization of Ilheus and Iguape virus genomes in historical mosquito samples from Southern Brazil. Acta Tropica, v. 205, . (17/00021-9, 16/01735-2)
TAHMASEBI, ROOZBEH; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; TARDY, KAELAN; TINKER, RORY J.; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; ARANHA WATANABE, ARIPUANA SAKURADA; et al. Genomic Analyses of Potential Novel Recombinant Human Adenovirus C in Brazil. Viruses-Basel, v. 12, n. 5, . (17/00021-9, 16/01735-2)
ADRIANA LUCHS; LAIS SAMPAIO DE AZEVEDO; ELLEN VIANA DE SOUZA; ROBERTA SALZONE MEDEIROS; YASMIN FRANÇA VIANA PIRES DE SOUZA; DALANE LOUDAL FLORENTINO TEIXEIRA; THIAGO FRANCO DE OLIVEIRA CARNEIRO; GABRIELA MARIA FERNANDES DE ALENCAR; FERNANDA LÚCIA DE SOUSA LEITE MORAIS; DIANA DE FÁTIMA ALVES PINTO; et al. Coxsackievirus A6 strains causing an outbreak of hand-foot-and-mouth disease in Northeastern Brazil in 2018. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 64, . (20/14786-0, 17/00021-9, 20/11182-6, 19/21706-5, 20/02469-0)
THAÍS DE MOURA COLETTI; CAMILA MALTA ROMANO; PAULO ROBERTO URBINATTI; RENILDO SOUZA TEIXEIRA; LEILA WEISS DE ALMEIDA PEDROSA; MARCELLO SCHIAVO NARDI; DELSIO NATAL; ANTÔNIO CHARLYS DA COSTA; JAQUELINE GOES DE JESUS; INGRA MORALES CLARO; et al. Characterization of insect-specific Culex flavivirus (Flaviviridae) nucleotide sequences in mosquitoes from urban parks in São Paulo, Brazil. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, v. 55, . (18/17176-8, 17/00021-9, 10/51230-8, 16/18204-0, 19/12000-1, 18/14389-0, 19/03859-9)
DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; THEZE, JULIEN; KOMNINAKIS, SHIRLEY CAVALCANTE VASCONCELOS; SANZ-DURO, RODRIGO LOPES; LEMOS FELINTO, MARTA REJANE; CORREA MOURA, LUCIA CRISTINA; DE OLIVEIRA BARROSO, IVONEIDE MOREIRA; CORREIA SANTOS, LUCINEIDE ELIZIARIO; DE LEMOS NUNES, MARDJANE ALVES; MOURA, ADRIANA AVILA; et al. Spread of Chikungunya Virus East/Central/South African Genotype in Northeast Brazil. Emerging Infectious Diseases, v. 23, n. 10, p. 1742-1744, . (17/00021-9, 16/01735-2, 12/03417-7)
LUCHS, ADRIANA; LEAL, ELCIO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; GILL, DANIELLE ELISE; DENG, XUTAO; DELWART, ERIC; SABINO, ESTER CERDEIRA; et al. Wuhan large pig roundworm virus identified in human feces in Brazil. VIRUS GENES, v. 54, n. 3, p. 470-473, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
FARIA, N. R.; KRAEMER, M. U. G.; HILL, S. C.; DE JESUS, J. GOES; AGUIAR, R. S.; IANI, F. C. M.; XAVIER, J.; QUICK, J.; DU PLESSIS, L.; DELLICOUR, S.; et al. Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential. Science, v. 361, n. 6405, p. 894+, . (17/00021-9, 16/01735-2)
DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Near full length genome of a recombinant (E/D) cosavirus strain from a rural area in the central region of Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LEAL, ELCIO; GILL, DANIELLE; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; et al. Discovery of Cucumis melo endornavirus by deep sequencing of human stool samples in Brazil. VIRUS GENES, v. 55, n. 3, p. 332-338, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
FARIA, NUNO R.; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LOURENCO, JOSE; LOUREIRO, PAULA; LOPES, MARIA ESTHER; RIBEIRO, ROBERTO; ALENCAR, CECILIA SALETE; KRAEMER, MORITZ U. G.; VILLABONA-ARENAS, CHRISTIAN J.; WU, CHIEH-HSI; et al. Genomic and epidemiological characterisation of a dengue virus outbreak among blood donors in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, . (17/00021-9, 16/01735-2, 11/18955-1)
ROSA, ULISSES ALVES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; VILLANOVA, FABIOLA; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; TAHMASEBI, ROOZBEH; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; et al. First identification of mammalian orthoreovirus type 3 by gut virome analysis in diarrheic child in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
LUCHS, ADRIANA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; CILLI, AUDREY; VASCONCELOS KOMNINAKIS, SHIRLEY CAVALCANTE; COMPAGNOLI CARMONA, RITA DE CASSIA; BOEN, LAIS; MORILLO, SIMONE GUADAGNUCCI; SABINO, ESTER CERDEIRA; SAMPAIO TAVARES TIMENETSKY, MARIA DO CARMO. Spread of the emerging equine-like G3P[8] DS-1-like genetic backbone rotavirus strain in Brazil and identification of potential genetic variants. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 100, n. 1, p. 7-25, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
ARANHA WATANABE, ARIPUANA SAKURADA; LUCHS, ADRIANA; LEAL, ELCIO; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; et al. Complete Genome Sequences of Six Human Bocavirus Strains from Patients with Acute Gastroenteritis in the North Region of Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 17, . (15/12944-9, 16/01735-2, 17/00021-9)
FORO RAMOS, ENDRYA DO SOCORRO; ROSA, ULISSES ALVES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; VILLANOVA, FABIOLA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; LIMA ARAUJO, EMERSON LUIZ; PANDEY, RAMENDRA PATI; RAJ, V. SAMUEL; et al. Multiple clades of Husavirus in South America revealed by next generation sequencing. PLoS One, v. 16, n. 3, . (17/00021-9, 15/12944-9)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; COUTO DE AZEVEDO FERNANDES, NATALIA COELHO; GUERRA, JULIANA MARIOTTI; PEREIRA DOS SANTOS, FABIANA CRISTINA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; D'AGOSTINO, LEANDRO GUARIGLIA; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; RESSIO, RODRIGO ALBERGARIA; et al. Epizootics due to Yellow Fever Virus in Sao Paulo State, Brazil: viral dissemination to new areas (2016-2017). SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (17/00021-9, 16/01735-2)
DA ROCHA, LEONARDO CECILIO; ESTOFOLETE, CASSIA FERNANDA; GONCALVES DE AGUIAR MILHIM, BRUNO HENRIQUE; AUGUSTO, MARCOS TAYAR; ZINI, NATHALIA; DUTRA DA SILVA, GISLAINE CELESTINO; FERRAZ-JUNIOR, HELIO CORREA; SABADOTO BRIENZE, VANIA MARIA; LISO, ELISABETE; CUNHA, MARIANA SEQUETIN; et al. Enteric viruses circulating in undiagnosed central nervous system infections at tertiary hospital in Sao Jose do Rio Preto, Sao Paulo, Brazil. Journal of Medical Virology, v. 93, n. 6, . (13/21719-3, 16/15021-1, 17/00021-9, 15/12295-0)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; GILL, DANIELLE ELISE; ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES D.; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; MORAIS, VANESSA S.; MARCATTI, ROBERTA; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; ARAUJO, EMERSON LUIZ LIMA; WITKIN, STEVEN S.; VILLANOVA, FABIOLA; et al. Adaptive Evolution of New Variants of Dengue Virus Serotype 1 Genotype V Circulating in the Brazilian Amazon. Viruses-Basel, v. 13, n. 4, . (17/00021-9, 19/21706-5)
FORO RAMOS, ENDRYA DO SOCORRO; ROSA, ULISSES ALVES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; VILLANOVA, FABIOLA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; BERTANHE, MAYARA; MARCATTI, ROBERTA; ARAUJO, EMERSON LUIZ LIMA; et al. High Heterogeneity of Echoviruses in Brazilian Children with Acute Gastroenteritis. Viruses-Basel, v. 13, n. 4, . (19/21706-5, 17/00021-9, 15/12944-9)
RAMOS, ENDRYA DO SOCORRO FORO; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; VILLANOVA, FABIOLA; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; BRUSTULIN, RAFAEL; ARAUJO, EMERSON LUIZ LIMA; PANDEY, RAMENDRA PATI; RAJ, V. SAMUEL; DENG, XUTAO; DELWART, ERIC; et al. Composition of Eukaryotic Viruses and Bacteriophages in Individuals with Acute Gastroenteritis. Viruses-Basel, v. 13, n. 12, . (20/14786-0, 15/12944-9, 17/00021-9)
TINKER, RORY J.; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; TAHMASEBI, ROOZBEH; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; DOS SANTOS MORAIS, VANESSA; PANDEY, RAMENDRA PATI; JOSE-ABREGO, ALEXIS; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; CUNHA, MARIANA SEQUETIN; et al. Norovirus strains in patients with acute gastroenteritis in rural and low-income urban areas in northern Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 166, n. 3, p. 905-913, . (17/00021-9, 15/12944-9, 16/01735-2, 19/21706-5)
AUDREY CILLI; ADRIANA LUCHS; ELCIO LEAL; DANIELLE GILL; FLAVIO AUGUSTO DE PÁDUA MILAGRES; SHIRLEY VASCONCELOS KOMNINAKIS; RAFAEL BRUSTULIN; MARIA DA APARECIDA RODRIGUES TELES; MÁRCIA CRISTINA ALVES BRITO SAYÃO LOBATO; ROGÉRIO TOGISAKI DAS CHAGAS; et al. Human sapovirus GI.2 and GI.3 from children with acute gastroenteritis in northern Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 114, . (16/01735-2, 15/12944-9, 17/00021-9)
LEAL, ELCIO; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Recombinant Strains of Human Parechovirus in Rural Areas in the North of Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 6, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; DE CASTRO, DANIELA FUNAYAMA; CASEIRO, MARCOS MONTANI; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; DENG, XUTAO; et al. Detection of RNA-Dependent RNA Polymerase of Hubei Reo-Like Virus 7 by Next-Generation Sequencing in Aedes aegypti and Culex quinquefasciatus Mosquitoes from Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 2, . (17/00021-9, 16/01735-2)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; FARIA, NUNO RODRIGUES; CALEIRO, GIOVANA SANTOS; CANDIDO, DARLAN SILVA; HILL, SARAH C.; CLARO, INGRA MORALES; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; MAEDA, ADRIANA YURIKA; DA SILVA, FERNANDA GISELE; et al. Genomic evidence of yellow fever virus in Aedes scapularis, southeastern Brazil, 2016. Acta Tropica, v. 205, . (17/00021-9, 18/14389-0, 16/01735-2)
VILLANOVA, FABIOLA; MARCATTI, ROBERTA; BERTANHE, MAYARA; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; LIMA ARAUJO, EMERSON LUIZ; TAHMASEBI, ROOZBEH; WITKIN, STEVEN S.; DENG, XUTAO; et al. New Variants of Squash Mosaic Viruses Detected in Human Fecal Samples. MICROORGANISMS, v. 9, n. 7, . (17/00021-9, 19/21706-5)
TAHMASEBI, ROOZBEH; LUCHS, ADRIANA; TARDY, KAELAN; HEFFORD, PHILIP MICHAEL; TINKER, RORY J.; EILAMI, OWRANG; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; et al. Viral gastroenteritis in Tocantins, Brazil: characterizing the diversity of human adenovirus F through next-generation sequencing and bioinformatics. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 101, n. 12, p. 1280-1288, . (17/00021-9, 19/21706-5)

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