Um estudo de docking molecular das interações entre as proteínas das NETs e a proteína F do vírus hRSV

• Processo: 17/12395-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
• Vigência (Término): 31 de agosto de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Matemática - Matemática Aplicada
• Pesquisador responsável: Juliana de Oliveira
• Beneficiário: Gabriel Soares da Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências e Letras (FCL-ASSIS). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Assis. Assis , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 18/20562-7 - Uma triagem virtual de pequenos ligantes para estabilizar ou inibir a interação NETs-hRSV, BE.EP.IC
• Assunto(s): Biologia computacional Vírus sincicial respiratório humano Simulação de acoplamento molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | docking molecular | Redes Extracelulares dos Neutrófilos | Vírus Sincicial Respiratório | Bioinformática

Resumo

O Vírus Sincicial Respiratório (hRSV) é o principal agente etiológico das infecções virais agudas do trato respiratório inferior. Durante a infecção, neutrófilos são massivamente recrutados ao sítio infeccioso onde desgranulam e liberam as NETs, estruturas extracelulares formadas por DNA conjugado a proteínas granulares/nucleares/citosólicas. As NETs, capturam diferentes tipos de microrganismos, incluindo vírus. A captura do microorganismo pode ou não resultar em inativação ou morte do mesmo. O hRSV induz a formação das NETs através da sua proteína F de superfície, sendo ainda capturado por tais estruturas. As consequências desta interação, bem como a descrição das moléculas responsáveis por tais interações são aspectos ainda não descritos. O docking molecular tem sido uma das técnicas de modelagem molecular mais utilizadas para estudos in silico, permitindo a predição e análise da interação entre moléculas complexadas. O objetivo deste trabalho será investigar in silico possíveis interações entre proteínas das NETs com a proteína F do hRSV. Serão analisadas macromoléculas que tenham suas estruturas depositadas e documentadas no Protein Data Bank (PDB). As estruturas serão refinadas no software Chimera e submetidas a simulações nos servidores Pathdock e Firedock de onde serão extraídas informações de encaixe entre as moléculas, energia livre de interação, pontuação e área de interação. Os resultados poderão indicar alvos para inativação e/ou neutralização do ciclo viral do hRSV via ativação dos neutrófilos na imunidade inata. (AU)