Identificação de genes envolvidos na formação da teca em Arcella intermedia leavis através de transcriptomas

• Processo: 16/14317-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
• Vigência (Término): 01 de novembro de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Zoologia
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Daniel José Galafasse Lahr
• Beneficiário: Alfredo Leonardo Porfirio de Sousa
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/19388-0 - Formação de carapaça nos Arcellinida (Amoebozoa): Geração de transcriptomas de Cryptodifflugia durante a formação da carapaça e otimização de transcriptomas e análises de famílias gênicas, BE.EP.MS
• Assunto(s): Evolução molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arcellinida | Evolução Genômica | Evolução Molecular | Novidade evolutiva | Tecameba | Evolução molecular de microorganismos

Resumo

Os arcellinídeos são amebas que possuem uma carapaça (teca) externa. Tecamebas se reproduzem por divisão binária, sendo que cada divisão é precedida pela formação de uma nova teca. As tecas apresentam grande diversidade de formas e tamanhos, podem ser secretadas ou aglutinadas e variam quanto à composição química entre as diferentes linhagens de Tecamebas. Recentemente as tecas apresentam papel principal em diversos trabalhos. A forma como se dá a construção das tecas é conhecida morfologicamente e foi descrita em alguns trabalhos que se complementaram. No entanto, não compreendemos molecularmente a formação das tecas. Os genes expressos com funcionalidade na morfogênese das tecas são desconhecidos para todas as linhagens de tecamebas. Com sequenciamento de RNA (transcriptoma) podemos identificar genes e transcritos ativos em diferentes condições e processos, como a morfogênese das tecas. Análises de transcriptoma caracterizam a atividade transcricional e expressão gênica. Grande parte dos genes envolvidos em processos biológicos centrais são conservados mesmo entre linhagens filogeneticamente distantes, sendo que eventos como duplicação gênica podem estar relacionados à "novidades evolutivas" ao longo do tempo evolutivo, como o surgimento de amebas tecadas, e podem ser identificados por meio de RNA-seq. Arcella intermedia leavis (Arcellinida) é uma espécie de tecameba que secreta sua teca, abundante em ambiente de água doce, possível de cultivar e bastante utilizada em experimentos moleculares. O objetivo deste projeto é buscar os possíveis genes envolvidos na morfogênese das tecas, estudando a expressão gênica na formação da teca, utilizando Arcella leavis intermedia como organismo modelo. Serão obtidos transcriptomas de indivíduos de Arcella intermedia leavis em dois momentos distintos do ciclo de vida: Indivíduos antes do início da formação da nova teca e indivíduos formando a nova teca. Os transcriptomas obtidos serão analisados e comparados entre si, identificando as diferenças qualitativas e quantitativas quanto à expressão gênica. Este estudo é o primeiro passo para a compreenção molecular da formação da teca, com a descrição dos genes envolvidos, possibilitando trabalhar questões relacionadas à evolução destes microorganismos e evolução molecular dos genomas. Descreveremos os possíveis processos e vias metabólicas relacionados aos genes envolvidos na tecagenese com base em genes homólogos presentes e descritos em outros organismos, dando base para descrições futuras e o esclarecimento do papel do genótipo na diversidade fenotípica de tecameba. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

RIBEIRO, GIULIA M.; PORFIRIO-SOUSA, ALFREDO L.; MAURER-ALCALA, XYRUS X.; KATZ, LAURA A.; LAHR, DANIEL J. G.. De novo Sequencing, Assembly, and Annotation of the Transcriptome for the Free-Living Testate Amoeba Arcella intermedia. Journal of Eukaryotic Microbiology, v. 67, n. 3, FEB 2020. (17/16077-3, 16/14317-4, 16/14402-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SOUSA, Alfredo Leonardo Porfirio de. Elucidando a maquinaria molecular de uma novidade evolutiva: transcriptomica single-cell de Arcella intermedia e caracterização da expressão gênica durante a formação de teca. 2019. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.