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Ordenação de sufixos e medidas de similaridade entre cadeias

Processo: 17/09105-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2017
Vigência (Término): 13 de agosto de 2019
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
Pesquisador responsável:Zhao Liang
Beneficiário:Felipe Alves da Louza
Instituição-sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/50122-0 - Fenômenos dinâmicos em redes complexas: fundamentos e aplicações, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):18/21509-2 - Transformada de Burrows-Wheeler e grafos de Bruijn sucintos, BE.EP.PD
Assunto(s):Recuperação da informação

Resumo

A ordenação de sufixos é um problema fundamental em processamento de cadeias de caracteres presente em muitas aplicações de Bioinformática, Recuperação de informação e Mineração de textos. Esse problema está relacionado com a construção do vetor de sufixos e com a transformada de Burrows-Wheeler, os quais desempenham um papel importante em métodos de indexação de cadeias (e.g. FM-índice) e compressão de dados (e.g. bzip). Na literatura, muitos trabalhos têm sido propostos para construir o vetor de sufixos de uma única cadeia e obter a transformada de Burrows-Wheeler. Entretanto, em muitas situações estamos interessados em processar conjuntos de cadeias e obter diretamente a transformada de Burrows-Wheeler, isto é, sem construir o vetor de sufixos. Poucas soluções têm sido propostas para esses problemas. Dessa forma, o principal objetivo desse projeto é investigar o cálculo direto da transformada de Burrows-Wheeler para conjuntos de cadeias. Além disso, pretende-se investigar medidas de similaridades que utilizam a transformada de Burrows-Wheeler para comparar e classificar cadeias de caracteres.

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LOUZA, FELIPE A.; TELLES, GUILHERME P.; GOG, SIMON; ZHAO, LIANG. Algorithms to compute the Burrows-Wheeler Similarity Distribution. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 782, p. 145-156, AUG 23 2019. Citações Web of Science: 0.
EGIDI, LAVINIA; LOUZA, FELIPE A.; MANZINI, GIOVANNI; TELLES, GUILHERME P. External memory BWT and LCP computation for sequence collections with applications. Algorithms for Molecular Biology, v. 14, MAR 8 2019. Citações Web of Science: 0.
LOUZA, FELIPE A.; SMYTH, W. F.; MANZINIC, GIOVANNI; TELLES, GUILHERME P. Lyndon array construction during Burrows-Wheeler inversion. JOURNAL OF DISCRETE ALGORITHMS, v. 50, p. 2-9, MAY 2018. Citações Web of Science: 0.
LOUZA, FELIPE A.; TELLES, GUILHERME P.; HOFFMANN, STEVE; CIFERRI, CRISTINA D. A. Generalized enhanced suffix array construction in external memory. Algorithms for Molecular Biology, v. 12, DEC 7 2017. Citações Web of Science: 3.

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