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Leishmaniose Visceral: abordagens genômicas para análise molecular integrada do hospedeiro e do parasito.

Processo: 17/16328-6
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
Vigência (Início): 01 de julho de 2017
Vigência (Término): 31 de março de 2023
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia
Pesquisador responsável:Sandra Regina Costa Maruyama
Beneficiário:Sandra Regina Costa Maruyama
Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/20258-0 - Leishmaniose visceral: abordagens genômicas para análise molecular integrada do hospedeiro e do parasito, AP.JP
Assunto(s):Análise de sequência de RNA   Leishmaniose
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Leishmanioses | RNA-seq | Whole-genome sequencing analysis | Parasitologia Molecular e Bioinformátia

Resumo

A leishmaniose visceral (LV) no Brasil é causada pelo protozoário Leishmania infantum, cuja patologia apresenta-se de modo disseminado, crônico e potencialmente fatal. Entretanto, um fato interessante na LV é que a maioria dos indivíduos infectados permanecem assintomáticos. Sabe-se que fatores inerentes ao hospedeiro e ao parasito contribuem para o desenvolvimento da doença, mas quais e como esses fatores controlam a evolução da infecção para formas assintomáticas, brandas ou graves permanecem pouco elucidados. Diante disso, acreditamos que uma análise molecular comparativa de leucócitos de pacientes com a doença ativa, tratados (curados), assintomáticos e indivíduos saudáveis, bem como do genoma do parasito isolado de pacientes com formas brandas ou graves, refratários ou não ao tratamento convencional fornecerá dados e insights para elucidar os mecanismos da interação parasito/hospedeiro que permeiam as diferentes consequências da infecção. Assim, esse projeto tem por objetivo desenvolver uma análise molecular integrada da LV por meio da genômica funcional (RNA-seq) do hospedeiro e da genômica estrutural do parasito (WGS, whole-genome sequencing), ambas confluindo para integração de dados que sejam úteis como novos alvos terapêuticos e de drogas. Nossos resultados preliminares de RNA-seq de leucócitos de pacientes com LV e de WGS de isolados clínicos de L. infantum mostram que esta proposta além de inovadora é altamente promissora. Por meio de análise de RNA-seq de leucócitos do sangue de pacientes com a LV antes e após o tratamento, indivíduos assintomáticos e indivíduos saudáveis identificaremos assinaturas transcricionais (genes e RNAs não codificantes) relacionadas à imunopatogênese da LV. O dual RNA-seq permitirá identificar transcritos de Leishmania a partir do transcriptoma desses pacientes. Para complementar esse perfil de assinaturas transcricionais do hospedeiro, também pretendemos desenvolver uma metodologia de estimulação antigênica de sangue total para análise de RNA-seq. A genômica estrutural de mais isolados clínicos por WGS identificará a ploidia e somia cromossômica, bem como as variantes genéticas (CNVs e SNPs). Na análise de genômica comparativa identificaremos genes e/ou regiões genômicas de L. infantum associadas à gravidade da doença e à resistência aos quimioterápicos convencionais. Essa análise também fornecerá grande contribuição para a biologia das linhagens brasileiras do parasito. Por fim, esta proposta visa o estabelecimento de uma nova linha de pesquisa na área de estudo da interação parasito/hospedeiro em doenças tropicais neglicenciadas.

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Publicações científicas (9)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MARUYAMA, SANDRA REGINA; ROGERIO, LUANA APARECIDA; FREITAS, PATRICIA DOMINGUES; GERALDES TEIXEIRA, MARTA MARIA; CHAVES RIBEIRO, JOSE MARCOS. Total Ortholog Median Matrix as an alternative unsupervised approach for phylogenomics based on evolutionary distance between protein coding genes. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (16/20258-0, 17/16328-6, 18/26799-9)
GARDINASSI, LUIZ GUSTAVO; MARUYAMA, SANDRA REGINA; CANTACESSI, CINZIA. Editorial: Systems Biology of Hosts, Parasites and Vectors. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 11, p. 3-pg., . (17/16328-6)
FUZO, CARLOS A.; FRAGA-SILVA, THAIS F. C.; MARUYAMA, SANDRA R.; BASTOS, VICTOR A. F.; ROGERIO, LUANA A.; TAKAMIYA, NAYORE T.; DA SILVA-NETO, PEDRO V.; PIMENTEL, VINICIUS E.; TORO, DIANA M.; PEREZ, MALENA M.; et al. The turning point of COVID-19 severity is associated with a unique circulating neutrophil gene signature. IMMUNOLOGY, v. 169, n. 3, p. 21-pg., . (15/00658-1, 21/04590-3, 20/08534-8, 20/05207-6, 19/09881-6, 14/07125-6, 20/05270-0, 17/16328-6)
TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; ROGERIO, LUANA APARECIDA; TORRES, CAROLINE; LEONEL, JOAO AUGUSTO FRANCO; VIOTI, GEOVANNA; OLIVEIRA, TRICIA MARIA FERREIRA DE SOUSA; VALERIANO, KAROLINE CAMILA; PORCINO, GABRIANE NASCIMENTO; SANTOS, ISABEL KINNEY FERREIRA DE MIRANDA; COSTA, CARLOS H. N.; et al. Parasite Detection in Visceral Leishmaniasis Samples by Dye-Based qPCR Using New Gene Targets of Leishmania infantum and Crithidia. TROPICAL MEDICINE AND INFECTIOUS DISEASE, v. 8, n. 8, p. 25-pg., . (21/12464-8, 16/18527-3, 18/26799-9, 19/19789-0, 16/20258-0, 21/10358-6, 20/15771-6, 20/14011-8, 17/16328-6)
GOMES, ELLEN; ROGERIO, LUANA APARECIDA; TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; TORRES, CAROLINE; DA SILVA, JOAO SANTANA; ALMEIDA, ROQUE PACHECO; MARUYAMA, SANDRA REGINA. Dataset of dual RNA-seq mapping in visceral leishmaniasis: Inquiry on parasite transcripts in human blood transcriptome upon Leishmania infantum infection. DATA IN BRIEF, v. 46, p. 7-pg., . (16/20258-0, 17/16328-6, 21/12464-8, 22/01525-9, 20/14011-8, 13/08216-2, 21/10358-6)
ROGERIO, LUANA APARECIDA; TAKAHASHI, TALITA YURI; CARDOSO, LURIA; TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; DE MELO, ENALDO VIEIRA; DE JESUS, AMELIA RIBEIRO; DE OLIVEIRA, FABRICIA ALVISI; FORRESTER, SARAH; JEFFARES, DANIEL C.; RIBEIRO, JOSE MARCOS; et al. Co-infection of Leishmania infantum and a Crithidia- related species in a case of refractory relapsed visceral leishmaniasis with non-ulcerated cutaneous manifestation in Brazil. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, v. 133, p. 4-pg., . (21/12464-8, 19/03095-9, 19/12142-0, 16/20258-0, 20/14011-8, 17/16328-6)
DE OLIVEIRA, EZEQUIEL AGUIAR; CARLOS BERTOLLO, LUIZ ANTONIO; RAB, PETR; EZAZ, TARIQ; YANO, CASSIA FERNANDA; HATANAKA, TERUMI; JEGEDE, OLADELE ILESANMI; TANOMTONG, ALONGKLOD; LIEHR, THOMAS; SEMBER, ALEXANDR; et al. Cytogenetics, genomics and biodiversity of the South American and African Arapaimidae fish family (Teleostei, Osteoglossiformes). PLoS One, v. 14, n. 3, . (16/22196-2, 17/16328-6)
MARUYAMA, SANDRA R.; DE SANTANA, ALYNNE K. M.; TAKAMIYA, NAYORE T.; TAKAHASHI, TALITA Y.; ROGERIO, LUANA A.; OLIVEIRA, CAIO A. B.; MILANEZI, CRISTIANE M.; TROMBELA, VIVIANE A.; CRUZ, ANGELA K.; JESUS, AMELIA R.; et al. Non-Leishmania Parasite in Fatal Visceral Leishmaniasis Like Disease, Brazil. Emerging Infectious Diseases, v. 25, n. 11, p. 2088-2092, . (18/05767-1, 18/26799-9, 13/08216-2, 16/20258-0, 17/16328-6, 19/03095-9)
BARBY, FELIPE FAIX; RAB, PETR; LAVOUE, SEBASTIEN; EZAZ, TARIQ; CARLOS BERTOLLO, LUIZ ANTONIO; KILIAN, ANDRZEJ; MARUYAMA, SANDRA REGINA; DE OLIVEIRA, EZEQUIEL AGUIAR; ARTONI, ROBERTO FERREIRA; SANTOS, MATEUS HENRIQUE; et al. From Chromosomes to Genome: Insights into the Evolutionary Relationships and Biogeography of Old World Knifefishes (Notopteridae; Osteoglossiformes). GENES, v. 9, n. 6, . (16/22196-2, 17/16328-6)

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