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Inferência causal fenotípica utilizando dados de diferentes abordagens multi-ômicas na raça Nelore

Processo: 17/18779-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2018
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Lucia Galvão de Albuquerque
Beneficiário:Tiago Bresolin
Supervisor no Exterior: Guilherme Jordao de Magalhaes Rosa
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:16/02366-0 - Busca por estruturas causais usando modelos gráficos na raça nelore, BP.DR
Assunto(s):Expressão gênica

Resumo

A disponibilidade de painéis de SNP (single nucleotide polymorphism)de alta densidadepermitiu a identificação de regiões do genoma, por meio de estudos de associação genômica ampla (GWAS), que influenciam na variabilidade fenotípica. Uma desvantagem da GWAS para características complexas é a sua associação com múltiplas variantes de pequenos efeitos, que explicam apenas uma pequena proporção da variação genética. Para contornar este problema, os estudos genéticos genômicos tem utilizado informações da abundância no perfil de transcritos, por meio do RNA mensageiro (mRNA), combinado com dados de genótipos para identificar locos que controlam a expressão de características quantitativas. No entanto, esses estudos tem verificado apenas a associação entre o fenótipo e variantes comuns sem direção causal. O objetivo deste estudo é buscar por estruturas causais por meio da integração de informações fenotípicas, genotípicas e de expressão gênica para características de carcaça e carne na raça Nelore. No presente estudo serão utilizadas as características: área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), força de cisalhamento (FS), escores de marmoreio (MARM) e as perdas por cozimento (PC).A genotipagem dos animais foi realizada utilziando BovineHD BeadChip (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) e GeneSeek ® Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki (Neogen Corporation, Lincoln, NE, EUA). O sequenciamento do RNA foi realizado utilizando o sistema HiSeq 2500 (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) para produzir 2x100 pares de bases (paired-end). A relação entre gene e fenótipo será inferida em um procedimento de múltiplos passos utilizando abordagens de aprendizagem de estrutura causais implementadas no pacote Bnlearn do R.