Bolsa 17/18779-5 - Genética animal, Melhoramento animal - BV FAPESP
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Inferência causal fenotípica utilizando dados de diferentes abordagens multi-ômicas na raça Nelore

Processo: 17/18779-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de março de 2018
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2019
Área de conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Lucia Galvão de Albuquerque
Beneficiário:Tiago Bresolin
Supervisor: Guilherme Jordão de Magalhães Rosa
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Instituição Anfitriã: University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:16/02366-0 - Busca por estruturas causais usando modelos gráficos na raça nelore, BP.DR
Assunto(s):Genética animal   Melhoramento animal   Expressão gênica   Análises multiômicas   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Gado Nelore
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:causal structural learning | gene expression | gene-phenotype network | quantitative trait loci | Genética e Melhoramento Animal

Resumo

A disponibilidade de painéis de SNP (single nucleotide polymorphism) de alta densidade permitiu a identificação de regiões do genoma, por meio de estudos de associação genômica ampla (GWAS), que influenciam na variabilidade fenotípica. Uma desvantagem da GWAS para características complexas é a sua associação com múltiplas variantes de pequenos efeitos, que explicam apenas uma pequena proporção da variação genética. Para contornar este problema, os estudos genéticos genômicos tem utilizado informações da abundância no perfil de transcritos, por meio do RNA mensageiro (mRNA), combinado com dados de genótipos para identificar locos que controlam a expressão de características quantitativas. No entanto, esses estudos tem verificado apenas a associação entre o fenótipo e variantes comuns sem direção causal. O objetivo deste estudo é buscar por estruturas causais por meio da integração de informações fenotípicas, genotípicas e de expressão gênica para características de carcaça e carne na raça Nelore. No presente estudo serão utilizadas as características: área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), força de cisalhamento (FS), escores de marmoreio (MARM) e as perdas por cozimento (PC).A genotipagem dos animais foi realizada utilizando BovineHD BeadChip (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) e GeneSeek ® Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki (Neogen Corporation, Lincoln, NE, EUA). O sequenciamento do RNA foi realizado utilizando o sistema HiSeq 2500 (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) para produzir 2x100 pares de bases (paired-end). A relação entre gene e fenótipo será inferida em um procedimento de múltiplos passos utilizando abordagens de aprendizagem de estrutura causais implementadas no pacote Bnlearn do R. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BRESOLIN, TIAGO; PASSAFARO, TIAGO LUCIANO; BRAZ, CAMILA URBANO; CARVALHO ALVES, ANDERSON ANTONIO; CARVALHEIRO, ROBERTO; LOYOLA CHARDULO, LUIZ ARTUR; DE MAGALHAES ROSA, GUILHERME JORDAO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Investigating potential causal relationships among carcass and meat quality traits using structural equation model in Nellore cattle. MEAT SCIENCE, v. 187, p. 7-pg., . (09/16118-5, 16/02366-0, 17/18779-5)