| Processo: | 17/18779-5 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado |
| Vigência (Início): | 01 de março de 2018 |
| Vigência (Término): | 28 de fevereiro de 2019 |
| Área do conhecimento: | Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
| Pesquisador responsável: | Lucia Galvão de Albuquerque |
| Beneficiário: | Tiago Bresolin |
| Supervisor: | Guilherme Jordão de Magalhães Rosa |
| Instituição Sede: | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil |
| Local de pesquisa: | University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos |
| Vinculado à bolsa: | 16/02366-0 - Busca por estruturas causais usando modelos gráficos na raça nelore, BP.DR |
| Assunto(s): | Genética animal Melhoramento animal Expressão gênica Análises multiômicas Polimorfismo de um único nucleotídeo Gado Nelore |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | causal structural learning | gene expression | gene-phenotype network | quantitative trait loci | Genética e Melhoramento Animal |
Resumo A disponibilidade de painéis de SNP (single nucleotide polymorphism) de alta densidade permitiu a identificação de regiões do genoma, por meio de estudos de associação genômica ampla (GWAS), que influenciam na variabilidade fenotípica. Uma desvantagem da GWAS para características complexas é a sua associação com múltiplas variantes de pequenos efeitos, que explicam apenas uma pequena proporção da variação genética. Para contornar este problema, os estudos genéticos genômicos tem utilizado informações da abundância no perfil de transcritos, por meio do RNA mensageiro (mRNA), combinado com dados de genótipos para identificar locos que controlam a expressão de características quantitativas. No entanto, esses estudos tem verificado apenas a associação entre o fenótipo e variantes comuns sem direção causal. O objetivo deste estudo é buscar por estruturas causais por meio da integração de informações fenotípicas, genotípicas e de expressão gênica para características de carcaça e carne na raça Nelore. No presente estudo serão utilizadas as características: área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), força de cisalhamento (FS), escores de marmoreio (MARM) e as perdas por cozimento (PC).A genotipagem dos animais foi realizada utilizando BovineHD BeadChip (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) e GeneSeek ® Genomic Profiler Indicus HD - GGP75Ki (Neogen Corporation, Lincoln, NE, EUA). O sequenciamento do RNA foi realizado utilizando o sistema HiSeq 2500 (Illumina®, Inc., San Diego, CA, EUA) para produzir 2x100 pares de bases (paired-end). A relação entre gene e fenótipo será inferida em um procedimento de múltiplos passos utilizando abordagens de aprendizagem de estrutura causais implementadas no pacote Bnlearn do R. (AU) | |
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